拥挤环境下的双分子反应
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-28页 |
| ·引言 | 第10-11页 |
| ·大分子拥挤对溶液平衡的影响 | 第11-15页 |
| ·大分子拥挤对反应速率的影响 | 第15-17页 |
| ·大分子复合物的形成 | 第16页 |
| ·酶催化的反应 | 第16-17页 |
| ·大分子拥挤对溶质扩散的影响 | 第17-18页 |
| ·大分子的硬球模型 | 第18-19页 |
| ·实验测量热力学活性示踪蛋白的有效占有体积 | 第19-20页 |
| ·包含一种大分子溶质的溶液 | 第19-20页 |
| ·存在一种背景蛋白质的情况 | 第20页 |
| ·实验观测中拥挤对平衡和反应速率的影响 | 第20-22页 |
| ·拥挤情况下酶活性的扩展范围 | 第20-21页 |
| ·拥挤环境下反应物或产物的改变 | 第21页 |
| ·底物特异性的改变 | 第21页 |
| ·反应产物的改变 | 第21-22页 |
| ·实验观测模型体系中拥挤对蛋白质运动的影响 | 第22-28页 |
| ·蛋白质溶液的粘度 | 第22页 |
| ·蛋白质在水溶液中的自扩散 | 第22-23页 |
| ·蛋白质示踪粒子在另一种蛋白质溶液中的扩散 | 第23页 |
| ·聚合物中的探针分子扩散 | 第23-24页 |
| ·实验方法计算细胞质的排除体积 | 第24页 |
| ·体外和体内观察到的现象的合理差异 | 第24-28页 |
| 第二章 生物反应过程 | 第28-36页 |
| ·扩散限制的反应 | 第28-30页 |
| ·Riggs等人的研究成果 | 第30-31页 |
| ·促进扩散模型 | 第31-36页 |
| 第三章 模拟方法和计算模型 | 第36-44页 |
| ·朗之万动力学 | 第36-41页 |
| ·简介 | 第36-37页 |
| ·普通朗之万方程 | 第37-40页 |
| ·广义朗之万方程 | 第40-41页 |
| ·珠簧链模型 | 第41-42页 |
| ·算法 | 第42-44页 |
| ·基本Verlet算法 | 第42页 |
| ·速度Verlet算法 | 第42-44页 |
| 第四章 拥挤环境下的双分子化学反应 | 第44-58页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·计算模型和参数设定 | 第45-51页 |
| ·理论模型 | 第45-49页 |
| ·计算模型 | 第49-51页 |
| ·通道长L与φ的依赖关系 | 第51-52页 |
| ·反应时间t与φ之间的依赖关系 | 第52-55页 |
| ·通过加拥挤粒子改变φ | 第52-53页 |
| ·改变体系半径R来改变φ | 第53-55页 |
| ·平均反应时间对σ_c的依赖性 | 第55页 |
| ·反应时间分布 | 第55-56页 |
| ·结论 | 第56-58页 |
| 第五章 拥挤环境下的蛋白质搜寻 | 第58-62页 |
| ·引言 | 第58-59页 |
| ·计算模型和模拟结果 | 第59-62页 |
| 参考文献 | 第62-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第77页 |
