| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 引言 | 第10-17页 |
| ·青枯菌简介 | 第10页 |
| ·国内外研究的现状和发展趋势 | 第10-15页 |
| ·青枯菌分类学地位 | 第10-11页 |
| ·青枯菌致病机理研究 | 第11页 |
| ·青枯菌基因组研究 | 第11-12页 |
| ·国际农药研发的最新趋势 | 第12-13页 |
| ·生物信息学及其在寻找药物作用靶标和筛选先导化合物方面的研究进展 | 第13-15页 |
| ·药物靶标的寻找方法 | 第15-17页 |
| ·药物作用靶标的预测 | 第15-16页 |
| ·蛋白质的三维结构分析 | 第16页 |
| ·天然产物数据库的升级和先导化合物的筛选 | 第16-17页 |
| 第二章 生物信息学在基因组分析中的应用 | 第17-23页 |
| ·生物信息学的产生与发展 | 第17-19页 |
| ·生物数据库的建立 | 第17-18页 |
| ·基因组测序与核酸序列数据库 | 第18-19页 |
| ·蛋白质测序与氨基酸序列数据库、蛋白质结构数据库 | 第19页 |
| ·生物信息学基本方法 | 第19-22页 |
| ·生物序列分析 | 第19-20页 |
| ·序列比对简介 | 第20页 |
| ·DNA 序列分析 | 第20-21页 |
| ·蛋白质三维结构分析 | 第21页 |
| ·统计模型 | 第21-22页 |
| ·生物信息学的应用 | 第22-23页 |
| ·基因组分析 | 第22页 |
| ·基因芯片 | 第22页 |
| ·药物开发 | 第22-23页 |
| 第三章 数学与计算机科学在基因组分析中的应用 | 第23-27页 |
| ·数学算法概述 | 第23-24页 |
| ·马尔科夫模型、隐马尔科夫模型及相应的EM 算法 | 第23页 |
| ·傅立叶变换与小波变换 | 第23-24页 |
| ·几何表示方法 | 第24页 |
| ·人工神经网络 | 第24页 |
| ·数据库技术概述 | 第24-27页 |
| ·MySQL | 第24-25页 |
| ·HTML | 第25页 |
| ·PHP | 第25-26页 |
| ·APACHE | 第26-27页 |
| 第四章 青枯菌的基因识别及基因组分析 | 第27-32页 |
| ·研究方法 | 第27页 |
| ·ZCURVE 1.0 | 第27页 |
| ·Glimme12.13 | 第27页 |
| ·Zplotter | 第27页 |
| ·结果 | 第27-31页 |
| ·ZCURVE 1.0 运行参数设置 | 第28页 |
| ·ZCURVE 1.0 运行结果(部分) | 第28-29页 |
| ·Glimme12.13 运行结果(部分) | 第29页 |
| ·Zplotter 运行结果 | 第29-31页 |
| ·分析讨论 | 第31-32页 |
| 第五章 青枯菌及其它革兰氏阴性菌三型分泌系统数据库(DTTSS)的构建 | 第32-35页 |
| ·数据收集 | 第32-33页 |
| ·三型分泌系统蛋白质序列信息 | 第32页 |
| ·三型分泌系统基因信息 | 第32页 |
| ·三型分泌系统蛋白质结构信息 | 第32-33页 |
| ·直系同源与旁系同源信息 | 第33页 |
| ·数据整理与编排 | 第33页 |
| ·数据库的构建 | 第33页 |
| ·WEB 页面设计和PHP 连接数据库的实现 | 第33页 |
| ·数据库对外服务 | 第33-34页 |
| ·数据库的更新与管理 | 第34-35页 |
| 第六章 青枯菌及其它五种植物致病菌基因表达的比较分析 | 第35-47页 |
| ·研究方法简述 | 第36-37页 |
| ·基因群之间密码子使用差异的计算 | 第36-37页 |
| ·基因表达的度量指标 | 第37页 |
| ·高表达基因和外源基因的限定 | 第37页 |
| ·结果分析 | 第37-40页 |
| ·青枯菌及其它五个植物致病菌中PHX 基因的统计分析 | 第37-38页 |
| ·能量代谢通路中的PHX 基因 | 第38-39页 |
| ·侵染相关的PHX 基因 | 第39-40页 |
| ·特异性功能的PHX 基因 | 第40页 |
| ·植物致病菌基因组中的PA 基因 | 第40页 |
| ·讨论 | 第40-47页 |
| 第七章 青枯菌及其它致病菌毒力因子作为药物靶点的比较分析 | 第47-53页 |
| ·毒力因子的研究方法 | 第47-49页 |
| ·生物化学方法 | 第48页 |
| ·生物信息学方法 | 第48-49页 |
| ·潜在的药物靶点分析 | 第49-52页 |
| ·III 型分泌系统的结构蛋白 | 第49-50页 |
| ·群体感应信号的目标蛋白 | 第50-51页 |
| ·环境信号的调控因子 | 第51页 |
| ·初始粘附分子的修饰酶 | 第51-52页 |
| ·结论 | 第52-53页 |
| 第八章 总结 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-62页 |
