| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 综述 | 第17-24页 |
| 1.1 分子分块方法概述 | 第17-18页 |
| 1.2 EE-GMFCC方法 | 第18-19页 |
| 1.3 蛋白结构优化和振动光谱模拟 | 第19页 |
| 1.4 蛋白-配体亲和能计算 | 第19-20页 |
| 1.5 从头算分子动力学模拟 | 第20-22页 |
| 1.6 电荷极化和结构水对MM/PBSA计算的影响 | 第22页 |
| 1.7 本文结构 | 第22-24页 |
| 第二章 EE-GMFCC计算蛋白质能量 | 第24-37页 |
| 2.1 引言 | 第24-25页 |
| 2.2 EE-GMFCC方法 | 第25-28页 |
| 2.3 EE-GMFCC的计算结果 | 第28-35页 |
| 2.3.1 EE-GMFCC在HF理论水平上的计算结果 | 第29-31页 |
| 2.3.2 EE-GMFCC在DFT和MP2理论水平上的计算结果 | 第31-33页 |
| 2.3.3 EE-GMFCC的计算效率 | 第33-35页 |
| 2.4 小结 | 第35-37页 |
| 第三章 EE-GMFCC优化蛋白结构和振动光谱模拟 | 第37-57页 |
| 3.1 引言 | 第37-38页 |
| 3.2 理论和方法 | 第38-41页 |
| 3.2.1 求解EE-GMFCC能量的一阶和二阶导数 | 第38-40页 |
| 3.2.2 蛋白质分子结构优化 | 第40-41页 |
| 3.2.3 振动光谱和热化学量的计算 | 第41页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第41-56页 |
| 3.3.1 蛋白结构优化 | 第43-44页 |
| 3.3.2 蛋白的红外和拉曼光谱,以及热化学量 | 第44-50页 |
| 3.3.3 EE-GMFCC的计算效率 | 第50-51页 |
| 3.3.4 蛋白的Amide I振动模式 | 第51-56页 |
| 3.4 小结 | 第56-57页 |
| 第四章 EE-GMFCC计算蛋白-配体的亲和能 | 第57-75页 |
| 4.1 引言 | 第57-59页 |
| 4.2 理论和方法 | 第59-64页 |
| 4.2.1 EE-GMFCC计算蛋白-配体结合物的总能量 | 第59页 |
| 4.2.2 EE-GMFCC-CPCM方法 | 第59-60页 |
| 4.2.3 蛋白-配体结合能的计算 | 第60-61页 |
| 4.2.4 蛋白-配体体系的准备过程 | 第61-63页 |
| 4.2.5 MD模拟和MM/PBSA计算 | 第63-64页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第64-73页 |
| 4.3.1 能量分析 | 第69-71页 |
| 4.3.2 多构象平均对蛋白-配体结合能计算的影响 | 第71-72页 |
| 4.3.3 相关性分析 | 第72-73页 |
| 4.4 小结 | 第73-75页 |
| 第五章 基于EE-GNFCC方法的从头算动力学模拟 | 第75-86页 |
| 5.1 引言 | 第75-77页 |
| 5.2 AIMD理论和方法 | 第77-78页 |
| 5.2.1 EE-GMFCC计算蛋白原子受力 | 第77页 |
| 5.2.2 蛋白的从头算动力学模拟 | 第77-78页 |
| 5.3 气相下的AIMD结果 | 第78-80页 |
| 5.4 显式水环境下的AIMD结果 | 第80-84页 |
| 5.5 结论 | 第84-86页 |
| 第六章 电荷极化和结构水对MM/PBSA计算的影响 | 第86-98页 |
| 6.1 引言 | 第86-87页 |
| 6.2 计算方法介绍 | 第87-90页 |
| 6.2.1 准备蛋白-配体的结构 | 第87-88页 |
| 6.2.2 分子对接和结构优化 | 第88页 |
| 6.2.3 拟合PPC电荷 | 第88-89页 |
| 6.2.4 MD模拟 | 第89页 |
| 6.2.5 MM/PBSA计算 | 第89-90页 |
| 6.3 结果和讨论 | 第90-97页 |
| 6.3.1 不含水的分子对接 | 第90-91页 |
| 6.3.2 不含水的MM/PBSA计算 | 第91-93页 |
| 6.3.3 含水的分子对接 | 第93-95页 |
| 6.3.4 含水的MM/PBSA计算 | 第95-96页 |
| 6.3.5 基于残基的结合能计算 | 第96-97页 |
| 6.4 小结 | 第97-98页 |
| 第七章 总结和展望 | 第98-102页 |
| 7.1 本论文的意义和创新之处 | 第98-99页 |
| 7.2 未来和展望 | 第99-102页 |
| 参考文献 | 第102-114页 |
| 博士期间发表论文 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
