| 摘要 | 第1-7页 |
| 第一章 引言 | 第7-38页 |
| ·分子系统发育分析方法与存在的问题 | 第7-27页 |
| ·物种树与基因树 | 第8-10页 |
| ·物种树与基因树不一致的原因 | 第10-14页 |
| ·从基因树估计物种树 | 第14-25页 |
| ·系统发育分析的常用软件 | 第25-27页 |
| ·系统发育分歧时间估计 | 第27-30页 |
| ·分歧时间估计原理与算法 | 第28-29页 |
| ·分歧时间估计常用软件 | 第29-30页 |
| ·适应性进化检测 | 第30-33页 |
| ·分子进化的中性学说 | 第30-31页 |
| ·适应性进化检测的原理和方法 | 第31-32页 |
| ·检测适应性进化的常用软件 | 第32-33页 |
| ·裸子植物分子进化研究 | 第33-38页 |
| ·裸子植物的系统发育 | 第33-36页 |
| ·现阶段裸子植物系统发育研究存在的主要问题 | 第36-37页 |
| ·本研究的目的 | 第37-38页 |
| 第二章 裸子植物的系统发育 | 第38-120页 |
| ·植物材料 | 第41页 |
| ·实验仪器、试剂及其来源 | 第41-46页 |
| ·实验仪器 | 第41-45页 |
| ·试剂 | 第45-46页 |
| ·实验方法 | 第46-53页 |
| ·溶液配置 | 第46-47页 |
| ·DNA提取、扩增及回收测序 | 第47-53页 |
| ·数据分析与应用软件 | 第53-59页 |
| ·结果 | 第59-117页 |
| ·Modeltest检测结果 | 第59-60页 |
| ·单基因系统发育树结果 | 第60-61页 |
| ·八基因联合数据系统发育树结果 | 第61-62页 |
| ·裸子植物STEAC、STAR和MPEST物种树 | 第62-117页 |
| ·讨论 | 第117-120页 |
| 第三章 利用8个基因的DNA序列探讨南洋杉科的系统发育关系和起源时间 | 第120-132页 |
| ·材料和方法 | 第121-124页 |
| ·结果 | 第124-130页 |
| ·讨论 | 第130-132页 |
| 第四章 麻黄属rbcL基因的适应性进化检测与结构模建 | 第132-142页 |
| ·材料和方法 | 第133-136页 |
| ·序列数据 | 第133页 |
| ·进化分析 | 第133-134页 |
| ·三维结构模建 | 第134-136页 |
| ·结果 | 第136-140页 |
| ·讨论 | 第140-142页 |
| 第五章 进一步研究的方向 | 第142-143页 |
| 参考文献 | 第143-159页 |
| 在读期间己发表论文 | 第159-160页 |
| 致谢 | 第160-161页 |