| 中文摘要 | 第1-6页 |
| 英文摘要 | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-26页 |
| §1.1 概述 | 第10页 |
| §1.2 新一代测序技术及数据特点和底层处理 | 第10-20页 |
| §1.2.1 新一代测序技术的介绍 | 第10-14页 |
| §1.2.2 新一代测序技术数据及其特点 | 第14-16页 |
| §1.2.3 新一代测序技术数据的底层数据处理 | 第16-20页 |
| §1.3 新一代测序技术的应用 | 第20-24页 |
| §1.3.1 新一代测序技术与DNA结合的测序(ChIP-seq) | 第20-21页 |
| §1.3.2 新一代测序技术与RNA结合的测序(RNA-seq) | 第21-22页 |
| §1.3.3 新一代测序技术与DNA甲基化结合的测序(MeDIP-seq) | 第22-24页 |
| §1.4 本文的主要工作和结构安排 | 第24-26页 |
| 第二章 基于MeDIP-seq的数据分析 | 第26-34页 |
| §2.1 DNA甲基化介绍及研究方法 | 第26-30页 |
| §2.1.1 DNA甲基化介绍 | 第26-28页 |
| §2.1.2 DNA甲基化的研究方法 | 第28-30页 |
| §2.2 基于MeDIP-seq数据的Batman方法 | 第30页 |
| §2.3 基于MeDIP-seq数据的MEDIPS方法 | 第30-34页 |
| 第三章 基于MeDIP-seq和MRE-seq数据的M&M方法 | 第34-49页 |
| §3.1 MRE-seq数据的产生及背景假设 | 第35-37页 |
| §3.2 M&M统计模型 | 第37-42页 |
| §3.3 p-value计算 | 第42-46页 |
| §3.4 FDR控制 | 第46-48页 |
| §3.5 methylMnM软件包 | 第48-49页 |
| 第四章 M&M方法的评估及实际数据分析 | 第49-74页 |
| §4.1 M&M方法与MEDIPS方法的比较 | 第49-56页 |
| §4.2 对M&M方法的特定组织的生物分析 | 第56-71页 |
| §4.2.1 MeDIP-seq对四个组织的不同甲基化水平的区域(DMR)的分析 | 第56-58页 |
| §4.2.2 MeDIP-seq对染色体中大区域的特定组织的DMR分析 | 第58-64页 |
| §4.2.3 MeDIP-seq对细胞类型特异性的DMR的分析 | 第64-67页 |
| §4.2.4 MeDIP-seq对同一细胞类型不同个体的DMR的分析 | 第67-71页 |
| §4.3 M&M方法的总结与讨论 | 第71-74页 |
| 第五章 基于单个CpG位置的MeDIP-seq数据分析(SIMD) | 第74-85页 |
| §5.1 SIMD的模型假设 | 第74-77页 |
| §5.2 SIMD的实例分析 | 第77-80页 |
| §5.3 定理证明 | 第80-85页 |
| 第六章 结论及进一步展望 | 第85-88页 |
| §6.1 结论 | 第85-86页 |
| §6.2 进一步展望 | 第86-88页 |
| 附录Ⅰ | 第88-92页 |
| 参考文献 | 第92-105页 |
| 在学期间公开发表(投稿)论文情况 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
