| 致谢 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 专业词汇中英对照表 | 第11-14页 |
| 目录 | 第14-17页 |
| 1 绪论 | 第17-31页 |
| 1.1 基因表达以及转录调控 | 第17-19页 |
| 1.1.1 基因表达：一条或两条染色体? | 第17页 |
| 1.1.2 转录调控 | 第17-19页 |
| 1.2 组蛋白修饰和转录调控 | 第19-21页 |
| 1.3 组蛋白变异体和转录调控 | 第21-26页 |
| 1.3.1 组蛋白变异体H3.3 | 第22-23页 |
| 1.3.2 组蛋白变异体H2A.Z | 第23-25页 |
| 1.3.3 组蛋白变异体H3.3和H2A.Z | 第25-26页 |
| 1.4 第二代测序技术的应用 | 第26-31页 |
| 2 整合多重ChIP-seq数据进行蛋白等位基因特异结合研究 | 第31-59页 |
| 2.1 方法 | 第33-41页 |
| 2.1.1 数据结构 | 第33-35页 |
| 2.1.2 主要出发点和挑战 | 第35-36页 |
| 2.1.3 概率模型 | 第36-38页 |
| 2.1.4 数据产生概率分布 | 第38-39页 |
| 2.1.5 联合概率以及模型拟合 | 第39-40页 |
| 2.1.6 对等位基因特异性的统计推断 | 第40-41页 |
| 2.2 结果 | 第41-54页 |
| 2.2.1 GM12878数据以及前期处理 | 第41-42页 |
| 2.2.2 模拟分析 | 第42-47页 |
| 2.2.3 真实数据分析 | 第47-54页 |
| 2.3 结论与讨论 | 第54-59页 |
| 2.3.1 对相关模式的解释 | 第54-56页 |
| 2.3.2 模型,算法以及潜在的延伸 | 第56-57页 |
| 2.3.3 对将来研究的启示 | 第57页 |
| 2.3.4 结论 | 第57-59页 |
| 3 组蛋白变异体H2A.Z和H3.3对转录调控的探讨 | 第59-77页 |
| 3.1 实验方法 | 第60-61页 |
| 3.1.1 细胞培养 | 第60-61页 |
| 3.1.2 新生RNA以及mRNA的提取和real-time PCR分析 | 第61页 |
| 3.1.3 体内染色质结构分析 | 第61页 |
| 3.1.4 ChIP实验 | 第61页 |
| 3.1.5 上机测序 | 第61页 |
| 3.2 分析方法 | 第61-62页 |
| 3.2.1 MNase-seq分析 | 第61-62页 |
| 3.2.2 ChIP-seq全基因组分析 | 第62页 |
| 3.3 研究结果 | 第62-75页 |
| 3.3.1 开放染色质结构度量 | 第62-68页 |
| 3.3.2 整合染色质结构以及转录调控元件 | 第68-71页 |
| 3.3.3 模型假设 | 第71-75页 |
| 3.4 结论与讨论 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-91页 |
| 附录A | 第91-103页 |
| 补充材料1 数据前期处理 | 第91-92页 |
| 补充材料2 Beta分布中参数估计的方法 | 第92-93页 |
| 补充材料3 对于Dirichlet先验值参数的选择 | 第93-94页 |
| 补充材料4 iASeq中使用的EM算法 | 第94-97页 |
| 补充材料5 利用Bayesian Information Criterion(BIC)选择K值 | 第97-98页 |
| 补充材料6 模拟研究中的数据产生 | 第98-99页 |
| 补充材料7 基于单数据的EM算法分析 | 第99-101页 |
| 补充材料8 新生RNA以及mRNA的提取和real-time PCR分析 | 第101-102页 |
| 补充材料9 染色质免疫共沉淀(ChIP)实验 | 第102-103页 |
| 附录B | 第103-107页 |
| 附表1 使用的数据集汇总 | 第103-104页 |
| 附表2. 使用Caltech RNA-seq外显子ASE SNP作为黄金标准比较iASeq和AlleleSeq | 第104-105页 |
| 附表3. 使用Yale RNA-seq外显子ASE SNP作为黄金标准比较iASeq和AlleleSeq | 第105-106页 |
| 附表4. 使用Yale RNA-seq外显子ASE SNP作为黄金标准比较iASeq和AlleleSeq | 第106-107页 |
| 附录C | 第107-115页 |
| 附图1. 使用Caltech RNA-seq ASE SNP作为黄金标准在GM12878数据中的ROC曲线 | 第107-108页 |
| 附图2. 使用Caltech RNA-seq常染色体上的ASE SNP作为黄金标准在GM12878数据中的ROC曲线 | 第108-109页 |
| 附图3. 使用Yale外显子RNA-seq ASE SNP作为黄金标准在GM12878数据中的ROC曲线 | 第109-110页 |
| 附图4. 使用Yale RNA-seq常染色体上的外显子区域的ASE SNP作为黄金标准在GM12878数据中的ROC曲线 | 第110-111页 |
| 附图5. 比较AlleleSeq和iASeq的ROC曲线 | 第111-112页 |
| 附图6. 在小鼠胚胎干细胞中采用tRA对基因HoxAl诱导表达过程中H2A.Z和H3.3在染色质结构上的动态调控 | 第112-115页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第115-116页 |
| 作者简历 | 第115页 |
| 获奖情况 | 第115页 |
| 已发表或正式接受的学术论文 | 第115页 |
| 参加的研究项目 | 第115-116页 |
