| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 目录 | 第10-14页 |
| 表格 | 第14-16页 |
| 插图 | 第16-18页 |
| 主要符号对照表 | 第18-19页 |
| 第一章 绪论 | 第19-27页 |
| ·基因测序技术 | 第19-22页 |
| ·Sanger测序法 | 第19-20页 |
| ·新一代基因测序技术 | 第20-22页 |
| ·癌症基因测序 | 第22-24页 |
| ·原理 | 第22-23页 |
| ·目的 | 第23页 |
| ·困难与挑战 | 第23-24页 |
| ·本文研究内容 | 第24-25页 |
| ·基因型推断 | 第24页 |
| ·寻找SNV | 第24-25页 |
| ·寻找驱动基因 | 第25页 |
| ·探寻基因间交互作用 | 第25页 |
| ·本文组织结构 | 第25-27页 |
| 第二章 基因型推断 | 第27-49页 |
| ·测序数据 | 第27-29页 |
| ·似然模型 | 第29-34页 |
| ·基于单个位点的似然函数 | 第30-33页 |
| ·基于单个样本的似然函数 | 第33-34页 |
| ·EM算法 | 第34-41页 |
| ·基于单个位点似然函数的EM算法 | 第34-37页 |
| ·基于单个样本似然函数的EM算法 | 第37-40页 |
| ·循环迭代求解 | 第40-41页 |
| ·模拟结果 | 第41-49页 |
| ·参数估计 | 第41-44页 |
| ·与其他方法的比较 | 第44-49页 |
| 第三章 寻找SNV | 第49-71页 |
| ·似然比检验 | 第49-50页 |
| ·检验统计量 | 第49-50页 |
| ·原假设下的统计量分布 | 第50页 |
| ·模拟数据结果 | 第50-62页 |
| ·Ⅰ型错误 | 第51-54页 |
| ·功效比较 | 第54-59页 |
| ·迭代收敛 | 第59-62页 |
| ·真实数据结果 | 第62-66页 |
| ·ρ的估计结果 | 第62-64页 |
| ·α,f及基因型的估计结果 | 第64-66页 |
| ·SNV检验的结果 | 第66页 |
| ·LOH的估计 | 第66-71页 |
| ·似然模型 | 第66-67页 |
| ·EM算法 | 第67-68页 |
| ·参数检验 | 第68-69页 |
| ·模拟结果 | 第69-71页 |
| 第四章 寻找驱动基因 | 第71-97页 |
| ·突变类型 | 第72-73页 |
| ·数据结构 | 第73-74页 |
| ·基于泊松分布的似然模型 | 第74-77页 |
| ·背景变异率和基因变异率 | 第74-75页 |
| ·模型假定 | 第75页 |
| ·似然函数 | 第75-77页 |
| ·参数估计 | 第77-79页 |
| ·背景变异率的估计 | 第77-79页 |
| ·基因变异率的估计 | 第79页 |
| ·参数检验 | 第79-84页 |
| ·单参数检验 | 第79-81页 |
| ·多参数检验 | 第81-82页 |
| ·混合卡方分布的偏移系数 | 第82-84页 |
| ·其他方法 | 第84-85页 |
| ·基于伯努利分布的方法 | 第84页 |
| ·PathScan软件 | 第84-85页 |
| ·模拟数据结果 | 第85-93页 |
| ·单参数的情形 | 第85-88页 |
| ·多参数的情形 | 第88-90页 |
| ·与其他方法的比较 | 第90-93页 |
| ·实际数据分析 | 第93-97页 |
| ·Ding(2008)的数据 | 第93-95页 |
| ·LUAD和LUSC数据 | 第95-97页 |
| 第五章 探寻交互作用 | 第97-103页 |
| ·置换检验方法 | 第97-98页 |
| ·蒙特卡洛模拟方法 | 第98-101页 |
| ·真实数据应用 | 第101-103页 |
| 第六章 结论 | 第103-107页 |
| ·本文主要成果 | 第103-104页 |
| ·有关体细胞突变的研究 | 第103页 |
| ·有关驱动基因的研究 | 第103-104页 |
| ·有关交互作用的研究 | 第104页 |
| ·本文方法的改进与未来研究方向 | 第104-107页 |
| 参考文献 | 第107-111页 |
| 附录A相关证明 | 第111-117页 |
| A.1 式(2.1 2)的证明 | 第111-112页 |
| A.2 式(2 .17),(2 .18),(2 .19)的证明 | 第112页 |
| A.3 表3 .11的证明 | 第112-113页 |
| A.4 式(3.5)的证明 | 第113-114页 |
| A.5 背景变异率的贝塔先验分布 | 第114-115页 |
| A.6 式(4.16 )的证明 | 第115-117页 |
| 附录B相关表格 | 第117-121页 |
| B.1 Ding(2008)数据的详细结果 | 第117-119页 |
| B.2 LUAD和LUSC数据的详细结果 | 第119-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第123-124页 |