| 摘要 | 第3-9页 |
| ABSTRACT | 第9-14页 |
| 第一章 概论 | 第17-30页 |
| 1.1 膀胱癌概述 | 第17-22页 |
| 1.2 膀胱癌相关研究现状 | 第22-23页 |
| 1.3 TCGA数据库介绍 | 第23-28页 |
| 1.4 本文研究工作 | 第28-30页 |
| 第二章 癌症样本及分析方法介绍 | 第30-41页 |
| 2.1 膀胱癌样本来源 | 第30页 |
| 2.2 RNASeq差异表达分析方法 | 第30-34页 |
| 2.2.1 RNA-Seq与微阵列比较 | 第30-31页 |
| 2.2.2 RNA-Seq存在的问题 | 第31页 |
| 2.2.3 基于RNA-Seq数据筛选差异表达方法 | 第31-32页 |
| 2.2.4 基于RNA-Seq数据检测差异表达方法比较 | 第32-34页 |
| 2.3 共表达网络构建及分析方法 | 第34-39页 |
| 2.3.1 无尺度分布 | 第35-36页 |
| 2.3.2 定义基因共表达相关矩阵 | 第36页 |
| 2.3.3 定义邻接函数并确定邻接函数的参数 | 第36页 |
| 2.3.4 定义节点的相异度 | 第36-37页 |
| 2.3.5 聚类分析确定基因模块 | 第37-38页 |
| 2.3.6 WGCNA相关概念 | 第38-39页 |
| 2.4 其他分析方法介绍 | 第39-41页 |
| 第三章 膀胱癌相关基因性别差异表达分析 | 第41-50页 |
| 3.1 材料和方法 | 第41-43页 |
| 3.1.1 材料 | 第41页 |
| 3.1.2 RNASeq表达数据的预处理 | 第41-42页 |
| 3.1.3 筛选差异表达基因 | 第42-43页 |
| 3.2 结果 | 第43-48页 |
| 3.2.1 女性特异性膀胱癌相关差异表达基因 | 第43-45页 |
| 3.2.2 注释及生物学特征 | 第45-48页 |
| 3.3 讨论 | 第48-50页 |
| 第四章 女性膀胱癌基因的共表达网络分析 | 第50-68页 |
| 4.1 材料和方法 | 第51-52页 |
| 4.1.1 材料 | 第51页 |
| 4.1.2 数据的预处理 | 第51页 |
| 4.1.3 数据分析方法 | 第51-52页 |
| 4.2 结果 | 第52-65页 |
| 4.2.1 去除离群样本 | 第52-53页 |
| 4.2.2 选择构建网络参数 | 第53-55页 |
| 4.2.3 构建共表达网络 | 第55-62页 |
| 4.2.4 相关模块的生物信息学分析 | 第62-65页 |
| 4.3 讨论 | 第65-68页 |
| 第五章 总结 | 第68-71页 |
| 参考文献 | 第71-76页 |
| 附录 | 第76-94页 |
| 攻读硕士期间发表论著 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |