| 中文摘要 | 第1-10页 |
| 英文摘要 | 第10-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-42页 |
| 1 中国牛亚科家畜遗传资源概况 | 第15-20页 |
| ·黄牛 | 第16-17页 |
| ·牦牛 | 第17-18页 |
| ·亚洲水牛 | 第18-19页 |
| ·大额牛 | 第19-20页 |
| 2 中国牛亚科家畜的起源与分化 | 第20-36页 |
| ·黄牛 | 第20-24页 |
| ·牦牛 | 第24-28页 |
| ·亚洲水牛 | 第28-32页 |
| ·大额牛 | 第32-34页 |
| ·牛亚科动物分子系统发育研究概况 | 第34-36页 |
| 3 分子进化与分子钟研究现状 | 第36-40页 |
| ·分子进化的中性学说 | 第36-38页 |
| ·分子钟假说 | 第38-40页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第40-42页 |
| 第二章 牛亚科家畜结构基因编码区的单核苷酸多态性分析 | 第42-67页 |
| 0 引言 | 第42-44页 |
| 1 材料与方法 | 第44-47页 |
| ·试验材料及基因组总 DNA 的提取 | 第44-45页 |
| ·PCR 引物设计、扩增及扩增产物的检测与测序 | 第45-47页 |
| ·数据的处理与分析 | 第47页 |
| 2 结果与分析 | 第47-63页 |
| ·PCR 扩增及测序结果 | 第47-49页 |
| ·SNP 位点筛查结果 | 第49-56页 |
| ·GH 基因 SNP 位点分析 | 第49-51页 |
| ·MSTN 基因 SNP 位点分析 | 第51-53页 |
| ·Cyt b 基因 SNP 位点分析 | 第53-56页 |
| ·单倍型与核苷酸多样度 | 第56-63页 |
| ·GH 基因单倍型与核苷酸多样度分析 | 第56-57页 |
| ·MSTN 基因单倍型与核苷酸多样度分析 | 第57-58页 |
| ·Cyt b 基因单倍型与核苷酸多样度分析 | 第58-63页 |
| 3 讨论 | 第63-67页 |
| ·SNP 位点检测方法的比较与选择 | 第63-64页 |
| ·3 个结构基因编码区 SNP 位点的基本特征 | 第64-65页 |
| ·牛亚科家畜结构基因的遗传多样性 | 第65-66页 |
| ·线粒体假基因的检查与避免 | 第66-67页 |
| 第三章 牛亚科家畜3 个结构基因的分子进化特征研究 | 第67-103页 |
| 0 引言 | 第67-68页 |
| 1 材料与方法 | 第68-69页 |
| ·试验材料与资料收集 | 第68-69页 |
| ·统计分析 | 第69页 |
| 2 结果与分析 | 第69-94页 |
| ·碱基组成分析 | 第69-74页 |
| ·GH 基因编码区序列的碱基组成 | 第69-70页 |
| ·MSTN 基因编码区序列的碱基组成 | 第70页 |
| ·Cyt b 基因编码区序列的碱基组成 | 第70-74页 |
| ·密码子使用特点 | 第74-80页 |
| ·GH 基因编码区序列的密码子使用 | 第74-76页 |
| ·MSTN 基因编码区序列的密码子使用 | 第76-78页 |
| ·Cyt b 基因编码区序列的密码子使用 | 第78-80页 |
| ·核苷酸替代 | 第80-82页 |
| ·GH 基因编码区的核苷酸替代 | 第80页 |
| ·MSTN 基因编码区的核苷酸替代 | 第80-81页 |
| ·Cyt b 基因编码区的核苷酸替代 | 第81-82页 |
| ·基于结构基因编码区单倍型序列的分子进化树 | 第82-89页 |
| ·基于 GH 基因编码区单倍型序列的分子进化树 | 第83-85页 |
| ·基于 MSTN 基因编码区单倍型序列的分子进化树 | 第85-87页 |
| ·基于 Cyt b 基因编码区单倍型序列的分子进化树 | 第87-89页 |
| ·牛亚科动物基于 Cyt b 基因序列的分子系统发生关系 | 第89-91页 |
| ·雷琼牛起源的遗传学分析 | 第91-94页 |
| 3 讨论 | 第94-103页 |
| ·结构基因编码区序列的变异特点 | 第94-95页 |
| ·密码子用法偏倚 | 第95-96页 |
| ·核苷酸替代模式 | 第96-98页 |
| ·基于2个核基因编码区序列的分子进化关系 | 第98-99页 |
| ·Cyt b 基因序列揭示的牛亚科动物分子系统发生关系 | 第99-101页 |
| ·雷琼牛母系起源的遗传学证据 | 第101-103页 |
| 第四章 牛亚科家畜基于 Cyt b 基因编码区的分子钟学说检验 | 第103-118页 |
| 0 引言 | 第103-104页 |
| 1 材料与方法 | 第104-105页 |
| ·数据来源 | 第104-105页 |
| ·分子钟的检验方法 | 第105页 |
| 2 结果与分析 | 第105-114页 |
| ·核苷酸序列相对速率检验结果 | 第105-110页 |
| ·氨基酸序列相对速率检验结果 | 第110-114页 |
| 3 讨论 | 第114-118页 |
| ·分子钟检验的方法与选择 | 第114-116页 |
| ·牛亚科动物基于Cyt b 基因核苷酸序列与氨基酸序列的分子钟检验比较 | 第116-118页 |
| 全文结论 | 第118-120页 |
| 参考文献 | 第120-133页 |
| 致谢 | 第133-134页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第134-136页 |
