| 中文摘要 | 第1-10页 |
| 英文摘要 | 第10-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-52页 |
| 1 分子系统学 | 第16-27页 |
| ·生物分类观念与方法的演变 | 第16页 |
| ·分子生物学技术与系统分类学的融合 | 第16-18页 |
| ·分子系统学研究进展 | 第18-27页 |
| ·分子序列数据的特点 | 第18-19页 |
| ·系统发育重建 | 第19-25页 |
| ·分子钟与分歧时间估算 | 第25-27页 |
| 2 生物地理学 | 第27-30页 |
| ·生物地理学的发展 | 第27-29页 |
| ·历史生物地理学的分析方法 | 第29-30页 |
| ·祖先分布区的重建:DIVA简介 | 第30页 |
| 3 骨鳔鱼类的系统学研究进展 | 第30-33页 |
| 4 snoRNA与U17 snoRNA研究进展 | 第33-38页 |
| ·snoRNA的结构与功能 | 第33-34页 |
| ·脊椎动物U17 snoRNA的结构、进化与系统发育意义 | 第34-38页 |
| 5 本研究的目的意义 | 第38-52页 |
| 第二章 U17 snoRNA基因序列变异与骨鳔鱼类分子系统发育及分化时间估算 | 第52-92页 |
| 1 引言 | 第52-54页 |
| 2 材料与方法 | 第54-65页 |
| ·标本采集与实验样品 | 第54页 |
| ·实验器材 | 第54-55页 |
| ·实验步骤 | 第55-61页 |
| ·基因组DNA的提取及检测 | 第55-58页 |
| ·PCR扩增 | 第58-59页 |
| ·PCR产物回收 | 第59页 |
| ·目的DNA克隆 | 第59-61页 |
| ·基因测序 | 第61页 |
| ·数据分析 | 第61-65页 |
| ·序列的比对排列 | 第61-62页 |
| ·序列的初步分析 | 第62-63页 |
| ·系统发育分析 | 第63-64页 |
| ·分歧时间估算 | 第64-65页 |
| 3 结果 | 第65-69页 |
| ·序列变异及二级结构特征 | 第65-66页 |
| ·系统发育关系 | 第66-68页 |
| ·分歧时间估算 | 第68-69页 |
| 4 讨论 | 第69-92页 |
| ·U17 snoRNA基因序列变异及其系统发育意义 | 第69-70页 |
| ·骨鳔鱼类的系统发育关系 | 第70-71页 |
| ·化石记录与分化时间 | 第71-92页 |
| 第三章 基于RAG1和RAG2基因序列的耳鳔鱼类分子系统发育与分化时间估算 | 第92-132页 |
| 1 引言 | 第92-93页 |
| 2 材料与方法 | 第93-97页 |
| ·标本采集与实验样品 | 第93页 |
| ·基因组DNA的提取、PCR扩增与克隆测序 | 第93页 |
| ·数据分析 | 第93-97页 |
| ·序列的比对排列 | 第93-94页 |
| ·序列的初步分析 | 第94页 |
| ·系统发育分析 | 第94-96页 |
| ·分歧时间估算 | 第96-97页 |
| 3 结果 | 第97-102页 |
| ·序列变异 | 第97-99页 |
| ·RAG1基因序列 | 第97-98页 |
| ·RAG2基因序列 | 第98-99页 |
| ·耳鳔系鱼类系统发育关系 | 第99-101页 |
| ·RAG1基因 | 第99-100页 |
| ·RAG2基因 | 第100-101页 |
| ·分歧时间估算 | 第101-102页 |
| ·RAG1基因 | 第101页 |
| ·RAG2基因 | 第101-102页 |
| 4 讨论 | 第102-132页 |
| ·基因序列变异及其系统发育意义 | 第102-103页 |
| ·耳鳔系鱼类的系统发育关系 | 第103页 |
| ·分歧时间估计的可靠性及意义 | 第103-132页 |
| 第四章 S7 核糖体基因内含子6序列变异与鲤形目鱼类分子系统发育及分化时间估算 | 第132-159页 |
| 1 引言 | 第132-134页 |
| 2 材料与方法 | 第134-138页 |
| ·标本采集与实验样品 | 第134-135页 |
| ·基因组DNA提取、PCR扩增与克隆测序 | 第135页 |
| ·数据分析 | 第135-138页 |
| ·序列的比对排列 | 第135页 |
| ·序列的初步分析 | 第135-136页 |
| ·系统发育分析 | 第136-137页 |
| ·分歧时间估算 | 第137-138页 |
| 3 结果 | 第138-141页 |
| ·rpS7 intron6 序列变异 | 第138-139页 |
| ·鲤形目鱼类的系统发育关系 | 第139-141页 |
| ·分歧时间估算 | 第141页 |
| 4 讨论 | 第141-159页 |
| ·rpS7 intron6 序列变异及其系统发育意义 | 第141-142页 |
| ·鲤形目鱼类的系统发育关系 | 第142-159页 |
| 第五章运用cyt b和165 rRNA基因序列重建鮡科鱼类的系统发育和历史生物地理学 | 第159-191页 |
| 1 引言 | 第159-162页 |
| 2 材料与方法 | 第162-166页 |
| ·样品采集 | 第162页 |
| ·基因组DNA的提取、PCR扩增与测序 | 第162-163页 |
| ·数据分析 | 第163-165页 |
| ·序列的比对排列 | 第163页 |
| ·序列的初步分析 | 第163页 |
| ·系统发育分析 | 第163-164页 |
| ·分歧时间估算 | 第164-165页 |
| ·初级BPA、DIVA和WAAA分析 | 第165-166页 |
| 3 结果 | 第166-169页 |
| ·序列变异 | 第166页 |
| ·cyt b 基因序列 | 第166页 |
| ·16S rRNA基因序列 | 第166页 |
| ·鮡科鱼类的系统发育关系 | 第166-167页 |
| ·分歧时间估算 | 第167-168页 |
| ·历史生物地理学 | 第168-169页 |
| 4 讨论 | 第169-191页 |
| ·鮡科鱼类的系统发育关系 | 第169-170页 |
| ·鮡科鱼类的历史生物地理学过程 | 第170-191页 |
| 参考文献 | 第191-212页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第212-213页 |
| 致谢 | 第213-215页 |
| 附录Ⅰ地质时间表 | 第215-216页 |
| 附录Ⅱ分子系统发育与进化相关大事简表 | 第216-223页 |
| 附录Ⅲ个人简历 | 第223页 |
