| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第一章 绪言 | 第8-16页 |
| ·系统生物学的研究目标和发展 | 第8-12页 |
| ·系统生物学的起源和概况 | 第8页 |
| ·系统生物学的研究内容 | 第8-9页 |
| ·生物系统的建模与仿真 | 第9-11页 |
| ·系统生物学的进展 | 第11-12页 |
| ·细胞代谢网络建模综述 | 第12-15页 |
| ·代谢网络的功能 | 第12页 |
| ·代谢网络研究的必要性 | 第12-13页 |
| ·代谢网络建模的目标和范围 | 第13-14页 |
| ·代谢网络模型分类阐述 | 第14-15页 |
| ·红细胞代谢网络模型及其特点 | 第15页 |
| ·本论文章节安排 | 第15-16页 |
| 第二章 红细胞生理[76-80] | 第16-23页 |
| ·红细胞生理与代谢特点 | 第16-20页 |
| ·红细胞酶病及其分类 | 第20-22页 |
| ·丙酮酸激酶缺乏症 | 第22-23页 |
| 第三章 用E-Cell分析代谢网络[32,81,82] | 第23-40页 |
| ·E-Cell介绍 | 第23-33页 |
| ·E-Cell的研发背景 | 第23-25页 |
| ·E-Cell仿真系统的软件结构与建模理论 | 第25-30页 |
| ·E-Cell2 中人类红细胞模型与如何使用E-Cell2 模拟红细胞代谢 | 第30-33页 |
| ·实验设定 | 第33-34页 |
| ·模拟思想和步骤 | 第34-35页 |
| ·模拟结果及其分析 | 第35-40页 |
| ·能量代谢 | 第35页 |
| ·下游代谢物的积累 | 第35-36页 |
| ·初始状态下PGK的活性符号 | 第36-37页 |
| ·PGK的活性符号改变 | 第37页 |
| ·对结果的数学分析 | 第37-39页 |
| ·讨论 | 第39-40页 |
| 第四章 红细胞代谢网络结构建模 | 第40-51页 |
| ·Petri Net研究历史 | 第40页 |
| ·Petri Net理论 | 第40-43页 |
| ·图形表示和组成元素 | 第40-41页 |
| ·基础理论 | 第41-42页 |
| ·模块化的Petri Net（Modular Petri Net） | 第42-43页 |
| ·建立模块化的Petri Net模型 | 第43-51页 |
| 第五章 总结与展望[91-98] | 第51-54页 |
| ·论文总结 | 第51页 |
| ·未来工作展望 | 第51-54页 |
| ·动力学模型的复杂性讨论 | 第51-52页 |
| ·动力学模型的简化 | 第52-53页 |
| ·合成生物学与系统生物学 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 附录1 红细胞代谢网络反应方程 | 第59-62页 |
| 附录2 常见细胞内化学反应机理 | 第62-64页 |
| 附录3 作者简介（含发表论文情况） | 第64页 |
