| 目录 | 第1-7页 |
| 中文摘要 | 第7-8页 |
| Abstracts | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-27页 |
| 生物序列数据库 | 第10-11页 |
| 水稻基因组测序与分析研究进展 | 第11-12页 |
| 基因调控序列分析 | 第12-20页 |
| 转录调控序列的分类 | 第13-15页 |
| 启动子 | 第13页 |
| 增强子 | 第13-14页 |
| 终止子 | 第14-15页 |
| 静息子 | 第15页 |
| 衰减子 | 第15页 |
| 转录因子的基本结构 | 第15-16页 |
| 转录调控序列中的一些结构元件及其识别 | 第16-20页 |
| 转录起始多态性研究 | 第20-27页 |
| 第二章 水稻与拟南芥基因调控序列比较分析 | 第27-44页 |
| 1 材料与方法 | 第28-34页 |
| ·数据来源 | 第28页 |
| ·方法 | 第28-34页 |
| ·全长mRNA序列及其调控序列的获取 | 第28-30页 |
| ·水稻基因功能分类和特有基因的确定 | 第30-32页 |
| ·基因顺式作用元件(信号)的搜索和分析 | 第32-34页 |
| 2 结果与分析 | 第34-42页 |
| ·水稻顺式作用元件(信号)的数量变化 | 第34-37页 |
| ·水稻及单双子叶GC含量变化关系 | 第37-39页 |
| ·几个主要顺式调节因子的分布以及与GC含量变化的关系 | 第39-42页 |
| 3 讨论 | 第42-44页 |
| 第三章 植物基因转录起始频率分析 | 第44-51页 |
| 1 材料与方法 | 第45-47页 |
| ·材料 | 第45页 |
| ·方法 | 第45-47页 |
| 2 结果与分析 | 第47-50页 |
| ·植物基因转录启始区间 | 第47-48页 |
| ·植物基因转录启始频率 | 第48-50页 |
| 3 讨论 | 第50-51页 |
| 附件1 植物基因转录频率数据库(PIFdb)说明文件 | 第51-59页 |
| PIFdb记录产生流程 | 第51-52页 |
| 全长mRNA的确定 | 第51-52页 |
| 全长mRNA开放阅读框(ORF)的确立 | 第52页 |
| 全长mRNA序列在基因组中的定位 | 第52页 |
| mRNA转录起始位点的确定 | 第52页 |
| PIFdb记录的确立 | 第52页 |
| PIFdb数据库数据获取方法 | 第52-54页 |
| PIFdb数据库记录格式说明 | 第54-59页 |
| ID字段 | 第55-56页 |
| AC字段 | 第56页 |
| DT字段 | 第56页 |
| DE字段 | 第56页 |
| OS字段 | 第56-57页 |
| OC字段 | 第57页 |
| DR字段 | 第57页 |
| FL字段 | 第57页 |
| IF字段 | 第57-58页 |
| AD字段 | 第58页 |
| SQ字段 | 第58页 |
| XX字段 | 第58页 |
| //符号 | 第58-59页 |
| 附件2 基因转录启始频率分析程序PIFMaker使用说明 | 第59-62页 |
| 基于Unigene数据库产生的转录起始频率 | 第59-60页 |
| 基于用户给定转录本序列和基因组序列产生转录启始频率 | 第60-62页 |
| 参考文献: | 第62-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 硕士生期间完成的待发表论文目录 | 第66页 |
