| 符号说明 | 第4-7页 |
| 中文摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第11-24页 |
| 1.1 基因组学 | 第11-15页 |
| 1.1.1 功能基因组学 | 第11页 |
| 1.1.2 功能基因组学必要性及意义 | 第11页 |
| 1.1.3 功能基因组学的主要研究内容 | 第11-13页 |
| 1.1.4 功能基因组学的研究方法 | 第13-15页 |
| 1.2 生物信息学 | 第15-20页 |
| 1.2.1 生物信息学研究背景 | 第15-16页 |
| 1.2.2 生物信息学发展历程 | 第16-18页 |
| 1.2.3 生物信息学研究方法及工具 | 第18-19页 |
| 1.2.4 生物信息学在畜禽基因组学中的应用 | 第19-20页 |
| 1.3 数量性状基因座(Quantitative Trait Locus,QTL) | 第20-23页 |
| 1.3.1 性状与数量性状 | 第20页 |
| 1.3.2 QTL研究的发展历程 | 第20-21页 |
| 1.3.3 QTL检测方法 | 第21-22页 |
| 1.3.4 QTL定位及分析 | 第22-23页 |
| 1.4 本研究的必要性及意义 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-37页 |
| 2.1 材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 硬件 | 第24页 |
| 2.1.2 软件 | 第24页 |
| 2.1.3 软件数据 | 第24-25页 |
| 2.1.4 家禽转录组应用数据 | 第25页 |
| 2.2 方法 | 第25-37页 |
| 2.2.1 biomaRt包的引用 | 第25-26页 |
| 2.2.2 RSQLite包的引用 | 第26页 |
| 2.2.3 构建QTL数据库 | 第26-28页 |
| 2.2.4 开发平台 | 第28页 |
| 2.2.5 创建R包 | 第28页 |
| 2.2.6 算法 | 第28-36页 |
| 2.2.7 Vignette文档 | 第36页 |
| 2.2.8 家禽转录组的应用 | 第36-37页 |
| 3 结果 | 第37-63页 |
| 3.1 软件特性 | 第37-59页 |
| 3.1.1 软件加载界面 | 第37-38页 |
| 3.1.2 软件说明界面 | 第38-41页 |
| 3.1.3 软件运行界面 | 第41-42页 |
| 3.1.4 软件操作性 | 第42-43页 |
| 3.1.5 软件优越性 | 第43-55页 |
| 3.1.6 软件准确性 | 第55-57页 |
| 3.1.7 软件性能测试 | 第57-59页 |
| 3.2 家禽方面的应用 | 第59-63页 |
| 3.2.1 肠炎沙门氏菌感染相关QTL及分析 | 第59-62页 |
| 3.2.2 空肠弯曲杆菌相关QTL及分析 | 第62-63页 |
| 4 讨论 | 第63-65页 |
| 4.1 AnimalGene2QTL包标准 | 第63页 |
| 4.2 AnimalGene2QTL包的有效性 | 第63-64页 |
| 4.3 AnimalGene2QTL包的效率 | 第64页 |
| 4.4 AnimalGene2QTL包在家禽转录组方面的应用 | 第64-65页 |
| 5 结论 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |