| 摘要 | 第1-13页 |
| 第一部分 基于本地和WEB的生物信息学综合分析体系的建立 | 第13-64页 |
| 一、基于本地的生物信息学分析体系的构建 | 第13-28页 |
| 1 本地化核酸序列大规模自动分析系统的构建 | 第14-22页 |
| ·微机上Linux操作系统的安装及局域网的配置 | 第14-15页 |
| ·Phred／Phrap／Consed系列软件的获得及安装 | 第15页 |
| ·Blast软件的获得及安装 | 第15-16页 |
| ·EMBL数据库和SWISS-PROT数据库的获得及预处理 | 第16-17页 |
| ·Phred／Phrap／Consed系列软件和Blast软件的运行设置 | 第17-19页 |
| ·该系统完整运行方式示例 | 第19-22页 |
| 2.本地化核酸序列大规模分析体系的使用 | 第22-28页 |
| ·系统登录 | 第22页 |
| ·日常测序数据的自动处理 | 第22-23页 |
| ·测序峰图文件传输 | 第22页 |
| ·启用ana程序进行日常数据分析 | 第22-23页 |
| ·载体序列的切除 | 第23页 |
| ·核酸序列中重复序列片段的去除 | 第23-24页 |
| ·EST序列的电子拼接 | 第24页 |
| ·核酸序列的同源性分析 | 第24-25页 |
| ·蛋白质序列的同源性分析 | 第25-26页 |
| ·核酸序列和蛋白质序列的检索 | 第26页 |
| ·命令汇总 | 第26-28页 |
| 二、基于WEB的生物信息学分析体系的建立 | 第28-58页 |
| 1.核酸序列的一般分析流程 | 第28-47页 |
| ·核酸序列的检索 | 第28-29页 |
| ·核酸序列的同源性分析 | 第29-32页 |
| ·基于NCBI／Blast软件的核酸序列同源性分析 | 第29-31页 |
| ·核酸序列的两两比较 | 第31-32页 |
| ·核酸序列的批量联网同源性分析 | 第32页 |
| ·核酸序列的电子延伸 | 第32-36页 |
| ·利用UniGene数据库进行电子延伸 | 第33-34页 |
| ·利用Tigem的EST Machine进行电子延伸 | 第34页 |
| ·利用THC数据库对核酸序列进行电子延伸 | 第34-36页 |
| ·核酸序列的开放阅读框架分析 | 第36-37页 |
| ·基于NCB1／ORF finder的ORF分析 | 第36页 |
| ·基于自编软件的ORF分析 | 第36-37页 |
| ·基因的电子表达谱分析 | 第37-39页 |
| ·利用UniGene数据库进行电子表达谱分析 | 第37-38页 |
| ·利用Tigem的电子原位杂交服务器进行电子表达谱分析 | 第38-39页 |
| ·核酸序列的电子基因定位分析 | 第39-41页 |
| ·利用STS数据库进行电子基因定位 | 第39页 |
| ·利用UniGene数据库进行电子基因定位 | 第39-41页 |
| ·cDNA的基因组序列分析 | 第41-42页 |
| ·通过从NCB1查询部分基因组数据库进行基因组序列的分析 | 第41页 |
| ·通过从NCB1查询全部基因组数据库进行基因组序列的分析 | 第41-42页 |
| ·通过从Sanger Centre查询基因组数据库进行基因组序列的分析 | 第42页 |
| ·基因组序列的初步分析 | 第42-43页 |
| ·基因组序列的内含子／外显子分析 | 第42-43页 |
| ·基因组序列的启动子分析 | 第43页 |
| ·核酸序列的注册 | 第43-46页 |
| ·EST序列的注册 | 第44-45页 |
| ·较长或全长cDNA序列的注册 | 第45-46页 |
| ·下载Sequin软件 | 第45页 |
| ·利用Sequin软件生成序列注册文件 | 第45-46页 |
| ·待分析序列所对应的已知克隆的获取 | 第46-47页 |
| 2.蛋白质序列的一般分析流程 | 第47-56页 |
| ·蛋白质序列的检索 | 第47-48页 |
| ·从NCB1检索蛋白质序列 | 第48页 |
| ·利用SRS系统从EMBL检索蛋白质序列 | 第48页 |
| ·蛋白质序列的基本性质分析 | 第48-51页 |
| ·蛋白质序列的信号肽分析 | 第49-50页 |
| ·蛋白质序列的跨膜区分析 | 第50页 |
| ·蛋白质序列的亚细胞定位分析 | 第50-51页 |
| ·蛋白质序列的同源性分析 | 第51-53页 |
| ·基于NCB1／Blast软件的蛋白质序列同源性分析 | 第51页 |
| ·基于WU／Blast2软件的蛋白质序列同源性分析 | 第51-52页 |
| ·基于FASTA软件的蛋白质序列同源性分析 | 第52-53页 |
| ·两条蛋白质序列之间的同源性分析 | 第53页 |
| ·蛋白质序列的批量联网同源性分析 | 第53页 |
| ·蛋白质序列的结构功能域分析 | 第53-55页 |
| ·蛋白序列的motif和Prosite分析 | 第53-54页 |
| ·蛋白质的结构功能域分析 | 第54-55页 |
| ·蛋白质家族分析及其进化树的构建 | 第55-56页 |
| 3、基于WEB方式的生物信息学分析体系 | 第56-58页 |
| 三、其它常用的本地化资源 | 第58-59页 |
| 讨论 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-64页 |
| 第二部分 ARFGAP家族成员ARFGAP1的发现及其初步研究 | 第64-81页 |
| 中英文摘要 | 第64-66页 |
| 前言 | 第66-67页 |
| 材料和方法 | 第67-70页 |
| 人ARFGAP1的cDNA克隆 | 第67页 |
| 5’-cDNA末端快速扩增技术 | 第67-68页 |
| ARFGAP1 cDNA制备 | 第68页 |
| DNA测序 | 第68页 |
| 人ARFGAP1的序列分析 | 第68页 |
| 人ARFGAP1基因的染色体定位 | 第68-69页 |
| 人ARFGAP1的基因组结构分析 | 第69页 |
| RNA多点印迹杂交 | 第69页 |
| 多组织Northern印迹杂交 | 第69页 |
| 人ARFGAP1在多种组织中表达的定量分析 | 第69-70页 |
| 结果和讨论 | 第70-77页 |
| 人ARFGAP1的全长cDNA克隆 | 第70页 |
| 人ARFGAP1蛋白的序列分析 | 第70-72页 |
| 人ARFGAP1的染色体定位 | 第72页 |
| 人AREGAP1的基因组结构分析 | 第72-74页 |
| 人ARFGAP1基因的组织表达谱分析 | 第74-76页 |
| 人ARFGAP1在不同组织、细胞中的转录本分析 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-81页 |
| 第三部分 黑色素瘤相关基因家族中MAGE-D亚家族的发现及其初步分析 | 第81-103页 |
| 中英文摘要 | 第81-84页 |
| 前言 | 第84-85页 |
| 材料和方法 | 第85-87页 |
| 人MAGE-D1全长cDNA序列的获得 | 第85页 |
| 多组织Northern印迹分析 | 第85页 |
| 多组织RNA点杂交分析 | 第85-86页 |
| 人MAGE-D1蛋白的亚细胞定位 | 第86页 |
| MAGE-D亚家族的发现及其特征 | 第86页 |
| MAGE-D亚家族的基因表达谱分析 | 第86-87页 |
| 结果 | 第87-97页 |
| 人MAGE-D1的全长cDNA序列的获得 | 第87页 |
| 人MAGE-D1在多种肿瘤细胞系中广泛表达 | 第87-90页 |
| 人MAGE-D1在胚胎组织中的表达量显著高于在成年组织中的表达量 | 第90页 |
| 人MAGE-D1在多种正常组织中高表达 | 第90-91页 |
| 人MAGE-D1在不同的正常组织和肿瘤组织之间的表达存在显著差异 | 第91页 |
| 人MAGE-D1蛋白质定位于胞核和胞浆中 | 第91-93页 |
| MAGE-D亚家族由三个直系同源体和两个旁系同源体组成 | 第93页 |
| MAGE-D亚家族的基因组特点 | 第93-94页 |
| MAGE-D亚家族在正常组织中广泛表达而且不编码任何可被T细胞识别的MAGE抗原肽 | 第94-97页 |
| 讨论 | 第97-100页 |
| 参考文献 | 第100-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
| 博士后期间申请的基金项目和专利项目 | 第104-105页 |
| 基金项目 | 第104页 |
| 专利项目 | 第104-105页 |
| 博士后期间完成的论文 | 第105页 |
