| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-13页 |
| 第一章 蛋白质相互作用预测及功能相似蛋白质挖掘研究进展 | 第13-20页 |
| ·蛋白质相互作用简介 | 第13-15页 |
| ·蛋白质相互作用网络的构成 | 第13-14页 |
| ·蛋白质相互作用网络的研究意义 | 第14页 |
| ·蛋白质相互作用网络的获取方法 | 第14-15页 |
| ·蛋白质相互作用网络的数据库资源介绍 | 第15页 |
| ·功能相似蛋白质简介 | 第15-17页 |
| ·功能相似蛋白质的分类 | 第15-16页 |
| ·蛋白质序列、结构和功能之间的关系 | 第16页 |
| ·蛋白质趋同进化的研究 | 第16-17页 |
| ·同源方法在功能相似蛋白质挖掘领域的应用 | 第17页 |
| ·相关工具和服务 | 第17-20页 |
| ·蛋白质相互作用网络分析工具 | 第17-18页 |
| ·蛋白质相互作用预测工具和平台 | 第18-20页 |
| 第二章 基于蛋白质相互作用网络挖掘物种内的功能相似蛋白质 | 第20-34页 |
| ·材料 | 第20-21页 |
| ·蛋白质相互作用网络数据 | 第20页 |
| ·蛋白质序列数据 | 第20-21页 |
| ·方法 | 第21-25页 |
| ·图论及其在生物学领域的应用 | 第21页 |
| ·使用图表示蛋白质相互作用网络 | 第21页 |
| ·蛋白质相互作用网络的拆分 | 第21-22页 |
| ·蛋白质相互作用网络子图的比对 | 第22-23页 |
| ·蛋白质相互作用网络子图的比对过程中使用的序列比对算法 | 第23页 |
| ·蛋白质相互作用网络子图比对得分的计算 | 第23-24页 |
| ·实验参数的优化 | 第24-25页 |
| ·结果 | 第25-28页 |
| ·结果检验 | 第25-28页 |
| ·本计算方法与 BLAST 局部序列比对方法的比较分析 | 第28页 |
| ·功能相似性蛋白质分类 | 第28-32页 |
| ·功能相似但序列相似性低的蛋白质 | 第28-29页 |
| ·功能相似而且具有相似序列区域的蛋白质 | 第29-30页 |
| ·趋同进化和同源的区分 | 第30-32页 |
| ·蛋白质相互作用网络比对在物种间功能相似蛋白质挖掘中的应用 | 第32页 |
| ·讨论 | 第32-34页 |
| 第三章 蛋白质相互作用网络的预测 | 第34-41页 |
| ·材料 | 第34-35页 |
| ·蛋白质相互作用数据的获得 | 第34-35页 |
| ·方法 | 第35-36页 |
| ·蛋白质相互作用特征序列矩阵的训练 | 第35-36页 |
| ·蛋白质相互作用预测软件的编写 | 第36页 |
| ·结果 | 第36-38页 |
| ·评估数据来源 | 第36页 |
| ·结果分析 | 第36-37页 |
| ·结果展示 | 第37-38页 |
| ·改进的蛋白质相互作用预测算法 | 第38-39页 |
| ·Smith-Waterman 算法简介 | 第38页 |
| ·对 Smith-Waterman 算法做的修改 | 第38-39页 |
| ·时间复杂度分析 | 第39页 |
| ·结果分析 | 第39页 |
| ·讨论 | 第39-41页 |
| 第四章 WEB 在线平台的建立 | 第41-55页 |
| ·实验 | 第41页 |
| ·开发平台 | 第41页 |
| ·使用的开源框架和程序包 | 第41页 |
| ·所需工具和软件 | 第41页 |
| ·主要模块 | 第41-44页 |
| ·功能概述 | 第42页 |
| ·基于模体-域相互作用模型的蛋白质相互作用预测 | 第42-43页 |
| ·基于同源蛋白质聚类的方法 | 第43-44页 |
| ·基于黄金数据集的验证 | 第44页 |
| ·在线应用介绍 | 第44-51页 |
| ·在线队列系统 | 第45-49页 |
| ·提交计算任务的标识和保密 | 第49-50页 |
| ·基于 JavaScript 异步传输的运行进度页面 | 第50-51页 |
| ·功能测试 | 第51-54页 |
| ·测试数据来源 | 第51-52页 |
| ·分析流程 | 第52-53页 |
| ·结果分析 | 第53-54页 |
| ·讨论 | 第54-55页 |
| 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 作者简介 | 第63页 |
