| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 1 前言 | 第8-20页 |
| 1.1 课题的提出 | 第8-9页 |
| 1.2 文献综述 | 第9-19页 |
| 1.2.1 测序技术的发展 | 第9-10页 |
| 1.2.2 转录组研究及优势 | 第10页 |
| 1.2.3 转录组技术在动植物中的应用 | 第10-12页 |
| 1.2.4 转录组RNA-Seq分析相关软件 | 第12-17页 |
| 1.2.5 马铃薯基因组研究现状 | 第17-18页 |
| 1.2.6 平台及数据库的建立 | 第18-19页 |
| 1.3 研究内容及目的 | 第19-20页 |
| 2 数据与方法 | 第20-27页 |
| 2.1 数据的收集 | 第20页 |
| 2.2 数据的质量控制 | 第20-22页 |
| 2.3 马铃薯转录组整合 | 第22-24页 |
| 2.4 SNP位点分析与亲缘关系图谱的建立 | 第24页 |
| 2.5 染色体转录本丰度分析 | 第24-25页 |
| 2.6 网站的构建及表达谱数据库的建立 | 第25-27页 |
| 3 结果与分析 | 第27-47页 |
| 3.1 数据的质控 | 第27-29页 |
| 3.2 马铃薯转录组的整合及注释 | 第29-37页 |
| 3.2.1 转录组整合 | 第29-32页 |
| 3.2.2 马铃薯原参照基因组与组装的泛基因组比较分析 | 第32-33页 |
| 3.2.3 转录本的注释 | 第33-37页 |
| 3.2.3.1 新转录本的BLAST2GO注释 | 第33-36页 |
| 3.2.3.2 非编码预测 | 第36-37页 |
| 3.3 SNP位点与亲缘关系分析 | 第37-38页 |
| 3.4 染色体转录本丰度分析 | 第38-41页 |
| 3.5 平台及数据库的构建 | 第41-47页 |
| 3.5.1 Genome Browser基因组浏览器搭建 | 第41-43页 |
| 3.5.2 BLAST查询数据库的建立 | 第43-45页 |
| 3.5.3 表达谱数据库的建立 | 第45-47页 |
| 4 总结与展望 | 第47-50页 |
| 4.1 转录组整合 | 第47页 |
| 4.2 数据平台的利用 | 第47-48页 |
| 4.3 展望 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-58页 |
| 致谢 | 第58页 |