五种农业害虫微小RNA基因的生物信息学预测与分析
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 缩略词-中英文对照 | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-29页 |
| 一、small RNA | 第9-10页 |
| 二、microRNA | 第10-12页 |
| 三、microRNA的形成 | 第12-14页 |
| 四、microRNA的特征 | 第14-16页 |
| 五、microRNA的作用方式 | 第16-18页 |
| 六、microRNA的发现以及确定 | 第18-20页 |
| 七、microRNA预测算法 | 第20-27页 |
| ·同源比对搜索保守的microRNA | 第20-21页 |
| ·从头预测的方法预测新的microRNA | 第21-22页 |
| ·深度测序的方法预测microRNA | 第22-23页 |
| ·microRNA预测软件 | 第23-27页 |
| 八、microRNA靶标基因的确定 | 第27-28页 |
| 九、研究目的及意义 | 第28-29页 |
| 第二章 材料与方法 | 第29-33页 |
| 1、数据 | 第29页 |
| 2、数据库及软件 | 第29-30页 |
| 3、小RNA表达谱数据分析 | 第30页 |
| ·小RNA文库长度分布 | 第30页 |
| ·与参考基因组比对 | 第30页 |
| ·小RNA分类注释 | 第30页 |
| 4、microRNA基因预测 | 第30-32页 |
| ·microRNA基因的同源比对预测 | 第31页 |
| ·microRNA基因的从头预测 | 第31-32页 |
| 5、microRNA碱基偏好性分析 | 第32页 |
| 6、microRNA靶标基因预测 | 第32-33页 |
| 第三章 结果与分析 | 第33-61页 |
| 1、小RNA高通量测序的原始数据 | 第33-35页 |
| 2、小RNA文库数据的统计分析 | 第35-39页 |
| ·长度分布 | 第35-37页 |
| ·与参考基因组比对 | 第37-39页 |
| 3、小RNA分类注释 | 第39-43页 |
| ·与GenBank比对 | 第39页 |
| ·与Rfam比对 | 第39-40页 |
| ·与外显子、内含子比对 | 第40页 |
| ·与重复序列比对 | 第40-41页 |
| ·分类注释 | 第41-43页 |
| 4、microRNA的预测 | 第43-49页 |
| ·保守microRNA的发现 | 第44-45页 |
| ·新的microRNA的发现 | 第45-49页 |
| 5、mciroRNA碱基偏好性分析 | 第49-55页 |
| 6、microRNA靶标预测 | 第55-61页 |
| 全文总结 | 第61-63页 |
| 附录 | 第63-69页 |
| 参考文献 | 第69-77页 |
| 攻读硕士学位期间学术论文的发表情况 | 第77-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
