| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 英文缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-26页 |
| 1.1 水稻抗旱性的研究进展 | 第12-17页 |
| 1.1.1 水稻抗旱相关性状QTL定位研究 | 第12-13页 |
| 1.1.2 植物抗旱基因研究进展 | 第13-17页 |
| 1.2 基因芯片技术 | 第17-22页 |
| 1.2.1 基因芯片原理 | 第17-18页 |
| 1.2.2 基因芯片技术的分类 | 第18-19页 |
| 1.2.3 芯片数据分析 | 第19-21页 |
| 1.2.3.1 基本流程 | 第19-20页 |
| 1.2.3.2 芯片分析常用软件 | 第20-21页 |
| 1.2.4 基因芯片在植物中的应用 | 第21-22页 |
| 1.3 DNA测序技术 | 第22-25页 |
| 1.3.1 第一代DNA测序技术 | 第22页 |
| 1.3.2 第二代DNA测序技术 | 第22-24页 |
| 1.3.3 第三代测序技术及其它 | 第24-25页 |
| 1.4 本论文研究内容及意义 | 第25-26页 |
| 第二章水稻抗旱基因聚合系全基因组耐旱和产量相关候选基因及通路挖掘 | 第26-71页 |
| 2.1 材料及方法 | 第26-30页 |
| 2.1.1 实验材料及表型处理 | 第26-28页 |
| 2.1.2 抗旱表型鉴定 | 第28页 |
| 2.1.3 RNA 样品制备及芯片分析 | 第28-29页 |
| 2.1.4 芯片数据分析 | 第29-30页 |
| 2.2 结果与分析 | 第30-60页 |
| 2.2.1 导入系和IR64的表型鉴定 | 第30-35页 |
| 2.2.2 聚类结果 | 第35-37页 |
| 2.2.3 IR64和各导入系的差异表达基因 | 第37-41页 |
| 2.2.4 各AGs中候选基因功能 (GO) 分析 | 第41-43页 |
| 2.2.5 各个AGs中候选基因的pathway富集分析 | 第43-51页 |
| 2.2.6 全基因组候选pathway筛选和分析 | 第51-60页 |
| 2.3 讨论 | 第60-65页 |
| 2.3.1 水稻抗旱聚合系表型及生理性状鉴定结果 | 第60-61页 |
| 2.3.2 AG1-AG5位点差异基因及富集分析结果 | 第61-65页 |
| 2.4 构建Organism packages（rice.db） | 第65-71页 |
| 第三章 水稻抗旱基因聚合系基因共表达分析 | 第71-89页 |
| 3.1.材料与方法 | 第71-74页 |
| 3.1.1 基因表达谱数据选择 | 第71页 |
| 3.1.2 表型数据选择 | 第71页 |
| 3.1.3 网络阈值选择 | 第71-73页 |
| 3.1.4 样本筛选与聚类 | 第73页 |
| 3.1.5 模块检测 | 第73页 |
| 3.1.6 模块与表型关联分析 | 第73-74页 |
| 3.2 结果与分析 | 第74-86页 |
| 3.2.1 正常/无胁迫条件下结果分析 | 第74-79页 |
| 3.2.2 干旱胁迫下基因共表达结果分析 | 第79-86页 |
| 3.3 讨论 | 第86-89页 |
| 第四章水稻抗旱基因聚合系及亲本结构变异及泛基因组分析 | 第89-119页 |
| 4.1 材料方法 | 第89-91页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第89页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第89-91页 |
| 4.2 结果与分析 | 第91-115页 |
| 4.2.1 DNA测序结果 | 第91页 |
| 4.2.2 SV 系统发生树分析 | 第91-92页 |
| 4.2.3 SV在各亲本及导入系中的分布 | 第92-95页 |
| 4.2.4 SV区段包含基因注释及分析 | 第95-100页 |
| 4.2.5 泛基因组系统发生树分析 | 第100-101页 |
| 4.2.6 各聚合系与IR64泛基因组重叠 | 第101-102页 |
| 4.2.7 各聚合系中导入基因分析 | 第102-115页 |
| 4.3 讨论 | 第115-119页 |
| 4.3.1 各导入系及供体亲本比对IR64出现的SV结果 | 第115-117页 |
| 4.3.2 各导入系、供体亲本及IR64泛基因组结果 | 第117-119页 |
| 第五章 结论 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-131页 |
| 附录 | 第131-141页 |
| 致谢 | 第141-142页 |
| 作者简历 | 第142页 |
| 发表论文 | 第142页 |
