基于图的单倍体组装算法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-14页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-11页 |
| 1.2 研究现状 | 第11-12页 |
| 1.3 本文的研究内容与文章结构 | 第12-14页 |
| 第2章 单倍体组装 | 第14-26页 |
| 2.1 遗传学基础 | 第14-18页 |
| 2.1.1 染色体 | 第14-15页 |
| 2.1.2 DNA | 第15页 |
| 2.1.3 单核苷酸多态性 | 第15-16页 |
| 2.1.4 等位基因、单体型和基因型 | 第16-17页 |
| 2.1.5 基因序列 | 第17-18页 |
| 2.2 单倍体组装问题描述 | 第18-20页 |
| 2.3 单倍体组装算法介绍 | 第20-23页 |
| 2.3.1 MFR和MSR模型 | 第20-21页 |
| 2.3.2 MEC模型 | 第21-22页 |
| 2.3.3 分支限界法 | 第22页 |
| 2.3.4 遗传算法 | 第22-23页 |
| 2.4 模型数据及分析 | 第23-24页 |
| 2.5 本章小结 | 第24-26页 |
| 第3章 单倍体组装问题的图论分析 | 第26-31页 |
| 3.1 图模型基本要素 | 第26-29页 |
| 3.1.1 路与回路 | 第26页 |
| 3.1.2 图的矩阵表示 | 第26-27页 |
| 3.1.3 树与生成树 | 第27-28页 |
| 3.1.4 二分图 | 第28-29页 |
| 3.2 并查集 | 第29页 |
| 3.3 冲突圈消融 | 第29-30页 |
| 3.4 本章小结 | 第30-31页 |
| 第4章 单倍体组装问题中的冲突圈消融算法 | 第31-43页 |
| 4.1 算法基本流程 | 第31-33页 |
| 4.2 冲突圈 | 第33-38页 |
| 4.2.1 冲突圈的定义 | 第33-37页 |
| 4.2.2 冲突圈的判断 | 第37-38页 |
| 4.3 最大生成树的生成 | 第38-39页 |
| 4.4 算法设计及理论证明 | 第39-42页 |
| 4.5 本章小结 | 第42-43页 |
| 第5章 算法实现及实验结果分析 | 第43-51页 |
| 5.1 实验设置 | 第43-44页 |
| 5.1.1 实验数据格式说明 | 第43-44页 |
| 5.1.2 运行环境 | 第44页 |
| 5.2 算法实现 | 第44-47页 |
| 5.2.1 冲突图的生成 | 第44页 |
| 5.2.2 冲突圈标记 | 第44-46页 |
| 5.2.3 冲突圈集合覆盖计算 | 第46-47页 |
| 5.3 实验结果及分析 | 第47-49页 |
| 5.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 致谢 | 第56页 |
