| 提要 | 第1-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-23页 |
| ·生物信息学概述 | 第9-11页 |
| ·蛋白质结构及预测 | 第11-16页 |
| ·计算机模拟概述 | 第16-18页 |
| ·酶的结构与功能 | 第18-21页 |
| ·本论文内容 | 第21-23页 |
| 第二章 理论基础和方法 | 第23-52页 |
| ·同源模建 | 第23-34页 |
| ·序列比对 | 第25-28页 |
| ·建立模型 | 第28-34页 |
| ·分子对接 | 第34-38页 |
| ·基本原理 | 第35-36页 |
| ·方法分类 | 第36-38页 |
| ·力场 | 第38-43页 |
| ·Born-Oppenheimer 近似 | 第38-40页 |
| ·力场的组成和定义 | 第40-41页 |
| ·能量表示 | 第41页 |
| ·力场参数化 | 第41-43页 |
| ·分子力学 | 第43-47页 |
| ·优化的概念 | 第44页 |
| ·优化算法 | 第44-46页 |
| ·优化中注意事项 | 第46-47页 |
| ·分子动力学 | 第47-52页 |
| 第三章 人类CYP2C9 及其多种变体的结构及分子对接研究 | 第52-85页 |
| ·人类CYP2C9 及其变体CYP2C9*13 的分子动力学模拟及对接研究 | 第52-75页 |
| ·引言 | 第52-56页 |
| ·细胞色素P450 酶 | 第52-54页 |
| ·CYP2C9 及其变体CYP2C9*13 | 第54-56页 |
| ·理论方法和步骤 | 第56-59页 |
| ·模型构建及分子动力学模拟 | 第56-57页 |
| ·分子对接 | 第57-59页 |
| ·结果与讨论 | 第59-72页 |
| ·CYP2C9*1 与CYP2C9*13 的三维结构 | 第59-65页 |
| ·分子对接 | 第65-72页 |
| ·双氯芬酸的分子对接研究 | 第65-70页 |
| ·氯诺昔康的分子对接研究 | 第70-72页 |
| ·小结 | 第72-75页 |
| ·CYP2C9 酶中第90 位氨基酸残基的功能研究 | 第75-84页 |
| ·引言 | 第75-77页 |
| ·理论方法和步骤 | 第77-78页 |
| ·分子动力学模拟 | 第77-78页 |
| ·分子对接 | 第78页 |
| ·结果与讨论 | 第78-83页 |
| ·CYP2C9*1 及其突变体的三维结构与稳定性 | 第78页 |
| ·底物入口及活性部位分析 | 第78-82页 |
| ·分子对接 | 第82-83页 |
| ·小结 | 第83-84页 |
| ·本章小结 | 第84-85页 |
| 第四章 大肠杆菌中高丝氨酸琥珀酰基转移酶的同源模建与对接研究 | 第85-100页 |
| ·引言 | 第85-86页 |
| ·理论方法和步骤 | 第86-90页 |
| ·同源模建 | 第87-88页 |
| ·分子对接 | 第88-90页 |
| ·结果与讨论 | 第90-97页 |
| ·EcHTS 的三维结构模建 | 第90-92页 |
| ·分子对接 | 第92-97页 |
| ·本章小结 | 第97-100页 |
| 第五章 新的 α/β 水解酶 W14 和 W15 的三维结构模建及分子对接研究 | 第100-111页 |
| ·引言 | 第100页 |
| ·理论方法 | 第100-102页 |
| ·结果与讨论 | 第102-110页 |
| ·三维结构的评估 | 第102-104页 |
| ·活性位点 | 第104-105页 |
| ·分子对接 | 第105-110页 |
| ·本章小结 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-137页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第137-139页 |
| 中文摘要 | 第139-141页 |
| Abstract | 第141-143页 |
| 致谢 | 第143页 |
