| 摘要 | 第1-4页 |
| 英文摘要 | 第4-8页 |
| 第一章：文献综述 | 第8-47页 |
| 1．假基因研究进展 | 第8-31页 |
| 假基因概述 | 第9-14页 |
| 1．1 假基因的定义 | 第9-10页 |
| 1．2 假基因的分类 | 第10-13页 |
| 1．3 假基因的确定 | 第13-14页 |
| 假基因和功能基因的比较分析 | 第14-19页 |
| 2．1 不同物种基因组假基因数量 | 第14-15页 |
| 2．2 不同染色体或区域上假基因的分布 | 第15-16页 |
| 2．3 不同物种基因组假基因和基因的组成分析 | 第16-17页 |
| 2．4 假基因分布与GC含量的关系 | 第17-18页 |
| 2．5 假基因与同源基因编码的蛋白家族 | 第18-19页 |
| 假基因及其同源基因比较体系在进化研究中的应用 | 第19-23页 |
| 3．1 用Ka/Ks比确定假基因的自然选择压力 | 第19-20页 |
| 3．2 确定物种亲缘关系和进化距离 | 第20页 |
| 3．3 分析假基因自身的进化趋势 | 第20-23页 |
| 假基因，返座元件和LINE／SINE | 第23-31页 |
| 2．蛋白质序列数据挖掘研究进展 | 第31-47页 |
| 1 蛋白质相关数据库 | 第31-37页 |
| 1．1 蛋白质序列数据库 | 第33-34页 |
| 1．2 蛋白质模体基序类数据库 | 第34-35页 |
| 1．3 蛋白质结构数据库 | 第35-37页 |
| 1．4 其他特异蛋白质序列 | 第37页 |
| 2 生物学软件 | 第37-45页 |
| 2．1 常用的蛋白质分析软件 | 第38-41页 |
| 2．2 EMBOSS和GCG | 第41-43页 |
| 2．3 Linux，Perl和MySQL及其他 | 第43-45页 |
| 3 蛋白质分子模拟介绍 | 第45-47页 |
| 第二章 论文正文 | 第47-71页 |
| 1．前言 | 第47-49页 |
| 2．材料与方法 | 第49-56页 |
| 2．1 序列的选择 | 第49页 |
| 2．2 本研究所使用的系统及其配置 | 第49-50页 |
| 2．3 蛋白质内部重复片段的取得 | 第50-51页 |
| 2．3．1 偶然匹配概率 | 第50页 |
| 2．3．2 替代打分矩阵 | 第50-51页 |
| 2．4 模拟突变 | 第51-52页 |
| 2．5 统计学检验 | 第52页 |
| 2．6 全局矩阵分析 | 第52-53页 |
| 2．6．1 四肽片段处理 | 第52页 |
| 2．6．2 四肽矩阵的构建 | 第52-53页 |
| 2．6．3 举例说明 | 第53页 |
| 2．7 氨基酸成分分析 | 第53-54页 |
| 2．8 互联网资源 | 第54页 |
| 2．9 流程图 | 第54-56页 |
| 3．结果 | 第56-68页 |
| 3．1 IRS的比较 | 第56-57页 |
| 3．2 简单重复序列的比较 | 第57-59页 |
| 3．3 IRS的四肽矩阵比较分析 | 第59-68页 |
| 4 讨论 | 第68-71页 |
| 4．1 IRS在进化中被保持 | 第68-69页 |
| 4．2 反转录假基因IRS突变的偏向性 | 第69-70页 |
| 4．3 源功能基因在IRS模式分布上的特异性 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-79页 |
| 附录 | 第79-86页 |
| 附录1：EMBOSS的蛋白质研究相关软件分类和功能概述 | 第79-83页 |
| 附录2：源程序代码所涉及的EMBOSS程序(来自于EMBOSS MANUAL) | 第83-86页 |
| 致谢 | 第86页 |