| 中文摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-36页 |
| 一、植物RNA 病毒的变异机制和群体遗传分析方法 | 第16-28页 |
| 1. 植物RNA 病毒变异机制 | 第16-21页 |
| ·突变 | 第16-17页 |
| ·突变率和突变频率 | 第16-17页 |
| ·突变诱因 | 第17页 |
| ·重组 | 第17-21页 |
| ·RNA 病毒重组对病毒进化的影响 | 第18-19页 |
| ·重组机制 | 第19-21页 |
| 2. 植物RNA 病毒群体遗传分析常用的三种方法 | 第21-28页 |
| ·系统发生分析 | 第22-25页 |
| ·距离法（Distance 或 Similarity） | 第22-23页 |
| ·简约法（Parsimony method） | 第23-24页 |
| ·目前常用软件 | 第24-25页 |
| ·中性假说和多态性分析 | 第25-28页 |
| ·中性检测 | 第26页 |
| ·同义突变和非同义突变检测 | 第26-27页 |
| ·遗传差异和基因交流 | 第27-28页 |
| ·错配分布 | 第28页 |
| 二、TVBMV、TUMV 和PVY 种群变异研究进展 | 第28-35页 |
| 1. 烟草脉带花叶病毒（TVBMV） | 第29-30页 |
| 2. 芜菁花叶病毒（TUMV） | 第30-32页 |
| 3. 马铃薯Y 病毒（PVY） | 第32-35页 |
| ·马铃薯分离物 | 第32-33页 |
| ·辣椒分离物 | 第33-34页 |
| ·烟草分离物 | 第34-35页 |
| 三、本研究的目的意义 | 第35-36页 |
| 第二章 烟草脉带花叶病毒中国分离物的遗传多样性和群体结构 | 第36-68页 |
| 1. 材料与方法 | 第37-46页 |
| ·实验材料 | 第37页 |
| ·毒原的保存 | 第37页 |
| ·菌株和质粒 | 第37页 |
| ·生化及分子生物学试剂 | 第37页 |
| ·主要实验仪器 | 第37页 |
| ·引物合成 | 第37页 |
| ·实验方法 | 第37-46页 |
| ·ELISA 检测 | 第37-38页 |
| ·引物设计 | 第38-39页 |
| ·植物总RNA 的提取 | 第39页 |
| ·反转录聚合酶链式反应（RT-PCR） | 第39-40页 |
| ·目的片段的回收 | 第40-41页 |
| ·目的片段的连接 | 第41页 |
| ·转化大肠杆菌感受态细胞DH5α | 第41-42页 |
| ·质粒的小量提取 | 第42-43页 |
| ·重组质粒PCR 鉴定 | 第43页 |
| ·序列测定与分析 | 第43-46页 |
| 2. 结果与分析 | 第46-65页 |
| ·样品采集及检测 | 第46-47页 |
| ·RT-PCR 扩增及测序 | 第47-48页 |
| ·TVBMV 分离物的一致率分析 | 第48-52页 |
| ·TVBMV 各基因片段系统进化分析和种群之间的遗传差异 | 第52-59页 |
| ·TVBMV 连接序列系统进化分析 | 第59页 |
| ·TVBMV 基因的遗传距离和选择压力分析 | 第59-61页 |
| ·基因流和遗传差异的统计分析 | 第61-62页 |
| ·种群基因的重组分析 | 第62页 |
| ·中性检测种群多态性分析 | 第62-65页 |
| 3. 结论与讨论 | 第65-68页 |
| 第三章 中国萝卜上芜菁花叶病毒的遗传结构 | 第68-87页 |
| 1. 材料与方法 | 第70-72页 |
| ·实验材料 | 第70-71页 |
| ·病毒样品采集 | 第70页 |
| ·菌株、载体及生化试剂 | 第70页 |
| ·引物合成 | 第70-71页 |
| ·实验方法 | 第71-72页 |
| ·植物总RNA 的提取 | 第71页 |
| ·引物设计 | 第71页 |
| ·反转录聚合酶链式反应（RT-PCR） | 第71页 |
| ·PCR 产物回收 | 第71页 |
| ·连接与转化 | 第71页 |
| ·质粒的小量提取 | 第71页 |
| ·重组质粒鉴定 | 第71-72页 |
| ·序列分析 | 第72页 |
| 2. 结果与分析 | 第72-85页 |
| ·TuMV 分离物采集及RT-PCR 结果 | 第72-73页 |
| ·TuMV 基因序列测定与分析 | 第73-76页 |
| ·TuMV 中国萝卜分离物的重组分析 | 第76-78页 |
| ·利用萝卜上的TuMV 分离物构建系统进化树 | 第78-80页 |
| ·中国和日本的basal-BR 分离物系统发生关系 | 第80-82页 |
| ·中国萝卜上TuMV 分离物CP 基因选择压力 | 第82页 |
| ·中国萝卜上TuMV 分离物的CP 和3′-UTR 基因遗传差异和基因漂流 | 第82-85页 |
| 3. 结论与讨论 | 第85-87页 |
| 第四章 中国烟草上马铃薯Y 病毒遗传多样性 | 第87-111页 |
| 1. 材料和方法 | 第89-94页 |
| ·实验材料 | 第89页 |
| ·样品采集 | 第89页 |
| ·菌株和质粒 | 第89页 |
| ·生化及分子生物学试剂 | 第89页 |
| ·实验方法 | 第89-94页 |
| ·间接ELISA 检测 | 第89页 |
| ·三抗夹心法 | 第89-90页 |
| ·植物总RNA 提取 | 第90-91页 |
| ·引物设计 | 第91页 |
| ·反转录聚合酶链式反应（RT-PCR） | 第91-92页 |
| ·目的片段的回收和连接 | 第92页 |
| ·转化大肠杆菌感受态细胞DH5α | 第92页 |
| ·质粒DNA 提取 | 第92-93页 |
| ·序列测定与分析 | 第93-94页 |
| 2. 结果与分析 | 第94-109页 |
| ·样品采集与血清学检测 | 第94-99页 |
| ·RT-PCR 扩增及测序 | 第99页 |
| ·HC-Pro 和CP 编码区的重组 | 第99-102页 |
| ·HC-Pro 和CP 编码区序列系统进化关系 | 第102-105页 |
| ·选择方向和正向选择位点 | 第105-107页 |
| ·序列多样性和种群多态性 | 第107-109页 |
| 3. 结论与讨论 | 第109-111页 |
| 第五章 一株马铃薯X 病毒 1985 年马铃薯分离物的序列分析 | 第111-120页 |
| 1. 材料和方法 | 第111-113页 |
| ·实验材料 | 第111-112页 |
| ·病毒分离物 | 第111-112页 |
| ·菌株和质粒 | 第112页 |
| ·实验方法 | 第112-113页 |
| ·寄主范围测定 | 第112页 |
| ·引物设计 | 第112页 |
| ·RNA 的提取及RT-PCR 扩增 | 第112-113页 |
| ·目的片段回收与连接 | 第113页 |
| ·目的片段的转化 | 第113页 |
| ·质粒提取和鉴定 | 第113页 |
| ·序列分析 | 第113页 |
| 2. 结果与分析 | 第113-119页 |
| ·PVX-1985 分离物的生物学特性 | 第113-114页 |
| ·PVX 分离物的基因组结构和分子变异 | 第114页 |
| ·系统发生和核苷酸多样性分析 | 第114-119页 |
| 3. 结论与讨论 | 第119-120页 |
| 全文结论 | 第120-121页 |
| 参考文献 | 第121-139页 |
| 致谢 | 第139-140页 |
| 攻读博士期间发表论文情况 | 第140页 |
