| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 插图索引 | 第12-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-46页 |
| 1.1 系统生物学和合成生物学简介 | 第17-24页 |
| 1.1.1 系统生物学简介 | 第17-21页 |
| 1.1.2 合成生物学简介 | 第21-24页 |
| 1.2 生物分子网络简介 | 第24-34页 |
| 1.2.1 常见的生物分子网络 | 第24-28页 |
| 1.2.2 基因调控网络 | 第28-34页 |
| 1.2.2.1 基因和基因表达 | 第28-29页 |
| 1.2.2.2 基因表达调控 | 第29-33页 |
| 1.2.2.3 基因调控网络 | 第33-34页 |
| 1.3 MicroRNAs简介 | 第34-36页 |
| 1.4 化学反应动力学简介 | 第36-41页 |
| 1.4.1 复杂反应的近似方法 | 第37-39页 |
| 1.4.2 Michaelis-Menten函数 | 第39-40页 |
| 1.4.3 Hill函数 | 第40-41页 |
| 1.5 分岔理论简介 | 第41-44页 |
| 1.5.1 鞍结分岔 | 第41-43页 |
| 1.5.2 Hopf分岔 | 第43-44页 |
| 1.6 本文的主要研究内容 | 第44-46页 |
| 第二章 MicroRNA介导的混合反馈环诱导双稳态和振荡的机制 | 第46-64页 |
| 2.1 MicroRNA介导的混合反馈环的数学模型 | 第49-51页 |
| 2.2 结果 | 第51-60页 |
| 2.2.1 MicroRNA介导的双负反馈环和双稳态 | 第52-58页 |
| 2.2.2 MicroRNA介导的单负反馈环和振荡 | 第58-60页 |
| 2.3 本章讨论与小结 | 第60-62页 |
| 附录 | 第62-64页 |
| 第三章 生物分子系统中各种细胞信号形成的方式：耦合开关与振子 | 第64-86页 |
| 3.1 模型和方程 | 第67-72页 |
| 3.1.1 拨动开关 | 第67-68页 |
| 3.1.2 压制振子 | 第68-70页 |
| 3.1.3 开关和振子的单向耦合 | 第70-71页 |
| 3.1.4 开关和振子的双向耦合 | 第71-72页 |
| 3.2 方法和结果 | 第72-84页 |
| 3.2.1 确定不同动力学行为的解耦方法 | 第72-76页 |
| 3.2.2 双向耦合系统 | 第76-78页 |
| 3.2.3 双向耦合形成生物分子信号 | 第78页 |
| 3.2.4 例子 | 第78-84页 |
| 3.3 本章讨论与小结 | 第84-86页 |
| 第四章 总结和展望 | 第86-90页 |
| 4.1 总结 | 第86-87页 |
| 4.2 展望 | 第87-90页 |
| 参考文献 | 第90-104页 |
| 攻读博士学位期间完成的工作 | 第104-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
