秦川牛基因组遗传变异及其与脊椎数的关系研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-19页 |
| ·国内外动物脊椎数变异的研究进展 | 第10-13页 |
| ·猪脊椎数变异的研究进展 | 第10-11页 |
| ·羊脊椎数变异的研究进展 | 第11页 |
| ·小鼠脊椎数变异的研究进展 | 第11-13页 |
| ·全基因组关联分析的研究进展 | 第13页 |
| ·黄牛起源进化的研究进展 | 第13-14页 |
| ·拷贝数变异的研究进展 | 第14-17页 |
| ·牛全基因组CNV的研究进展 | 第14-15页 |
| ·人和其他动物CNV研究进展 | 第15-17页 |
| ·研究的目的意义 | 第17-19页 |
| ·研究目的 | 第17-18页 |
| ·研究意义 | 第18-19页 |
| 第二章 秦川牛脊椎数变异候选基因的多态性研究 | 第19-27页 |
| ·材料与方法 | 第19-22页 |
| ·样本采集 | 第19页 |
| ·试剂与仪器 | 第19-20页 |
| ·基因组DNA提取 | 第20页 |
| ·基因组DNA浓度及纯度检测 | 第20页 |
| ·引物设计和PCR扩增 | 第20-22页 |
| ·PCR产物测序 | 第22页 |
| ·结果与分析 | 第22-24页 |
| ·基因组DNA的检测 | 第22-23页 |
| ·NR6A1基因的多态性 | 第23页 |
| ·NR5A1基因的多态性 | 第23页 |
| ·Hoxd9基因的多态性 | 第23-24页 |
| ·VRTN基因的多态性 | 第24页 |
| ·讨论 | 第24-26页 |
| ·小结 | 第26-27页 |
| 第三章 秦川牛多脊椎性状的SNP芯片分析 | 第27-34页 |
| ·材料与方法 | 第27-29页 |
| ·试验样本收集及处理 | 第27页 |
| ·芯片扫描 | 第27-28页 |
| ·数据质量控制 | 第28页 |
| ·全基因组关联分析 | 第28页 |
| ·基因型与脊椎数的相关分析 | 第28-29页 |
| ·显著SNPs的基因注释 | 第29页 |
| ·结果与分析 | 第29-32页 |
| ·秦川牛基因组DNA的检测 | 第29页 |
| ·数据质量控制 | 第29页 |
| ·胸椎数为14的个体与胸椎数为13的个体比较 | 第29页 |
| ·7 号染色体上的长连锁不平衡区域（LD） | 第29-32页 |
| ·16号染色体存在与脊椎总长相关的区域 | 第32页 |
| ·讨论 | 第32-33页 |
| ·小结 | 第33-34页 |
| 第四章 秦川牛全基因组拷贝数变异分析 | 第34-46页 |
| ·材料与方法 | 第34-36页 |
| ·分型数据 | 第35页 |
| ·数据质量控制 | 第35页 |
| ·主成分分析和混合分析 | 第35-36页 |
| ·CNV的检测 | 第36页 |
| ·CNV的质量控制 | 第36页 |
| ·CNVR的确定和CNVR图谱的构建 | 第36页 |
| ·CNVRs的基因/QTL含量和功能富集分析 | 第36页 |
| ·结果与分析 | 第36-43页 |
| ·数据质量控制 | 第36页 |
| ·主成分分析显示秦川牛存在丰富的遗传变异 | 第36-37页 |
| ·ADMIXTURE分析表明秦川牛是混合起源 | 第37-38页 |
| ·CNVRs的分布特征与CNVRs图谱的构建 | 第38-40页 |
| ·CNVRs的功能富集分析 | 第40-43页 |
| ·讨论 | 第43-45页 |
| ·小结 | 第45-46页 |
| 第五章 结论与创新点 | 第46-47页 |
| ·本文结论 | 第46页 |
| ·创新点 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-56页 |
| 附录 | 第56-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
| 作者简介 | 第73页 |
