结合基因组变异数据的序列比对算法的研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-15页 |
| 1.1 课题研究的背景、目的及意义 | 第8-11页 |
| 1.1.1 课题研究的背景 | 第9-10页 |
| 1.1.2 课题研究的目的及意义 | 第10-11页 |
| 1.2 课题的研究现状 | 第11-13页 |
| 1.3 课题的研究内容 | 第13页 |
| 1.4 基本框架 | 第13-15页 |
| 第2章 序列比对概念与相关知识 | 第15-26页 |
| 2.1 基于新一代测序技术的序列比对概念 | 第15-17页 |
| 2.1.1 参考基因组 | 第15页 |
| 2.1.2 短序列片段 | 第15-16页 |
| 2.1.3 比对结果文件 | 第16-17页 |
| 2.1.4 比对的概念与基本流程 | 第17页 |
| 2.2 主要比对策略介绍 | 第17-24页 |
| 2.2.1 基于哈希表的比对策略 | 第18-20页 |
| 2.2.2 基于 BWT 的比对策略 | 第20-24页 |
| 2.2.3 两种比对策略的比较 | 第24页 |
| 2.3 本章小结 | 第24-26页 |
| 第3章 结合变异数据库的比对算法 | 第26-41页 |
| 3.1 引言 | 第26页 |
| 3.2 多基因组比对 | 第26-27页 |
| 3.3 结合变异数据库比对过程 | 第27-28页 |
| 3.3.1 基因组变异数据库 | 第27-28页 |
| 3.3.2 结合变异数据库的比对 | 第28页 |
| 3.4 算法实现 | 第28-40页 |
| 3.4.1 C 段与 R 段的概念 | 第28-30页 |
| 3.4.2 主要算法介绍 | 第30-39页 |
| 3.4.3 整体实现 | 第39-40页 |
| 3.5 本章小结 | 第40-41页 |
| 第4章 算法性能分析 | 第41-47页 |
| 4.1 引言 | 第41页 |
| 4.2 基本概念 | 第41页 |
| 4.3 模拟实验数据 | 第41-43页 |
| 4.3.1 模拟数据算法 | 第41-42页 |
| 4.3.2 模拟数据 | 第42-43页 |
| 4.4 在数据集下分别运行程序 | 第43-45页 |
| 4.4.1 使用 Bowtie 比对 | 第43-44页 |
| 4.4.2 使用 BWA 比对 | 第44-45页 |
| 4.4.3 使用本文工具的比对 | 第45页 |
| 4.5 实验结果对比 | 第45-46页 |
| 4.6 本章小结 | 第46-47页 |
| 结论 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-51页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第51-53页 |
| 致谢 | 第53页 |
