| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 英文缩写词 | 第10-11页 |
| 前言 | 第11-21页 |
| 1 利用生物质谱进行蛋白质鉴定的基本原理 | 第11-12页 |
| 2 非限制性PTM 鉴定 | 第12-13页 |
| 3 肽序列鉴定、PTM 鉴定和蛋白质装配的质量控制 | 第13-15页 |
| ·肽序列鉴定的质量控制 | 第13页 |
| ·非限制性PTM 鉴定的质量控制 | 第13-14页 |
| ·蛋白质装配的质量控制 | 第14-15页 |
| 4 主要研究工作及创新点 | 第15-16页 |
| References | 第16-21页 |
| 第一章 一种可提高鸟枪法蛋白质组学中肽段鉴定灵敏度和准确性的质控工具 | 第21-37页 |
| 1 概述 | 第21-22页 |
| 2 材料和方法 | 第22-25页 |
| ·数据集 | 第22-23页 |
| ·数据库构建 | 第23页 |
| ·数据库搜索 | 第23页 |
| ·质量控制方法 | 第23-25页 |
| ·FDR 计算法 | 第25页 |
| 3 结果 | 第25-31页 |
| ·PepDistiller 提高了半酶切搜库结果灵敏度 | 第25-27页 |
| ·Refined FDR 可进一步提高肽段鉴定灵敏度 | 第27-28页 |
| ·Refined FDR 比PIT-fixed FDR 估值更准确 | 第28-30页 |
| ·PepDistiller 使用优点 | 第30-31页 |
| 4 讨论 | 第31-32页 |
| References | 第32-37页 |
| 第二章 非限制性翻译后修饰鉴定的“三维”质量控制 | 第37-55页 |
| 1 概述 | 第37-40页 |
| ·PTM 鉴定难点 | 第37-38页 |
| ·非限制PTM 鉴定质量控制 | 第38-39页 |
| ·工作概述 | 第39-40页 |
| 2 材料和方法 | 第40-44页 |
| ·数据集 | 第40-41页 |
| ·修饰“三维”质控 | 第41-44页 |
| ·修饰肽段质控 | 第41-42页 |
| ·修饰类型质控 | 第42-44页 |
| ·修饰位点质控 | 第44页 |
| 3 结果 | 第44-49页 |
| ·InsPect 与PTMFinder 评估 | 第44-47页 |
| ·“三维”质控评估 | 第47-49页 |
| ·pScore 与ModelScore 比较 | 第47页 |
| ·△M正确鉴定概率评估 | 第47-49页 |
| ·修饰位点质控评估 | 第49页 |
| 4 讨论 | 第49-50页 |
| References | 第50-55页 |
| 第三章 利用图谱对和半小数规则进行修饰类型筛选 | 第55-69页 |
| 1 概述 | 第55-58页 |
| ·非限制PTM 鉴定算法 | 第55-57页 |
| ·工作概述 | 第57-58页 |
| 2 材料和方法 | 第58-61页 |
| ·数据集 | 第58页 |
| ·修饰图谱预过滤 | 第58-59页 |
| ·高丰度△M筛选 | 第59-61页 |
| 3 结果 | 第61-65页 |
| ·利用半小数分布过滤修饰谱 | 第61-63页 |
| ·高丰度修饰类型发现及验证 | 第63-65页 |
| 4 讨论 | 第65-66页 |
| References | 第66-69页 |
| 第四章 鸟枪法蛋白质组学中蛋白质装配方法及其影响因素评估 | 第69-85页 |
| 1 概述 | 第69-70页 |
| 2 数据集 | 第70-72页 |
| ·实验数据集 | 第70-71页 |
| ·模拟数据集 | 第71-72页 |
| 3 结果与讨论 | 第72-81页 |
| ·ProRazor 算法 | 第72页 |
| ·五种基于简约原则的蛋白质装配工具比较 | 第72-75页 |
| ·简约分析 | 第72-74页 |
| ·鉴定蛋白质准确性比较 | 第74-75页 |
| ·三种不同装配蛋白质方法比较 | 第75页 |
| ·简约法影响因素评估 | 第75-81页 |
| ·数据集大小影响 | 第76-78页 |
| ·数据库大小影响 | 第78-79页 |
| ·其他影响因素 | 第79-81页 |
| References | 第81-85页 |
| 全文总结 | 第85-87页 |
| 附录 | 第87-107页 |
| 附录1：人晶状体蛋白质组常见修饰质量及位点列表 | 第89-95页 |
| 附录2：PepDistiller 主程序源码及使用说明 | 第95-101页 |
| 主程序源码 | 第95-98页 |
| 使用说明 | 第98-101页 |
| 附录3：ProRazor 程序源码 | 第101-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
| 在读期间发表论文全文 | 第108-116页 |
| 个人简历 | 第116页 |
