| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 研究背景 | 第11-39页 |
| 1 转录组学概述 | 第11-29页 |
| 1.1 细胞转录的过程 | 第11-12页 |
| 1.2 转录组的定义 | 第12-13页 |
| 1.3 转录组学研究的内容 | 第13-14页 |
| 1.4 转录组研究历史与进展 | 第14-29页 |
| 2 转录组的组装 | 第29-37页 |
| 2.1 转录组组装的难点 | 第29-30页 |
| 2.2 组装前的问题 | 第30-33页 |
| 2.3 转录组组装的策略 | 第33-37页 |
| 3. 研究目的与意义 | 第37-39页 |
| 第二章 材料与方法 | 第39-73页 |
| 2.1 材料采集和Solexa测序 | 第39页 |
| 2.2 转录组组装流程和方法 | 第39-59页 |
| 2.2.1 Reads的预处理 | 第40页 |
| 2.2.2 SOAPdenovo-Trans的组装流程 | 第40-43页 |
| 2.2.3 Trinity的组装流程 | 第43-47页 |
| 2.2.4 Oases的组装流程 | 第47-52页 |
| 2.2.5 Rnnotator的组装流程 | 第52-54页 |
| 2.2.6 Cufflinks的组装流程 | 第54-56页 |
| 2.2.7 Scripture的组装流程 | 第56-59页 |
| 2.3 组装质量评估 | 第59-73页 |
| 2.3.1 组装基本信息的评估 | 第59-64页 |
| 2.3.2 组装质量的评估 | 第64-73页 |
| 第三章 研究结果 | 第73-103页 |
| 3.1 测序结果 | 第73-77页 |
| 3.2 各软件的组装结果概述 | 第77-83页 |
| 3.2.1 Soap denovo-Trans的组装结果 | 第77-79页 |
| 3.2.2 Trinity的组装结果 | 第79页 |
| 3.2.3 Oases的组装结果 | 第79-81页 |
| 3.2.4 Rnnotator的组装结果 | 第81-82页 |
| 3.2.5 Cufflinks的组装结果 | 第82页 |
| 3.2.6 Scripture的组装结果 | 第82-83页 |
| 3.3 从头组装软件之间的比较 | 第83-94页 |
| 3.3.1 长度和数目的比较 | 第83-87页 |
| 3.3.2 准确度的比较 | 第87-90页 |
| 3.3.3 完整度的比较 | 第90-92页 |
| 3.3.4 连续度的比较 | 第92-94页 |
| 3.4 基于参考序列组装的软件之间的比较 | 第94-98页 |
| 3.4.1 长度与数量的分布 | 第94-96页 |
| 3.4.2 完整度和连续度的比较 | 第96-98页 |
| 3.5 从头组装和基于参考序列组装两种方法之间的比较 | 第98-101页 |
| 3.6 测序reads数量对组装结果的影响 | 第101-103页 |
| 第四章 讨论 | 第103-110页 |
| 4.1 不同策略及软件的比较 | 第103-107页 |
| 4.1.1 从头组装软件之间的比较 | 第103-106页 |
| 4.1.2 基于基因组组装软件之间的比较 | 第106-107页 |
| 4.1.3 两种策略之间的比较 | 第107页 |
| 4.2 组装策略的选择 | 第107-110页 |
| 4.2.1 模式生物下的转录组组装 | 第108页 |
| 4.2.2 有基因组非模式生物的转录组组装 | 第108-109页 |
| 4.2.3 无基因组非模式生物的转录组组装 | 第109-110页 |
| 展望 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-117页 |
| 致谢 | 第117页 |
