| 附件 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第16-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-35页 |
| 1.1 根瘤菌选择性结瘤的意义 | 第17页 |
| 1.2 根瘤菌选择性结瘤的分子基础 | 第17-22页 |
| 1.2.1 选择性结瘤的概念 | 第17-18页 |
| 1.2.2 选择性结瘤的过程 | 第18-19页 |
| 1.2.3 结瘤信号的感知 | 第19-22页 |
| 1.2.4 根瘤菌结瘤诱导物质的研究 | 第22页 |
| 1.3 根瘤菌选择性结瘤的影响因素研究进展 | 第22-25页 |
| 1.3.1 根瘤菌基因型对选择性结瘤能力的影响 | 第23-25页 |
| 1.3.2 植物基因型对根瘤菌竞争结瘤能力的影响 | 第25页 |
| 1.3.3 环境因素 | 第25页 |
| 1.4 根瘤菌基因组学、蛋白质组学和转录组学研究进展 | 第25-32页 |
| 1.4.1 根瘤菌基因组学研究进展 | 第26-28页 |
| 1.4.2 根瘤菌蛋白质组学研究进展 | 第28-30页 |
| 1.4.3 根瘤菌转录组学研究进展 | 第30-32页 |
| 1.5 选题目的和意义 | 第32-34页 |
| 1.6 本研究的技术路线 | 第34-35页 |
| 第二章 Bradyrhizobium diazoefficiens选择性结瘤验证及有效根系分泌物提取 | 第35-47页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-39页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第35页 |
| 2.1.2 仪器与试剂 | 第35-36页 |
| 2.1.3 大豆根瘤菌验证试验 | 第36-37页 |
| 2.1.4 菌株的分离、纯化和保存 | 第37页 |
| 2.1.5 总DNA的提取 | 第37页 |
| 2.1.6 BOX-PCR | 第37-38页 |
| 2.1.7 大豆根系分泌物的收集 | 第38页 |
| 2.1.8 大豆根系分泌物有效性评价 | 第38-39页 |
| 2.2 结果与分析 | 第39-46页 |
| 2.2.1 大豆根瘤菌株验证试验 | 第39-40页 |
| 2.2.2 总DNA的提取 | 第40-41页 |
| 2.2.3 BOX-PCR结果 | 第41页 |
| 2.2.4 大豆根系分泌物收集装置 | 第41-42页 |
| 2.2.5 nod基因的诱导 | 第42-46页 |
| 2.3 讨论 | 第46-47页 |
| 第三章 Bradyrhizobium diazoefficiens选择性结瘤分子机理的比较基因组学分析 | 第47-62页 |
| 3.1 试验材料和方法 | 第47-49页 |
| 3.1.1 菌株 | 第47页 |
| 3.1.2 基因组DNA的提取 | 第47页 |
| 3.1.3 根瘤菌基因组序列的测定 | 第47-48页 |
| 3.1.4 基因组的注释与分析 | 第48-49页 |
| 3.2 结果和分析 | 第49-61页 |
| 3.2.1 基因组组装 | 第49页 |
| 3.2.2 原始数据质控 | 第49-51页 |
| 3.2.3 基因组组装结果 | 第51-52页 |
| 3.2.4 基因组预测结果 | 第52-53页 |
| 3.2.5 RNA的预测与分析 | 第53-54页 |
| 3.2.6 基因功能注释与比较 | 第54-57页 |
| 3.2.7 基因组系统发育分析 | 第57-58页 |
| 3.2.8 直系同源分析 | 第58-59页 |
| 3.2.9 两根瘤菌基因组差异分析 | 第59-61页 |
| 3.3 讨论 | 第61-62页 |
| 第四章 Bradyrhizobium diazoefficiens选择性结瘤分子机理的蛋白质组学分析 | 第62-77页 |
| 4.1 试验材料 | 第62页 |
| 4.2 试验方法 | 第62-67页 |
| 4.2.1 主要仪器设备 | 第62-63页 |
| 4.2.2 主要试剂及配制 | 第63-65页 |
| 4.2.3 根瘤菌生长曲线的测定 | 第65页 |
| 4.2.4 根系分泌物对根瘤菌的诱导 | 第65-66页 |
| 4.2.5 根瘤菌蛋白的提取 | 第66页 |
| 4.2.6 蛋白质双向电泳和染色 | 第66页 |
| 4.2.7 蛋白质凝胶图像分析 | 第66页 |
| 4.2.8 差异蛋白的质谱分析和鉴定 | 第66-67页 |
| 4.3 结果与分析 | 第67-75页 |
| 4.3.1 根瘤菌生长曲线测定 | 第67页 |
| 4.3.2 根瘤菌蛋白质表达图谱分析 | 第67-70页 |
| 4.3.3 大豆根系分泌物诱导的根瘤菌差异蛋白的质谱鉴定 | 第70-73页 |
| 4.3.4 两根瘤菌经大豆根系分泌物诱导后差异蛋白的比较 | 第73-75页 |
| 4.4 讨论 | 第75-77页 |
| 第五章 Bradyrhizobium diazoefficiens选择性结瘤分子机理的转录组学分析 | 第77-94页 |
| 5.1 试验材料 | 第77页 |
| 5.2 试验方法 | 第77-79页 |
| 5.2.1 大豆根系分泌物的收集 | 第77页 |
| 5.2.2 菌体的培养和诱导 | 第77页 |
| 5.2.3 总RNA的提取 | 第77页 |
| 5.2.4 RNA质量检测 | 第77页 |
| 5.2.5 转录组文库的构建和测序 | 第77-78页 |
| 5.2.6 与测序基因组比对 | 第78页 |
| 5.2.7 转录组表达差异分析 | 第78页 |
| 5.2.8 基因组的注释与分析 | 第78-79页 |
| 5.3 结果和分析 | 第79-92页 |
| 5.3.1 根系分泌物对根瘤菌的诱导 | 第79页 |
| 5.3.2 根瘤菌RNA的提取 | 第79-80页 |
| 5.3.3 转录组数据质控 | 第80-81页 |
| 5.3.4 与基因组数据比对 | 第81页 |
| 5.3.5 根瘤菌表达差异分析 | 第81-82页 |
| 5.3.6 差异基因表达模式聚类 | 第82-83页 |
| 5.3.7 差异基因功能注释与比较 | 第83-88页 |
| 5.3.8 两根瘤菌基因表达差异分析 | 第88-92页 |
| 5.4 讨论 | 第92-94页 |
| 第六章 全文结论和展望 | 第94-97页 |
| 6.1 全文结论 | 第94-95页 |
| 6.2 展望 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
| 作者简历 | 第114页 |
