| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第9-26页 |
| 1.1 计算生物学 | 第9-10页 |
| 1.1.1 计算生物学的发展 | 第9页 |
| 1.1.2 计算生物学研究内容 | 第9-10页 |
| 1.2 蛋白质三维结构的预测 | 第10-12页 |
| 1.2.1 预测方法 | 第10-11页 |
| 1.2.2 预测软件 | 第11-12页 |
| 1.3 分子对接 | 第12-16页 |
| 1.3.1 分子对接原理 | 第12页 |
| 1.3.2 分子对接分类 | 第12-13页 |
| 1.3.3 搜索算法 | 第13页 |
| 1.3.4 打分函数 | 第13-15页 |
| 1.3.5 多肽与蛋白质对接简介 | 第15页 |
| 1.3.6 多肽与蛋白质对接软件介绍 | 第15-16页 |
| 1.4 分子动力学模拟 | 第16-19页 |
| 1.4.1 基本原理 | 第16-17页 |
| 1.4.2 积分算法 | 第17-18页 |
| 1.4.3 基本过程 | 第18-19页 |
| 1.4.4 分子动力学软件Amber | 第19页 |
| 1.5 结合自由能预测 | 第19-21页 |
| 1.6 生物多肽与蛋白质 | 第21-24页 |
| 1.6.1 Toll样受体4(TLR4) | 第21-23页 |
| 1.6.2 髓样分化蛋白2(MD2) | 第23-24页 |
| 1.6.3 Cl-CATH2多肽 | 第24页 |
| 1.6.4 Cl-CATH2多肽与TLR4-MD2复合物 | 第24页 |
| 1.7 研究目的与研究内容 | 第24-26页 |
| 2 Cl-CATH2的结构预测 | 第26-34页 |
| 2.1 引言 | 第26页 |
| 2.2 材料与方法 | 第26-28页 |
| 2.2.1 工作流程 | 第26-27页 |
| 2.2.2 同源建模 | 第27-28页 |
| 2.2.3 从头建模 | 第28页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第28-33页 |
| 2.3.1 同源建模结果与评价 | 第28-30页 |
| 2.3.2 从头建模结果与评价 | 第30-33页 |
| 2.4 本章小结 | 第33-34页 |
| 3 TLR4-MD2/Cl-CATH2逐步柔性对接肽段 | 第34-50页 |
| 3.1 引言 | 第34-35页 |
| 3.2 材料与方法 | 第35-42页 |
| 3.2.1 工作流程 | 第35页 |
| 3.2.2 受体蛋白质与多肽配体准备 | 第35-38页 |
| 3.2.3 ZDock刚性对接 | 第38-39页 |
| 3.2.4 一致性打分 | 第39页 |
| 3.2.5 RosettaDock半柔性对接 | 第39-40页 |
| 3.2.6 逐步全柔性对接 | 第40-42页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第42-49页 |
| 3.3.1 对接初始结构的选择结果 | 第42-45页 |
| 3.3.2 逐步全柔性对接结果与分析 | 第45-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-50页 |
| 4 TLR4-MD2/Cl-CATH2相互作用研究 | 第50-69页 |
| 4.1 引言 | 第50页 |
| 4.2 材料与方法 | 第50-52页 |
| 4.2.1 受体蛋白质与多肽配体准备 | 第50页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第50-51页 |
| 4.2.3 结合自由能计算 | 第51-52页 |
| 4.2.4 结合自由能分解 | 第52页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第52-68页 |
| 4.3.1 分子动力学模拟轨迹分析 | 第52-55页 |
| 4.3.2 结合自由能分析 | 第55-56页 |
| 4.3.3 结合自由能的残基分析 | 第56-65页 |
| 4.3.4 相互作用界面上氢键及疏水相互作用分析 | 第65-68页 |
| 4.4 本章小结 | 第68-69页 |
| 结论 | 第69-70页 |
| 展望 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-78页 |
| 附录A 表面接触RMSD值和表面接触能量图 | 第78-80页 |
| 附录B Amber能量优化后肽段与TLR4-MD2相互作用 | 第80-83页 |
| 附录C 逐步对接3个肽段分步图 | 第83-85页 |
| 附录D 逐步对接6个肽段分步图 | 第85-86页 |
| 附录E 逐步对接9个肽段分步图 | 第86-87页 |
| 附录F 刚性对接一致性打分半柔性对接结果图 | 第87-88页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第88-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
