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菊花‘神马花芽分化期的数字基因表达谱及关键基因的克隆和表达分析

符号说明第1-12页
中文摘要第12-15页
Abstract第15-19页
1 前言第19-26页
   ·植物花芽分化研究的现状和发展趋势第19-24页
     ·植物调控花芽分化的途径第20页
     ·光周期途径中涉及的光受体基因第20-21页
     ·光周期途径中涉及的生物节律钟基因第21-22页
     ·光周期途径中涉及的节律钟下游基因第22-23页
     ·菊花与光周期途径相关基因的研究第23-24页
       ·光周期对菊花开花的影响第23-24页
       ·菊花花芽分化研究进展第24页
   ·研究的目的意义第24-26页
2 材料与方法第26-48页
   ·植物材料和处理第26-28页
     ·植物材料和试验处理第26-27页
     ·主要试剂及仪器第27页
     ·数据分析用软件第27-28页
   ·采取的研究方案及技术路线第28页
     ·研究方案第28页
     ·技术路线第28页
   ·菊花花芽分化期转录组 cDNA 文库的构建及测序分析第28-31页
     ·菊花总 RNA 的提取第28-30页
       ·试验用品前期处理第28-30页
       ·提取菊花花芽分化阶段总 RNA第30页
     ·转录组 cDNA 固相文库的构建和测序第30-31页
     ·转录组 Unigenes 信息分析第31页
   ·菊花花芽分化期数字基因表达谱测序及信息分析第31-36页
     ·数字基因表达谱文库的构建和测序第31-34页
     ·数字基因表达谱文库测序信息分析第34-36页
       ·基因表达注释第34-35页
       ·差异基因表达模式聚类分析第35页
       ·差异基因表达 Gene Ontology 功能显著性富集分析第35-36页
       ·差异基因表达 Pathway 显著性富集分析第36页
   ·菊花光周期途径关键基因的克隆第36-48页
     ·应用 RT-PCR、RACE 技术克隆关键基因 cDNA 全长序列第36-45页
       ·cDNA 第一链反转录步骤第36-37页
       ·关键基因 CmGI、CmCOL 引物的设计第37-39页
       ·引物验证试验设计第39页
       ·关键基因片段验证第39-40页
       ·3’RACE第40-41页
       ·5’RACE第41-42页
       ·测序步骤第42-45页
     ·关键基因的 cDNA 全长序列分析第45-46页
     ·关键基因的实时荧光定量分析第46-48页
       ·荧光定量引物设计第46页
       ·荧光定量 PCR 体系和数据处理第46-48页
3 结果与分析第48-95页
   ·菊花花芽分化期转录组 unigenes 分析第48-57页
     ·菊花花芽分化期 unigenes 的获取第48-49页
     ·菊花花芽分化期 unigenes 的 GO 功能分类注释第49-50页
       ·菊花花芽分化期 unigenes 参与的分子功能第49页
       ·菊花花芽分化期 unigenes 涉及的细胞组分第49页
       ·菊花花芽分化期 unigenes 参与的生物过程第49-50页
     ·菊花花芽分化期 unigenes 涉及的代谢通路分析第50-52页
     ·菊花花芽分化期涉及植物节律代谢途径的 unigenes 分析第52-54页
     ·菊花花芽分化期 unigenes 的编码蛋白(CDS)分析第54-55页
     ·菊花花芽分化期 unigene 的 COG 注释功能第55-57页
   ·菊花花芽分化期的数字基因表达谱分析第57-72页
     ·数字基因表达谱数据评价分析第57-61页
     ·六个文库部分差异表达基因等级聚类分析第61页
     ·六个文库差异表达基因统计分析第61-62页
     ·六个文库涉及植物节律通路的部分 tags 分析第62-63页
     ·六个文库差异表达基因 Pathway 显著性富集分析第63-65页
     ·六个文库差异表达基因 Gene Ontology 功能显著性富集分析第65-72页
       ·1-RNAvs2-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析第65-67页
       ·2-RNAvs3-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析第67页
       ·3-RNAvs4-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析第67页
       ·4-RNAvs5-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析第67-71页
       ·5-RNAvs6-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析第71-72页
   ·菊花节律钟输出基因 CmGI(GIGANTEA)的克隆及序列信息和定量表达分析第72-82页
     ·CmGI 基因 cDNA 全长克隆第72-74页
     ·CmGI 蛋白质序列分析第74-76页
     ·CmGI 蛋白质基本性质分析第76-77页
     ·CmGI 蛋白质二级结构分析第77页
     ·CmGI 蛋白质三级结构分析第77-78页
     ·CmGI 的 mRNA 相对定量表达分析第78-82页
       ·引物设计和扩增特异性的分析第78-79页
       ·菊花 CmGI mRNA 的昼夜相对定量表达分析第79-80页
       ·菊花 CmGI mRNA 在花芽不同分化阶段中的相对定量表达分析第80-81页
       ·菊花 CmGI mRNA 在组培苗、花蕾期及盛花期的相对定量表达分析第81-82页
   ·菊花开花相关基因 CmCOL(CONSTANS-Like)的克隆及序列信息分析第82-88页
     ·CmCOL 基因 cDNA 全长克隆第82-83页
     ·CmCOL 序列信息分析第83-88页
     ·CmCOL 蛋白质基本性质分析第88页
     ·CmCOL 蛋白质的二级结构第88页
     ·CmCOL 蛋白质的三级结构第88页
   ·CmCOL、CmFTL mRNA 相对定量表达分析第88-94页
     ·引物设计和扩增特异性的分析第88-90页
     ·CmCOL mRNA 昼夜相对定量表达分析第90-92页
     ·CmCOL mRNA 在花芽分化不同阶段的相对定量表达分析第92页
     ·CmCOL mRNA 在组培苗、花蕾期、盛花期的相对定量表达分析第92页
     ·CmFTL mRNA 昼夜相对定量表达分析第92页
     ·CmFTL mRNA 在花芽分化不同阶段的相对定量表达分析第92页
     ·CmFTL mRNA 在组培苗、花蕾期、盛花期的相对定量表达分析第92-94页
   ·CmGI、CmCOL、CmFTL mRNA 相对定量表达比较分析第94-95页
4 讨论第95-102页
   ·菊花花芽分化期转录组信息第95-96页
     ·EST 法筛选菊花花芽分化期 unigenes第95页
     ·菊花花芽分化期 Unigenes 的 GO 功能分类第95页
     ·菊花花芽分化期 Unigene 的 KEGG 代谢途径注释第95-96页
     ·转录组序列信息的应用第96页
   ·菊花花芽分化期数字表达谱信息第96-100页
     ·涉及植物节律钟通路的 tags 分析第96-97页
     ·六个文库主要富集 Pathway 分析第97-98页
     ·花芽未分化期差异表达基因功能显著性富集分析第98页
     ·花芽分化启动期差异表达基因功能显著性富集分析第98页
     ·总苞鳞片分化中期差异表达基因功能显著性富集分析第98-99页
     ·小花原基分化中期差异表达基因功能显著性富集分析第99页
     ·花冠分化末期即花芽分化完成期差异表达基因功能显著性富集分析第99页
     ·数字基因表达谱信息的应用第99-100页
   ·菊花 CmGI、CmCOL、CmFTL 基因对光周期响应的关联性第100-102页
5 结论第102-105页
   ·菊花花芽分化期转录组 unigenes GO 功能分类第102页
   ·菊花花芽分化期转录组 unigenes 涉及的代谢途径第102页
   ·菊花花芽分化期涉及植物节律途径的数字基因表达谱第102页
   ·菊花花芽分化期差异表达基因显著富集的代谢途径第102页
   ·菊花花芽分化期不同阶段差异表达基因富集参与的生物功能第102-103页
   ·菊花节律钟输出基因 CmGI 序列信息及表达特征第103-104页
   ·菊花开花相关基因 CmCOL 序列信息及表达特征第104页
   ·菊花 CmFTL 基因的表达特征第104页
   ·菊花 CmGI、CmCOL、CmFTL 基因的关联性表达特征第104页
 本论文的创新点第104-105页
6 参考文献第105-119页
7 附录第119-122页
8 致谢第122-123页
9 攻读学位期间发表论文情况第123页

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