| 论文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩写词表 | 第10-11页 |
| 第1章 综述 | 第11-25页 |
| 1.1 金属β-内酰胺酶基因的概述 | 第11-15页 |
| 1.1.1 金属β-内酰胺酶 NDM 基因型 | 第11-12页 |
| 1.1.2 金属β-内酰胺酶 VIM 基因型 | 第12页 |
| 1.1.3 金属β-内酰胺酶 IMP 基因型 | 第12-13页 |
| 1.1.4 金属β-内酰胺酶整合子基因盒 | 第13-14页 |
| 1.1.5 金属β-内酰胺酶整合子基因盒的转移 | 第14-15页 |
| 1.2 生物信息学及相关技术 | 第15-19页 |
| 1.2.1 生物信息学概述 | 第15-16页 |
| 1.2.2 利用 Perl 语言对基因信息批量处理 | 第16-17页 |
| 1.2.3 双聚类算法的应用 | 第17-19页 |
| 1.3 分子进化论概述 | 第19-25页 |
| 1.3.1 分子钟假说 | 第19-20页 |
| 1.3.2 分子进化中性学说 | 第20-21页 |
| 1.3.3 系统进化树的构建 | 第21-23页 |
| 1.3.4 贝叶斯推断法 | 第23-25页 |
| 第2章 临床分离细菌的耐药表型和基因型研究 | 第25-49页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 菌株 | 第25页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第25-26页 |
| 2.1.3 试剂与药品 | 第26页 |
| 2.1.4 生物信息学分析软件 | 第26页 |
| 2.1.5 药敏纸片 | 第26-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-30页 |
| 2.2.1 细菌的分离和鉴定 | 第27页 |
| 2.2.2 金属β-内酰胺酶基因型的检测 | 第27-30页 |
| 2.2.3 药物的敏感试验 | 第30页 |
| 2.2.4 药敏结果的数据分析 | 第30页 |
| 2.3 实验结果 | 第30-46页 |
| 2.3.1 细菌的分离和鉴定结果 | 第30-31页 |
| 2.3.2 临床分离株的耐药情况 | 第31-36页 |
| 2.3.3 细菌耐药结果的双聚类分析 | 第36-39页 |
| 2.3.4 金属β-内酰胺酶基因型检测 | 第39-40页 |
| 2.3.5 金属β-内酰胺酶基因测序结果 | 第40-45页 |
| 2.3.6 测序结果的 BLAST 分析 | 第45-46页 |
| 2.4 讨论 | 第46-49页 |
| 第3章 基于贝叶斯推断法的金属β-内酰胺酶基因的进化研究 | 第49-63页 |
| 3.1 大规模基因序列获取的程序设计 | 第49-51页 |
| 3.1.1 程序设计方法 | 第49-50页 |
| 3.1.2 运行环境和代码 | 第50-51页 |
| 3.1.3 金属β-内酰胺酶基因的下载和整合 | 第51页 |
| 3.2 基于贝叶斯推断的进化分析 | 第51-52页 |
| 3.2.1 序列的编辑和最佳替代模型的选择 | 第51页 |
| 3.2.2 基于贝叶斯-马科夫链-蒙特卡洛模型（MCMC）的系统发育树构建 | 第51-52页 |
| 3.3 实验结果 | 第52-60页 |
| 3.3.1 下载序列的比对结果 | 第52页 |
| 3.3.2 系统发育分析 | 第52-57页 |
| 3.3.3 金属β-内酰胺酶基因的进化速率和最近共同祖先的时间(TMRCA) | 第57-58页 |
| 3.3.4 通过贝叶斯轮廓线图动态分析金属β-内酰胺酶基因的进化特征 | 第58-60页 |
| 3.4 讨论 | 第60-63页 |
| 第4章 结论 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-69页 |
| 附录 | 第69-76页 |
| 作者简介及在学校期间取得的科研成果 | 第76-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
