| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 中英文缩略词对照表 | 第14-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-25页 |
| 1.1 牛的生理特性 | 第15-16页 |
| 1.2 牛肠道菌群的生理功能 | 第16-17页 |
| 1.3 牛肠道菌群多样性 | 第17-19页 |
| 1.4 影响肠道菌群的因素 | 第19页 |
| 1.5 肠道菌群的研究手段及其进展 | 第19-23页 |
| 1.5.1 基于分离培养的方法 | 第20页 |
| 1.5.2 分子生物技术的应用 | 第20-21页 |
| 1.5.3 高通量测序技术的应用 | 第21-22页 |
| 1.5.4 组学技术与多变量统计结合应用 | 第22-23页 |
| 1.6 研究目的及意义 | 第23-24页 |
| 1.7 技术路线 | 第24-25页 |
| 第2章 不同生长期奶牛肠道菌群的变化特征 | 第25-51页 |
| 2.1 前言 | 第25-26页 |
| 2.2 材料与设备 | 第26-27页 |
| 2.2.1 主要试剂 | 第26-27页 |
| 2.2.2 主要分析仪器设备 | 第27页 |
| 2.3 实验方法 | 第27-31页 |
| 2.3.1 样品采集 | 第27-28页 |
| 2.3.2 高质量基因组DNA的提取 | 第28-29页 |
| 2.3.3 使用融合引物（Fusion Primer）PCR扩增 | 第29页 |
| 2.3.4 PCR产物等量混合与纯化 | 第29-30页 |
| 2.3.5 构建文库与上机测序 | 第30-31页 |
| 2.4 数据处理 | 第31-34页 |
| 2.4.1 测序质量控制 | 第31-33页 |
| 2.4.2 生物信息分析 | 第33页 |
| 2.4.3 统计分析 | 第33-34页 |
| 2.5 结果与讨论 | 第34-50页 |
| 2.5.1 基于门属水平的奶牛肠道菌群整体结构分析 | 第34-37页 |
| 2.5.2 不同生长期奶牛肠道菌群结构的变化特征 | 第37-44页 |
| 2.5.3 不同生长期奶牛肠道菌群多样性变化特征分析 | 第44-47页 |
| 2.5.4 三种益生菌属在奶牛不同生长期肠道菌群的丰度变化分析 | 第47-50页 |
| 2.6 本章小结 | 第50-51页 |
| 第3章 高原奶牛泌乳期与非泌乳期肠道菌群的差异研究 | 第51-63页 |
| 3.1 前言 | 第51页 |
| 3.2 材料与设备 | 第51-52页 |
| 3.2.1 主要试剂 | 第51页 |
| 3.2.2 主要分析仪器设备 | 第51-52页 |
| 3.3 实验方法 | 第52-53页 |
| 3.3.1 样品采集 | 第52页 |
| 3.3.2 高质量基因组DNA的提取 | 第52页 |
| 3.3.3 使用融合引物（Fusion Primer）PCR扩增 | 第52页 |
| 3.3.4 PCR产物等量混合与纯化 | 第52页 |
| 3.3.5 构建文库与上机测序 | 第52-53页 |
| 3.4 数据处理 | 第53-54页 |
| 3.4.1 测序质量控制 | 第53页 |
| 3.4.2 生物信息分析 | 第53页 |
| 3.4.3 统计分析 | 第53-54页 |
| 3.5 结果与讨论 | 第54-62页 |
| 3.5.1 高原奶牛在门属水平上的肠道菌群结构组成 | 第54-57页 |
| 3.5.2 高原奶牛泌乳期与非泌乳期肠道菌群结构变化 | 第57-60页 |
| 3.5.3 高原奶牛泌乳期与非泌乳期肠道菌群多样性变化 | 第60-61页 |
| 3.5.4 益生菌属在高原奶牛泌乳期与非泌乳期的肠道菌群丰度变化 | 第61-62页 |
| 3.6 本章小结 | 第62-63页 |
| 第4章 高原与平原奶牛肠道菌群的差异研究 | 第63-75页 |
| 4.1 前言 | 第63页 |
| 4.2 材料与设备 | 第63页 |
| 4.2.1 主要试剂 | 第63页 |
| 4.2.2 主要分析仪器设备 | 第63页 |
| 4.3 实验方法 | 第63-65页 |
| 4.3.1 样品采集 | 第63-64页 |
| 4.3.2 高质量基因组DNA的提取 | 第64页 |
| 4.3.3 使用融合引物（Fusion Primer）PCR扩增 | 第64-65页 |
| 4.3.4 PCR产物等量混合与纯化 | 第65页 |
| 4.3.5 构建文库与上机测序 | 第65页 |
| 4.4 数据处理 | 第65-66页 |
| 4.4.1 测序质量控制 | 第65页 |
| 4.4.2 生物信息分析 | 第65页 |
| 4.4.3 统计分析 | 第65-66页 |
| 4.5 结果与讨论 | 第66-73页 |
| 4.5.1 高原奶牛与平原奶牛肠道菌群整体结构组成分析 | 第66-67页 |
| 4.5.2 高原奶牛与平原奶牛肠道菌群结构对比分析 | 第67-71页 |
| 4.5.3 高原奶牛与平原奶牛肠道菌群多样性对比分析 | 第71-73页 |
| 4.5.4 高原与平原奶牛益生菌丰度对比分析 | 第73页 |
| 4.6 本章小结 | 第73-75页 |
| 第5章 不同养殖方式高原奶牛肠道菌群特征 | 第75-87页 |
| 5.1 前言 | 第75页 |
| 5.2 材料与设备 | 第75页 |
| 5.2.1 主要试剂 | 第75页 |
| 5.2.2 主要分析仪器设备 | 第75页 |
| 5.3 实验方法 | 第75-77页 |
| 5.3.1 样品采集 | 第75-76页 |
| 5.3.2 高质量基因组DNA的提取 | 第76页 |
| 5.3.3 使用融合引物（Fusion Primer）PCR扩增 | 第76-77页 |
| 5.3.4 PCR产物等量混合与纯化 | 第77页 |
| 5.3.5 构建文库与上机测序 | 第77页 |
| 5.4 数据处理 | 第77-78页 |
| 5.4.1 测序质量控制 | 第77页 |
| 5.4.2 生物信息分析 | 第77-78页 |
| 5.4.3 统计分析 | 第78页 |
| 5.5 结果与讨论 | 第78-86页 |
| 5.5.1 放牧与圈养奶牛肠道菌群在门属水平上结构组成 | 第78-83页 |
| 5.5.2 放牧与圈养奶牛肠道菌群多样性差异分析 | 第83-85页 |
| 5.5.3 放牧与圈养对益生菌属丰度变化的影响 | 第85-86页 |
| 5.6 本章小结 | 第86-87页 |
| 第6章 高原奶牛肠道菌群与土壤微生物的相关性研究 | 第87-109页 |
| 6.1 前言 | 第87页 |
| 6.2 材料与设备 | 第87-88页 |
| 6.2.1 主要试剂 | 第87页 |
| 6.2.2 主要分析仪器设备 | 第87-88页 |
| 6.3 实验方法 | 第88-90页 |
| 6.3.1 样品采集 | 第88页 |
| 6.3.2 高质量基因组DNA的提取 | 第88-89页 |
| 6.3.3 使用融合引物（Fusion Primer）PCR扩增 | 第89页 |
| 6.3.4 PCR产物等量混合与纯化 | 第89页 |
| 6.3.5 构建文库与上机测序 | 第89-90页 |
| 6.4 数据处理 | 第90-91页 |
| 6.4.1 测序质量控制 | 第90页 |
| 6.4.2 生物信息分析 | 第90页 |
| 6.4.3 统计分析 | 第90-91页 |
| 6.5 结果与讨论 | 第91-107页 |
| 6.5.1 高原奶牛肠道菌群与土壤微生物的结构组成 | 第91-104页 |
| 6.5.2 高原奶牛肠道菌群与土壤微生物的多样性 | 第104-107页 |
| 6.6 本章小结 | 第107-109页 |
| 主要结论与展望 | 第109-111页 |
| 主要结论 | 第109-110页 |
| 展望与设想 | 第110-111页 |
| 创新点 | 第111-112页 |
| 致谢 | 第112-114页 |
| 参考文献 | 第114-122页 |
| 作者简介 | 第122-123页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第123页 |
| 攻读硕士学位期间参研的项目 | 第123-124页 |
