| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 学位论文缩略词表 | 第7-8页 |
| 目录 | 第8-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| 1. PAHs 的危害及污染环境的生物修复 | 第12页 |
| 2. PAHs 降解的分子生物学研究 | 第12-15页 |
| ·PAHs 降解的基因组学研究 | 第12-14页 |
| ·系统发育分析 | 第12-13页 |
| ·降解基因的定位和杂交 | 第13页 |
| ·简并引物 PCR | 第13页 |
| ·DNA 文库的筛选 | 第13-14页 |
| ·PAHs 降解的代谢组学研究 | 第14页 |
| ·PAHs 降解的蛋白质组学研究 | 第14-15页 |
| ·生物信息学分析 | 第14-15页 |
| ·蛋白质组学分析方法在 PAHs 降解研究中的应用 | 第15页 |
| 3. 国内外研究现状及发展动态分析 | 第15-17页 |
| 4. 本论文研究的主要意义 | 第17页 |
| 5. 本论文的主要研究内容和方法 | 第17-19页 |
| 6. 技术路线 | 第19-20页 |
| 第二章 赤红球菌 OA1 基因组文库的构建 | 第20-31页 |
| 1. 材料和方法 | 第20-26页 |
| ·主要材料 | 第20-22页 |
| ·质粒和载体 | 第20页 |
| ·主要试剂、试剂盒和工具酶 | 第20页 |
| ·培养基 | 第20-21页 |
| ·溶液和缓冲液 | 第21-22页 |
| ·主要仪器 | 第22页 |
| ·基本方法 | 第22-26页 |
| ·赤红球菌基因组 DNA 提取 | 第22-23页 |
| ·赤红球菌 DNA 片段的末端修复 | 第23-24页 |
| ·赤红球菌 DNA 片段的回收 | 第24页 |
| ·DNA 片段连接到载体系统 | 第24-25页 |
| ·连接产物的包装和侵染大肠杆菌细胞 | 第25页 |
| ·Fosmid 文库的检测 | 第25-26页 |
| 2. 结果与分析 | 第26-29页 |
| ·基因组 DNA 的提取 | 第26-27页 |
| ·目标 DNA 片段的回收与连接 | 第27-28页 |
| ·包装和转导 | 第28-29页 |
| ·克隆的限制性酶切分析 | 第29页 |
| ·赤红球菌 OA1 基因组 DNA 含量的测定与文库覆盖率的估算 | 第29页 |
| 3. 小结 | 第29-31页 |
| ·赤红球菌 OA1 fosmid 文库构建技术体系的建立 | 第29-30页 |
| ·Fosmid 文库的质量鉴定 | 第30-31页 |
| 第三章 DIG-RHD 探针标记和菌落原位杂交 | 第31-40页 |
| 1. 材料和方法 | 第31-36页 |
| ·主要材料 | 第31-32页 |
| ·菌株和质粒 | 第31页 |
| ·主要试剂、试剂盒和工具酶 | 第31页 |
| ·PCR 简并引物 | 第31-32页 |
| ·溶液和缓冲液 | 第32页 |
| ·主要仪器 | 第32-33页 |
| ·基本方法 | 第33-36页 |
| ·赤红球菌 OA1 全基因 DNA 制备 | 第33页 |
| ·RHD 基因的克隆及序列测定 | 第33页 |
| ·地高辛标记 DNA | 第33-34页 |
| ·探针标记效率的检测 | 第34页 |
| ·菌落原位杂交 | 第34-36页 |
| 2. 结果与分析 | 第36-38页 |
| ·环羟基化双加氧酶α亚基保守序列测序结果 | 第36-37页 |
| ·探针标记效率的检测结果 | 第37-38页 |
| ·菌落原位杂交的检测结果 | 第38页 |
| 3. 小结 | 第38-40页 |
| 第四章 Fosmid 质粒提取和生物信息学分析 | 第40-46页 |
| 1. 材料和方法 | 第40-41页 |
| ·主要材料 | 第40-41页 |
| ·菌株和质粒 | 第40页 |
| ·主要试剂、试剂盒和工具酶 | 第40页 |
| ·培养基 | 第40-41页 |
| ·溶液和缓冲液 | 第41页 |
| ·主要仪器 | 第41页 |
| ·基本方法 | 第41页 |
| ·提取 Fosmid 阳性质粒 | 第41页 |
| ·Fosmid 阳性质粒测序及生物信息学分析 | 第41页 |
| 2. 结果与分析 | 第41-45页 |
| ·阳性 Fosmid 质粒获得 | 第41-42页 |
| ·序列测定及生物信息学分析 | 第42-45页 |
| 3. 小结 | 第45-46页 |
| 第五章 P34D 基因原核表达体系的构建 | 第46-56页 |
| 1.材料和方法 | 第46-51页 |
| ·主要材料 | 第46-48页 |
| ·质粒与菌株 | 第46-47页 |
| ·主要试剂、试剂盒和工具酶 | 第47页 |
| ·PCR 引物 | 第47页 |
| ·培养基 | 第47-48页 |
| ·溶液和缓冲液 | 第48页 |
| ·主要仪器 | 第48页 |
| ·基本方法 | 第48-51页 |
| ·P34D 基因的 PCR 扩增 | 第48-49页 |
| ·P34D 基因片段的回收及纯化 | 第49页 |
| ·表达载体 pET-30a(+)质粒的制备 | 第49页 |
| ·P34D 及 pET-30a(+)双酶切体系的构建 | 第49-50页 |
| ·酶切产物的回收 | 第50页 |
| ·构建连接体系 | 第50页 |
| ·转导 | 第50-51页 |
| ·酶切鉴定阳性克隆 | 第51页 |
| 2.结果与分析 | 第51-55页 |
| ·PCR 扩增 P34D 完整基因 | 第51-52页 |
| ·P34D 及 pET-30a(+)的双酶切体系的构建 | 第52-53页 |
| ·重组表达载体的酶切鉴定结果 | 第53-54页 |
| ·基因序列的提交 | 第54-55页 |
| 3. 小结 | 第55-56页 |
| 第六章 P34D 基因的异源表达与酶活检测 | 第56-65页 |
| 1. 材料和方法 | 第56-61页 |
| ·主要材料 | 第56-58页 |
| ·菌株与载体 | 第56页 |
| ·主要试剂、试剂盒和工具酶 | 第56页 |
| ·溶液和缓冲液 | 第56-58页 |
| ·主要仪器 | 第58-59页 |
| ·实验方法 | 第59-61页 |
| ·阳性克隆预表达 | 第59页 |
| ·P34D 基因在 E.coli BL21(DE3)中的诱导表达与可溶性分析 | 第59-60页 |
| ·P34D 表达条件的优化 | 第60页 |
| ·目的蛋白的酶活检测 | 第60-61页 |
| 2. 结果与分析 | 第61-63页 |
| ·P34D 预表达并送样测序 | 第61页 |
| ·P34D 异源表达检测 | 第61-62页 |
| ·P34D 可溶性表达条件的优化 | 第62-63页 |
| ·P34D 催化活性检测 | 第63页 |
| 3. 小结 | 第63-65页 |
| 结论 | 第65-66页 |
| 本研究的创新点 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 在学期间公开发表论文及著作情况 | 第72-73页 |
| 在学期间参加的课题项目 | 第73-74页 |
| 附录 | 第74-80页 |
