| 中文摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-14页 |
| 中英文缩略词表 | 第14-15页 |
| 引言 | 第15-18页 |
| 第一部分 胆道菌群、肠道菌群的检测和鉴定 | 第18-45页 |
| 1. 材料和方法 | 第18-34页 |
| ·试剂和仪器 | 第18-19页 |
| ·研究对象的选择和样本的搜集 | 第19-22页 |
| ·研究对象的选择 | 第19-21页 |
| ·样品收集 | 第21-22页 |
| ·胆结石、胆汁及粪便样品制备和DNA提取 | 第22-24页 |
| ·454-扩增子焦磷酸测序 | 第24-31页 |
| ·16 rRNA基因V1-V2区扩增子文库的构建 | 第24-29页 |
| ·油包PCR | 第29-30页 |
| ·测序反应 | 第30-31页 |
| ·测序数据质量控制 | 第31-32页 |
| ·细菌OTU的鉴定 | 第32-34页 |
| ·胆固醇结石的定量分析 | 第34页 |
| ·统计学分析 | 第34页 |
| 2. 结果 | 第34-42页 |
| ·两组研究对象性别比、年龄及BMI的比较 | 第34-35页 |
| ·样本收集与数据的获取 | 第35-42页 |
| 3. 讨论 | 第42-44页 |
| ·研究对象的甄选是本研究的基础 | 第42-43页 |
| ·本研究对象的选择排除了干扰细菌研究的因素,为后续研究奠定了基础 | 第42页 |
| ·研究对象与流行病学分析 | 第42-43页 |
| ·454测序对全面检测菌群具有更高分辨率 | 第43页 |
| ·胆固醇结石中细菌是普遍存在的 | 第43-44页 |
| 4. 小结 | 第44-45页 |
| 第二部分 胆道菌群和肠道菌群的比较分析 | 第45-60页 |
| 1. 正常人和胆囊结石患者的肠道和胆道细菌多样性的比较分析 | 第45-46页 |
| 2. 正常人和胆囊结石患者的肠道和胆道细菌组分的比较分析 | 第46-53页 |
| 3. 肠道细菌与胆道细菌的相关性分析 | 第53-56页 |
| 4. 讨论 | 第56-58页 |
| ·胆道细菌的多样性和复杂性 | 第56-57页 |
| ·胆囊结石患者存在肠道菌群失调 | 第57-58页 |
| ·胆囊结石患者的胆道细菌与肠道细菌的相关性 | 第58页 |
| 5. 小结 | 第58-60页 |
| 第三部分 胆道核心菌群的鉴定、基本特征以及与结石形成的相关性 | 第60-75页 |
| 1. 胆道核心细菌的鉴定 | 第60-67页 |
| 2. 与结石形成发生相关的细菌因子(包括MDR外排泵蛋白、BSH、bG和phL基因)的鉴定 | 第67-69页 |
| 3. 讨论 | 第69-74页 |
| ·胆道核心菌群与胆囊结石形成的潜在关联 | 第69-71页 |
| ·胆道核心菌群富含的细菌因子与胆囊结石形成的相关性 | 第71-74页 |
| 4. 小结 | 第74-75页 |
| 第四部分 结论和展望 | 第75-77页 |
| 1. 结论 | 第75页 |
| 2. 展望和医学启示 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-86页 |
| 文献综述 | 第86-110页 |
| 1. 胆固醇结石形成的一般机制 | 第87-96页 |
| ·胆固醇过饱和的研究进展 | 第87-90页 |
| ·肝脏脂质代谢与胆汁胆固醇过饱和 | 第87-88页 |
| ·肠道脂质代谢与胆固醇过饱和 | 第88-89页 |
| ·胆固醇转运的载体(胆固醇过饱和) | 第89-90页 |
| ·代谢综合症与胆固醇结石 | 第90页 |
| ·致石基因的研究(成核异常) | 第90-91页 |
| ·胆囊动力学异常 | 第91-92页 |
| ·环境因素 | 第92-93页 |
| ·细菌感染与胆固醇结石形成的关系(详见2) | 第93页 |
| ·存在的问题 | 第93-94页 |
| ·发展趋势 | 第94-96页 |
| ·基因组学的发展为全面、系统、深入地探讨胆结石的形成机制研究提供了新的契机 | 第94-95页 |
| ·与胆固醇过饱和相关的肠道微生物组比较和功能分析是揭示胆石病发生机制的重要途径之一 | 第95-96页 |
| 2. 胆结石形成的细菌学机制的研究进展、存在问题及发展趋势 | 第96-101页 |
| ·研究进展 | 第96-99页 |
| ·细菌假说的提出 | 第96页 |
| ·基于分离培养、形态学观察和PCR方法的胆道细菌的研究 | 第96-98页 |
| ·胆道细菌可能在结石成核过程中有重要作用 | 第98-99页 |
| ·存在问题 | 第99页 |
| ·解决途径(宏基因组的方法鉴定病原以及胆道微生物组的功能分析) | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-110页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
