直翅目昆虫的线粒体谱系基因组学研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一部分 前言 | 第9-22页 |
| 1 基因组学 | 第9页 |
| 2 谱系基因组学 | 第9-11页 |
| 3 线粒体基因组学研究概况 | 第11-15页 |
| ·线粒体介绍 | 第11-12页 |
| ·昆虫mtDNA结构 | 第12页 |
| ·线粒体 DNA的进化 | 第12-13页 |
| ·六足动物全线粒体基因组测序现状 | 第13-15页 |
| 4 线粒体基因组的研究方法 | 第15-17页 |
| ·线粒体基因组的纯化 | 第15-16页 |
| ·测序方法 | 第16页 |
| ·线粒体基因组测序策略 | 第16-17页 |
| 5 直翅目昆虫的分类简介 | 第17-20页 |
| ·直翅目简介 | 第17-18页 |
| ·螽蟖分类简介 | 第18-19页 |
| ·本研究使用的标本介绍 | 第19-20页 |
| 6 本研究的目的和意义 | 第20-22页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第22-36页 |
| 1 实验材料 | 第22-25页 |
| ·标本的采集、保存与鉴定 | 第22页 |
| ·实验仪器和试剂 | 第22-25页 |
| 2 实验方法 | 第25-32页 |
| ·总 DNA提取 | 第25-26页 |
| ·总 DNA检测 | 第26页 |
| ·PCR引物设计及 PCR扩增 | 第26-31页 |
| ·Sub-PCR扩增产物测序 | 第31-32页 |
| 3 数据处理和分析 | 第32-33页 |
| ·测序结果的片段拼接与组装 | 第32-33页 |
| ·线粒体基因组序列的基因定位与注释 | 第33页 |
| ·线粒体基因组基因组成情况的分析 | 第33页 |
| ·tRNA的二级结构的预测 | 第33页 |
| 4 直翅目昆虫的线粒体谱系基因组学分析 | 第33-36页 |
| ·序列数据来源 | 第33-34页 |
| ·序列比对 | 第34页 |
| ·序列组成分析 | 第34页 |
| ·数据组系统发育信号检验 | 第34-35页 |
| ·建树 | 第35-36页 |
| 第三部分 实验结果分析与讨论 | 第36-73页 |
| 1 实验结果 | 第36-38页 |
| ·基因组总 DNA提纯 | 第36页 |
| ·长 PCR扩增和纯化 | 第36-37页 |
| ·Sub-PCR扩增和纯化 | 第37-38页 |
| ·Sub-PCR产物直接测序或克隆测序 | 第38页 |
| 2 序列拼接和组装 | 第38-40页 |
| ·中华螽蟖序列组装结果 | 第38-39页 |
| ·长瓣草螽序列组装结果 | 第39-40页 |
| 3 线粒体基因组的注释 | 第40-57页 |
| ·线粒体基因组的基本情况 | 第40-46页 |
| ·蛋白质基因和密码子组成分析 | 第46-53页 |
| ·tRNA基因注释及分析 | 第53-56页 |
| ·rRNA基因注释及分析 | 第56-57页 |
| 4 直翅目昆虫的谱系基因组学分析 | 第57-73页 |
| ·序列比对 | 第57页 |
| ·序列比对结果和数据集组成分析 | 第57页 |
| ·数据集系统发育信号检验 | 第57-61页 |
| ·构建系统发育树 | 第61-68页 |
| ·系统树构建结果分析 | 第68-71页 |
| ·直翅目昆虫的系统发育关系讨论 | 第71-73页 |
| 第四部分 总结 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-82页 |
| 附录:测序结果 | 第82-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第85页 |
