| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 主要符号与缩写词表 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-31页 |
| 1 植物逆境相关转录因子研究进展 | 第14-20页 |
| 1.1 AP/EREBP家族 | 第14-18页 |
| 1.2 WRKY家族 | 第18-19页 |
| 1.3 PHD-finger家族 | 第19-20页 |
| 2 生物信息学研究进展 | 第20-26页 |
| 2.1 生物信息学主要研究内容 | 第20页 |
| 2.2 生物信息学主要数据库 | 第20-26页 |
| 2.3 生物信息学展望 | 第26页 |
| 3 高等植物启动子研究进展 | 第26-31页 |
| 3.1 启动子概念与基本结构 | 第26-27页 |
| 3.1.1 转录起始位点 | 第26页 |
| 3.1.2 TATA盒 | 第26-27页 |
| 3.1.3 CAAT盒 | 第27页 |
| 3.2 启动子的分类 | 第27-30页 |
| 3.2.1 组成型启动子 | 第27页 |
| 3.2.2 诱导型启动子 | 第27-29页 |
| 3.2.2.1 盐诱导型启动子 | 第27-28页 |
| 3.2.2.2 光诱导型启动子 | 第28页 |
| 3.2.2.3 激素诱导型启动子 | 第28页 |
| 3.2.2.4 创伤诱导型启动子 | 第28-29页 |
| 3.2.2.5 低温诱导型启动子 | 第29页 |
| 3.2.3 组织特异型启动子 | 第29-30页 |
| 3.2.3.1 根特异启动子 | 第29页 |
| 3.2.3.2 种子特异启动子 | 第29-30页 |
| 3.2.3.3 花粉特异启动子 | 第30页 |
| 3.3 启动子的克隆与功能研究方法 | 第30-31页 |
| 引言 | 第31-32页 |
| 第二章 水稻PHD-finger转录因子家族生物信息学分析 | 第32-40页 |
| 1 水稻基因组序列数据库来源 | 第32页 |
| 2 方法 | 第32-33页 |
| 2.1 水稻全基因组PHD-finger转录因子的鉴定 | 第32页 |
| 2.2 水稻PHD-finger转录因子氨基酸序列属性分析 | 第32-33页 |
| 2.3 水稻PHD-finger家族系统发生树的绘制 | 第33页 |
| 2.4 水稻PHD-finger家族染色体定位和家族序列LOGO | 第33页 |
| 2.5 水稻PHD-finger转录因子结构分析 | 第33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-38页 |
| 3.1 水稻PHD-finger转录因子家族的确定与命名 | 第33-35页 |
| 3.2 水稻PHD-finger家族系统发生树 | 第35-36页 |
| 3.3 水稻PHD-finger家族染色体定位 | 第36-37页 |
| 3.4 水稻PHD-finger家族成员基因结构分析 | 第37-38页 |
| 4 讨论 | 第38-40页 |
| 第三章 水稻PHD-finger家族低温诱导基因的鉴定 | 第40-47页 |
| 1 水稻PHD-finger家族基因表达谱数据来源 | 第40页 |
| 2 材料与方法 | 第40-43页 |
| 2.1 植物材料与处理方法 | 第40页 |
| 2.2 培养基 | 第40页 |
| 2.3 主要试剂 | 第40-41页 |
| 2.4 主要仪器设备 | 第41页 |
| 2.5 方法 | 第41-43页 |
| 2.5.1 水稻PHD-finger转录因子基因表达谱数据分析 | 第41页 |
| 2.5.2 总RNA提取 | 第41-42页 |
| 2.5.3 cDNA反转录 | 第42页 |
| 2.5.4 RT-PCR检测引物设计 | 第42页 |
| 2.5.5 RT-PCR分析候选基因表达模式 | 第42-43页 |
| 3 结果与分析 | 第43-46页 |
| 3.1 逆境胁迫(冷、旱、盐)下水稻PHD-finger基因表达特征 | 第43-44页 |
| 3.2 水稻PHD-finger家族抗逆功能基因的筛选 | 第44-46页 |
| 3.2.1 候选基因低温诱导表达模式分析 | 第44-45页 |
| 3.2.2 候选基因干旱诱导表达模式分析 | 第45页 |
| 3.2.3 候选基因高盐诱导表达模式分析 | 第45-46页 |
| 4 讨论 | 第46-47页 |
| 第四章 低温诱导型启动子pOsPHD13和pOsPHD52的克隆 | 第47-58页 |
| 1 材料与方法 | 第47-54页 |
| 1.1 植物材料与处理方法 | 第47页 |
| 1.2 菌株和载体 | 第47页 |
| 1.3 培养基 | 第47页 |
| 1.4 酶及试剂 | 第47-48页 |
| 1.5 引物合成与测序 | 第48页 |
| 1.6 主要仪器设备 | 第48页 |
| 1.7 方法 | 第48-54页 |
| 1.7.1 水稻基因组DNA提取 | 第48页 |
| 1.7.2 水稻总RNA提取和cDNA反转录 | 第48页 |
| 1.7.3 启动子克隆及表达载体构建 | 第48-49页 |
| 1.7.4 PCR产物的回收与纯化 | 第49-50页 |
| 1.7.5 加ployA及连接T载体 | 第50页 |
| 1.7.6 大肠杆菌感受态细胞的制备与转化 | 第50-51页 |
| 1.7.7 农杆菌感受态细胞制备的制备与转化 | 第51-52页 |
| 1.7.8 质粒DNA小量提取的方法 | 第52页 |
| 1.7.9 重组质粒的酶切验证与测序 | 第52-53页 |
| 1.7.10 水稻遗传转化及转基因植株鉴定 | 第53-54页 |
| 1.7.11 GUS组织化学染色 | 第54页 |
| 2 结果与分析 | 第54-57页 |
| 2.1 pOsPHD13和pOsPHD52启动子的克隆 | 第54-56页 |
| 2.2 启动子pOsPHD13和pOsPHD52的水稻遗传转化 | 第56页 |
| 2.3 转基因水稻阳性植株鉴定 | 第56-57页 |
| 3 讨论 | 第57-58页 |
| 第五章 低温诱导型启动子pOsPHD13和pOsPHD52功能分析 | 第58-68页 |
| 1 材料与方法 | 第58-61页 |
| 1.1 植物材料与处理方法 | 第58页 |
| 1.2 菌株和载体 | 第58页 |
| 1.3 培养基 | 第58页 |
| 1.4 酶及试剂 | 第58-59页 |
| 1.5 引物合成与测序 | 第59页 |
| 1.6 主要仪器设备 | 第59页 |
| 1.7 方法 | 第59-61页 |
| 1.7.1 启动子顺式作用元件生物信息学分析 | 第59页 |
| 1.7.2 启动子截断载体的构建方法 | 第59-60页 |
| 1.7.3 烟草瞬时表达系统构建方法 | 第60页 |
| 1.7.4 启动子核心功能区在烟草中的瞬时表达分析 | 第60页 |
| 1.7.5 启动子核心功能区关键顺式作用元件的突变分析 | 第60-61页 |
| 2 结果与分析 | 第61-66页 |
| 2.1 pOsPHD13和pOsPHD52启动子生物信息学分析 | 第61页 |
| 2.2 pOsPHD13和pOsPHD52启动子截断载体构建 | 第61-64页 |
| 2.3 烟草瞬时表达系统分析pOsPHD13和pOsPHD52启动子低温诱导活性 | 第64-65页 |
| 2.4 烟草瞬时表达系统分析截断载体的低温诱导活性 | 第65-66页 |
| 2.5 烟草瞬时表达系统鉴定响应元件 | 第66页 |
| 3 讨论 | 第66-68页 |
| 第六章 低温诱导型启动子pOsPHD13和pOsPHD52表达机理研究 | 第68-78页 |
| 1 材料与方法 | 第68-72页 |
| 1.1 菌株、载体和GST标签蛋白 | 第68页 |
| 1.2 酶及试剂 | 第68-69页 |
| 1.3 引物合成与测序 | 第69页 |
| 1.4 主要仪器设备 | 第69页 |
| 1.5 方法 | 第69-72页 |
| 1.5.1 诱饵载体构建 | 第69页 |
| 1.5.2 酵母感受态细胞的制备 | 第69-70页 |
| 1.5.3 诱饵载体转化酵母 | 第70页 |
| 1.5.4 酵母质粒的提取与验证 | 第70-71页 |
| 1.5.5 凝胶阻滞试验分析目的蛋白与DNA结合活性 | 第71-72页 |
| 2 结果与分析 | 第72-76页 |
| 2.1 诱饵载体构建 | 第72-73页 |
| 2.2 酵母单杂实验筛选诱饵载体结合蛋白 | 第73-75页 |
| 2.3 EMSA体外验证DRE/CRT元件与CBF蛋白结合特性 | 第75-76页 |
| 3 讨论 | 第76-78页 |
| 结论 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 附录A载体图谱和DNA分子量标准 | 第94-96页 |
| 1. pCAMBIA1391载体图谱 | 第94-95页 |
| 2. pGADT7载体图谱 | 第95页 |
| 3. DNA分子量标准 | 第95-96页 |
| 附录B 水稻遗传转化主要培养基与配方 | 第96-97页 |
| 作者简介 | 第97页 |
| 博士期间发表的主要文章、专利及标准 | 第97页 |
