| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词 | 第8-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-32页 |
| 1.1 水稻基因组学和转录组学研究进展 | 第12-14页 |
| 1.2 表观遗传学概述及其在水稻中的研究进展 | 第14-18页 |
| 1.2.1 DNA甲基化 | 第14-15页 |
| 1.2.2 组蛋白修饰 | 第15-17页 |
| 1.2.3 非编码RNA | 第17页 |
| 1.2.4 组蛋白变体 | 第17-18页 |
| 1.3 组蛋白变体简介 | 第18-20页 |
| 1.4 组蛋白变体H2A.Z介绍 | 第20-23页 |
| 1.5 染色质状态的识别和应用 | 第23-26页 |
| 1.6 利用高通量技术研究表观基因组学 | 第26-30页 |
| 1.6.1 高通量测序技术发展 | 第26-28页 |
| 1.6.2 表观基因组学主要研究技术 | 第28-30页 |
| 1.7 研究目的及意义 | 第30-32页 |
| 第二章 水稻H2A.Z在基因组中的分布特征以及与基因表达的相关性 | 第32-86页 |
| 2.1 引言 | 第32-33页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第33-41页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第33页 |
| 2.2.2 实验试剂及耗材 | 第33-34页 |
| 2.2.3 实验仪器 | 第34页 |
| 2.2.4 实验方法 | 第34-39页 |
| 2.2.5 数据收集 | 第39页 |
| 2.2.6 数据处理 | 第39-41页 |
| 2.3 研究结果与分析 | 第41-83页 |
| 2.3.1 H2A.Z编码基因表达模式分析 | 第41-42页 |
| 2.3.2 H2A.Z进化分析及抗体有效性验证 | 第42-44页 |
| 2.3.3 H2A.Z在基因组及基因附近的分布情况 | 第44-48页 |
| 2.3.4 H2A.Z的分布与其他表观遗传修饰之间的关系 | 第48-55页 |
| 2.3.5 在愈伤组织和幼苗地上部分中H2A.Z富集程度与基因表达的相关性 | 第55-61页 |
| 2.3.6 在愈伤组织中优先表达的基因与H2A.Z富集的关系 | 第61-74页 |
| 2.3.7 H2A.Z在组织特异的DHSs附近的分布 | 第74-77页 |
| 2.3.8 探索昼夜变化过程中H2A.Z与基因表达的关系 | 第77-83页 |
| 2.4 讨论 | 第83-86页 |
| 第三章 下调表达OsSPX1影响H2A.Z分布特征的初步探索 | 第86-98页 |
| 3.1 引言 | 第86-87页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第87页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第87页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第87页 |
| 3.2.3 数据处理 | 第87页 |
| 3.3 研究结果与分析 | 第87-97页 |
| 3.3.1 OsSPX1基因对水稻生长发育的影响及其在昼夜变化中的表达模式 | 第87-88页 |
| 3.3.2 H2A.Z在基因组及基因附近的分布情况 | 第88-91页 |
| 3.3.3 H2A.Z在Nipponbare和OsSPX1-antisense株系中的富集差异分析及其与基因表达的关系 | 第91-97页 |
| 3.4 讨论 | 第97-98页 |
| 第四章 基于染色质状态进一步解析H2A.Z的分布特征以及RiceEpi平台的搭建 | 第98-115页 |
| 4.1 引言 | 第98页 |
| 4.2 水稻表观基因组数据收集 | 第98-99页 |
| 4.3 染色质状态识别与分析 | 第99-113页 |
| 4.3.1 不同表观遗传修饰相关性分析 | 第99-101页 |
| 4.3.2 染色质状态的识别 | 第101-102页 |
| 4.3.3 自组织映射神经网络图谱的构建和分析 | 第102-106页 |
| 4.3.4 RiceEpi表观基因组数据平台架构及功能实现 | 第106-109页 |
| 4.3.5 H2A.Z在SOM图谱中的分布情况 | 第109-111页 |
| 4.3.6 10:00 am和10:00 pm H2A.Z数据在SOM图谱中的分布特征及差异分析结果 | 第111-113页 |
| 4.4 讨论 | 第113-115页 |
| 第五章 结论与展望 | 第115-117页 |
| 5.1 结论 | 第115-116页 |
| 5.2 展望 | 第116-117页 |
| 参考文献 | 第117-134页 |
| 附录 | 第134-166页 |
| 致谢 | 第166-168页 |
| 个人简介 | 第168-169页 |
