| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略表 | 第15-17页 |
| 第一章 引言 | 第17-28页 |
| 1.1 玉米粗缩病与水稻黑条矮缩病毒 | 第17-19页 |
| 1.1.1 玉米粗缩病 | 第17-18页 |
| 1.1.2 水稻黑条矮缩病毒及其基因组 | 第18-19页 |
| 1.2 RNA干扰技术在植物抗病毒病育种中的应用 | 第19-20页 |
| 1.2.1 基因工程在植物抗病毒病中的应用 | 第19页 |
| 1.2.2 RNAi技术 | 第19页 |
| 1.2.3 RNAi在抗病毒基因工程中的应用 | 第19-20页 |
| 1.3 植物RNA病毒分子遗传变异及进化 | 第20-23页 |
| 1.3.1 植物RNA病毒分子遗传变异 | 第20-21页 |
| 1.3.2 植物病毒密码子 | 第21-22页 |
| 1.3.3 植物RNA病毒群体遗传结构分析 | 第22-23页 |
| 1.4 高通量测序在植物病毒病研究中的应用 | 第23-26页 |
| 1.4.1 转录组学在植物病毒病研究中的应用 | 第23-25页 |
| 1.4.2 mi RNA在植物病毒病研究中的应用 | 第25-26页 |
| 1.5 本文的研究目的和意义 | 第26-27页 |
| 1.6 技术路线图 | 第27-28页 |
| 第二章 水稻黑条矮缩病毒基因组多样性分析 | 第28-47页 |
| 2.1 材料和方法 | 第28-32页 |
| 2.1.1 水稻黑条矮缩病毒采集、提取和测序 | 第28-30页 |
| 2.1.2 核苷酸变异和多样性分析 | 第30-31页 |
| 2.1.3 遗传重组和系统发育分析 | 第31页 |
| 2.1.4 RNAi载体的构建 | 第31-32页 |
| 2.2 结果 | 第32-44页 |
| 2.2.1 病毒基因组变异 | 第32-36页 |
| 2.2.2 核苷酸多样性分析 | 第36-37页 |
| 2.2.3 遗传重组检测 | 第37-38页 |
| 2.2.4 系统发育分析 | 第38-39页 |
| 2.2.5 序列保守区预测 | 第39-43页 |
| 2.2.6 RNAi载体构建 | 第43-44页 |
| 2.3 讨论 | 第44-47页 |
| 2.3.1 RBSDV序列变异 | 第44-45页 |
| 2.3.2 RBSDV的重组和分类 | 第45页 |
| 2.3.3 RNAi技术在玉米抗RBSDV研究中的应用 | 第45-47页 |
| 第三章 水稻黑条矮缩病毒的选择响应 | 第47-59页 |
| 3.1 材料和方法 | 第47-49页 |
| 3.1.1 病毒采集、dsRNA提取和测序 | 第47页 |
| 3.1.2 密码子使用偏性分析 | 第47-48页 |
| 3.1.3 对应分析和主要偏爱密码子的确定 | 第48页 |
| 3.1.4 自然选择效应和中性检测 | 第48页 |
| 3.1.5 遗传分化和基因流分析 | 第48-49页 |
| 3.2 结果 | 第49-57页 |
| 3.2.1 RBSDV碱基成分分析 | 第49-50页 |
| 3.2.2 影响病毒密码子使用因素分析 | 第50-53页 |
| 3.2.3 主要偏爱密码子的确定 | 第53页 |
| 3.2.4 自然选择效应分析 | 第53页 |
| 3.2.5 群体中性测试 | 第53-54页 |
| 3.2.6 遗传分化和基因流分析 | 第54-57页 |
| 3.3 讨论 | 第57-59页 |
| 3.3.1 影响RBSDV密码子使用的原因分析 | 第57页 |
| 3.3.2 病毒自然选择 | 第57页 |
| 3.3.3 病毒群体遗传结构 | 第57-59页 |
| 第四章 水稻黑条矮缩病毒胁迫玉米响应途径分析 | 第59-81页 |
| 4.1 材料和方法 | 第59-62页 |
| 4.1.1 供试材料 | 第59页 |
| 4.1.2 人工接种病毒和玉米样品采集 | 第59页 |
| 4.1.3 人工接种病毒的鉴定 | 第59-60页 |
| 4.1.4 转录组、miRNA和降解组测序 | 第60页 |
| 4.1.5 转录组和miRNA分析 | 第60-61页 |
| 4.1.6 玉米叶片组织细胞分析 | 第61-62页 |
| 4.2 结果 | 第62-79页 |
| 4.2.1 RBSDV人工接种的鉴定 | 第62-64页 |
| 4.2.2 测序数据统计分析 | 第64页 |
| 4.2.3 玉米转录组响应RBSDV差异表达分析 | 第64-72页 |
| 4.2.4 玉米miRNA响应RBSDV差异表达分析及靶基因鉴定 | 第72-74页 |
| 4.2.5 RBSDV致病途径联合分析 | 第74-79页 |
| 4.3 讨论 | 第79-81页 |
| 4.3.1 玉米响应RBSDV基因特征分析 | 第79-80页 |
| 4.3.2 RBSDV导致玉米粗缩病致病途径 | 第80-81页 |
| 第五章 全文结论 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-96页 |
| 附录 | 第96-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 作者简历 | 第119页 |