| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-24页 |
| ·高通量数据简介及其应用 | 第11-17页 |
| ·基因表达和 DNA 甲基化芯片 | 第11-13页 |
| ·蛋白质相互作用数据及其应用 | 第13页 |
| ·基于基因表达芯片筛选癌症生物标记 | 第13-16页 |
| ·基于甲基化芯片筛选癌症生物标记 | 第16-17页 |
| ·高通量数据研究中的统计问题 | 第17-18页 |
| ·基因功能模块 | 第18页 |
| ·本文使用的数据库简介 | 第18-22页 |
| ·Gene Expression Omnibus (GEO) 数据库概况 | 第18-19页 |
| ·癌症和肿瘤基因图谱（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划简介 | 第19-20页 |
| ·Gene Ontology 数据库概况 | 第20-21页 |
| ·KEGG 数据库概况 | 第21-22页 |
| ·论文研究的目的和意义 | 第22-23页 |
| ·本论文各部分的主要内容 | 第23-24页 |
| 第二章 多水平评价与乳腺癌转移相关的枢纽蛋白标记的重复性 | 第24-41页 |
| ·引言 | 第24-25页 |
| ·材料与方法 | 第25-29页 |
| ·数据集 | 第25-26页 |
| ·筛选枢纽蛋白标记 | 第26-27页 |
| ·多水平评价枢纽蛋白标记的重复性 | 第27-28页 |
| ·功能通路富集分析 | 第28-29页 |
| ·结果 | 第29-39页 |
| ·枢纽蛋白标记的在蛋白质相互作用网络上的拓扑学一致性 | 第29-32页 |
| ·枢纽蛋白标记在功能通路水平上的一致性 | 第32-37页 |
| ·枢纽蛋白标记在表达水平上的一致性 | 第37页 |
| ·三套独立乳腺癌数据的验证 | 第37-39页 |
| ·讨论 | 第39-40页 |
| ·本章小结 | 第40-41页 |
| 第三章 癌症中的差异甲基化基因标记的重复性及其与基因差异表达的关系 | 第41-57页 |
| ·引言 | 第41-42页 |
| ·材料和方法 | 第42-44页 |
| ·数据集 | 第42-43页 |
| ·批次效应的测度 | 第43页 |
| ·筛选差异表达和差异甲基化基因 | 第43-44页 |
| ·DNA 甲基化与基因表达改变的一致性 | 第44页 |
| ·差异甲基化基因的功能富集 | 第44页 |
| ·结果 | 第44-54页 |
| ·批次效应对筛选差异甲基化基因的影响 | 第44-46页 |
| ·差异甲基化基因的可重复性 | 第46-48页 |
| ·差异表达基因的可重复性 | 第48页 |
| ·差异甲基化和差异表达改变的关系 | 第48-50页 |
| ·高甲基化和低甲基化基因的功能分析 | 第50-54页 |
| ·讨论 | 第54-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 基于基因功能模块筛选重复的癌症生物标记 | 第57-66页 |
| ·引言 | 第57页 |
| ·材料与方法 | 第57-59页 |
| ·数据集 | 第57-58页 |
| ·利用KNN 分类器评价癌症的功能表达改变 | 第58-59页 |
| ·富集表达上调（或下调）基因的模块 | 第59页 |
| ·结果 | 第59-64页 |
| ·筛选具有疾病识别能力的功能模块 | 第59-62页 |
| ·不同癌症共享的7 个功能模块 | 第62-64页 |
| ·讨论 | 第64-65页 |
| ·本章小结 | 第65-66页 |
| 第五章 结论和展望 | 第66-73页 |
| ·总结 | 第66-68页 |
| ·讨论与未来展望 | 第68-73页 |
| ·存在的问题 | 第68-69页 |
| ·预测和诊断生物标记及它们的临床应用 | 第69-70页 |
| ·由数据驱动到假设驱动 | 第70-71页 |
| ·整合多种数据源 | 第71-73页 |
| 附录一 | 第73-86页 |
| 附录二 | 第86-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 参考文献 | 第117-126页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第126-129页 |
| 攻读博士学位期间参加课题工作 | 第129-130页 |
