| 符号说明 | 第1-12页 |
| 中文摘要 | 第12-15页 |
| Abstract | 第15-19页 |
| 1 前言 | 第19-26页 |
| ·植物花芽分化研究的现状和发展趋势 | 第19-24页 |
| ·植物调控花芽分化的途径 | 第20页 |
| ·光周期途径中涉及的光受体基因 | 第20-21页 |
| ·光周期途径中涉及的生物节律钟基因 | 第21-22页 |
| ·光周期途径中涉及的节律钟下游基因 | 第22-23页 |
| ·菊花与光周期途径相关基因的研究 | 第23-24页 |
| ·光周期对菊花开花的影响 | 第23-24页 |
| ·菊花花芽分化研究进展 | 第24页 |
| ·研究的目的意义 | 第24-26页 |
| 2 材料与方法 | 第26-48页 |
| ·植物材料和处理 | 第26-28页 |
| ·植物材料和试验处理 | 第26-27页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第27页 |
| ·数据分析用软件 | 第27-28页 |
| ·采取的研究方案及技术路线 | 第28页 |
| ·研究方案 | 第28页 |
| ·技术路线 | 第28页 |
| ·菊花花芽分化期转录组 cDNA 文库的构建及测序分析 | 第28-31页 |
| ·菊花总 RNA 的提取 | 第28-30页 |
| ·试验用品前期处理 | 第28-30页 |
| ·提取菊花花芽分化阶段总 RNA | 第30页 |
| ·转录组 cDNA 固相文库的构建和测序 | 第30-31页 |
| ·转录组 Unigenes 信息分析 | 第31页 |
| ·菊花花芽分化期数字基因表达谱测序及信息分析 | 第31-36页 |
| ·数字基因表达谱文库的构建和测序 | 第31-34页 |
| ·数字基因表达谱文库测序信息分析 | 第34-36页 |
| ·基因表达注释 | 第34-35页 |
| ·差异基因表达模式聚类分析 | 第35页 |
| ·差异基因表达 Gene Ontology 功能显著性富集分析 | 第35-36页 |
| ·差异基因表达 Pathway 显著性富集分析 | 第36页 |
| ·菊花光周期途径关键基因的克隆 | 第36-48页 |
| ·应用 RT-PCR、RACE 技术克隆关键基因 cDNA 全长序列 | 第36-45页 |
| ·cDNA 第一链反转录步骤 | 第36-37页 |
| ·关键基因 CmGI、CmCOL 引物的设计 | 第37-39页 |
| ·引物验证试验设计 | 第39页 |
| ·关键基因片段验证 | 第39-40页 |
| ·3’RACE | 第40-41页 |
| ·5’RACE | 第41-42页 |
| ·测序步骤 | 第42-45页 |
| ·关键基因的 cDNA 全长序列分析 | 第45-46页 |
| ·关键基因的实时荧光定量分析 | 第46-48页 |
| ·荧光定量引物设计 | 第46页 |
| ·荧光定量 PCR 体系和数据处理 | 第46-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-95页 |
| ·菊花花芽分化期转录组 unigenes 分析 | 第48-57页 |
| ·菊花花芽分化期 unigenes 的获取 | 第48-49页 |
| ·菊花花芽分化期 unigenes 的 GO 功能分类注释 | 第49-50页 |
| ·菊花花芽分化期 unigenes 参与的分子功能 | 第49页 |
| ·菊花花芽分化期 unigenes 涉及的细胞组分 | 第49页 |
| ·菊花花芽分化期 unigenes 参与的生物过程 | 第49-50页 |
| ·菊花花芽分化期 unigenes 涉及的代谢通路分析 | 第50-52页 |
| ·菊花花芽分化期涉及植物节律代谢途径的 unigenes 分析 | 第52-54页 |
| ·菊花花芽分化期 unigenes 的编码蛋白（CDS）分析 | 第54-55页 |
| ·菊花花芽分化期 unigene 的 COG 注释功能 | 第55-57页 |
| ·菊花花芽分化期的数字基因表达谱分析 | 第57-72页 |
| ·数字基因表达谱数据评价分析 | 第57-61页 |
| ·六个文库部分差异表达基因等级聚类分析 | 第61页 |
| ·六个文库差异表达基因统计分析 | 第61-62页 |
| ·六个文库涉及植物节律通路的部分 tags 分析 | 第62-63页 |
| ·六个文库差异表达基因 Pathway 显著性富集分析 | 第63-65页 |
| ·六个文库差异表达基因 Gene Ontology 功能显著性富集分析 | 第65-72页 |
| ·1-RNAvs2-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第65-67页 |
| ·2-RNAvs3-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第67页 |
| ·3-RNAvs4-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第67页 |
| ·4-RNAvs5-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第67-71页 |
| ·5-RNAvs6-RNA 文库差异表达基因功能显著性富集分析 | 第71-72页 |
| ·菊花节律钟输出基因 CmGI（GIGANTEA）的克隆及序列信息和定量表达分析 | 第72-82页 |
| ·CmGI 基因 cDNA 全长克隆 | 第72-74页 |
| ·CmGI 蛋白质序列分析 | 第74-76页 |
| ·CmGI 蛋白质基本性质分析 | 第76-77页 |
| ·CmGI 蛋白质二级结构分析 | 第77页 |
| ·CmGI 蛋白质三级结构分析 | 第77-78页 |
| ·CmGI 的 mRNA 相对定量表达分析 | 第78-82页 |
| ·引物设计和扩增特异性的分析 | 第78-79页 |
| ·菊花 CmGI mRNA 的昼夜相对定量表达分析 | 第79-80页 |
| ·菊花 CmGI mRNA 在花芽不同分化阶段中的相对定量表达分析 | 第80-81页 |
| ·菊花 CmGI mRNA 在组培苗、花蕾期及盛花期的相对定量表达分析 | 第81-82页 |
| ·菊花开花相关基因 CmCOL（CONSTANS-Like）的克隆及序列信息分析 | 第82-88页 |
| ·CmCOL 基因 cDNA 全长克隆 | 第82-83页 |
| ·CmCOL 序列信息分析 | 第83-88页 |
| ·CmCOL 蛋白质基本性质分析 | 第88页 |
| ·CmCOL 蛋白质的二级结构 | 第88页 |
| ·CmCOL 蛋白质的三级结构 | 第88页 |
| ·CmCOL、CmFTL mRNA 相对定量表达分析 | 第88-94页 |
| ·引物设计和扩增特异性的分析 | 第88-90页 |
| ·CmCOL mRNA 昼夜相对定量表达分析 | 第90-92页 |
| ·CmCOL mRNA 在花芽分化不同阶段的相对定量表达分析 | 第92页 |
| ·CmCOL mRNA 在组培苗、花蕾期、盛花期的相对定量表达分析 | 第92页 |
| ·CmFTL mRNA 昼夜相对定量表达分析 | 第92页 |
| ·CmFTL mRNA 在花芽分化不同阶段的相对定量表达分析 | 第92页 |
| ·CmFTL mRNA 在组培苗、花蕾期、盛花期的相对定量表达分析 | 第92-94页 |
| ·CmGI、CmCOL、CmFTL mRNA 相对定量表达比较分析 | 第94-95页 |
| 4 讨论 | 第95-102页 |
| ·菊花花芽分化期转录组信息 | 第95-96页 |
| ·EST 法筛选菊花花芽分化期 unigenes | 第95页 |
| ·菊花花芽分化期 Unigenes 的 GO 功能分类 | 第95页 |
| ·菊花花芽分化期 Unigene 的 KEGG 代谢途径注释 | 第95-96页 |
| ·转录组序列信息的应用 | 第96页 |
| ·菊花花芽分化期数字表达谱信息 | 第96-100页 |
| ·涉及植物节律钟通路的 tags 分析 | 第96-97页 |
| ·六个文库主要富集 Pathway 分析 | 第97-98页 |
| ·花芽未分化期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第98页 |
| ·花芽分化启动期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第98页 |
| ·总苞鳞片分化中期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第98-99页 |
| ·小花原基分化中期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第99页 |
| ·花冠分化末期即花芽分化完成期差异表达基因功能显著性富集分析 | 第99页 |
| ·数字基因表达谱信息的应用 | 第99-100页 |
| ·菊花 CmGI、CmCOL、CmFTL 基因对光周期响应的关联性 | 第100-102页 |
| 5 结论 | 第102-105页 |
| ·菊花花芽分化期转录组 unigenes GO 功能分类 | 第102页 |
| ·菊花花芽分化期转录组 unigenes 涉及的代谢途径 | 第102页 |
| ·菊花花芽分化期涉及植物节律途径的数字基因表达谱 | 第102页 |
| ·菊花花芽分化期差异表达基因显著富集的代谢途径 | 第102页 |
| ·菊花花芽分化期不同阶段差异表达基因富集参与的生物功能 | 第102-103页 |
| ·菊花节律钟输出基因 CmGI 序列信息及表达特征 | 第103-104页 |
| ·菊花开花相关基因 CmCOL 序列信息及表达特征 | 第104页 |
| ·菊花 CmFTL 基因的表达特征 | 第104页 |
| ·菊花 CmGI、CmCOL、CmFTL 基因的关联性表达特征 | 第104页 |
| 本论文的创新点 | 第104-105页 |
| 6 参考文献 | 第105-119页 |
| 7 附录 | 第119-122页 |
| 8 致谢 | 第122-123页 |
| 9 攻读学位期间发表论文情况 | 第123页 |
