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岩豆凝集素的化学修饰与光谱分析;风雨花甘露糖结合凝集素基因的生物信息学分析及其在大肠杆菌中的表达与纯化

第一部分 岩豆凝集素的化学修饰与光谱分析第1-34页
 一、摘要第11-12页
 二、Abstract第12-14页
 三、论文内容第14-34页
  1 引言第14-17页
  2 材料、试剂和方法第17-21页
   ·材料第17-18页
   ·实验方法第18-21页
     ·蛋白质浓度的测定第18页
     ·MDL分子中色氨酸残基的修饰及被修饰Trp残基数的测定第18页
     ·糖链的氧化第18-19页
     ·组氨酸残基的修饰第19页
     ·羧基组氨基酸残基的修饰第19页
     ·精氨酸残基的修饰第19页
     ·凝血活性的测定第19-20页
     ·内源荧光光谱测定第20页
     ·圆二色谱的测定第20页
     ·荧光淬灭研究第20-21页
       ·KI对MDL荧光的淬灭作用第20页
       ·丙烯酰胺对MDL荧光的淬灭作用第20-21页
       ·碘乙酸对MDL荧光的淬灭作用第21页
  3 结果与讨论第21-29页
   ·岩豆凝集素的化学修饰对凝血活性的影响第21-23页
   ·岩豆凝集素的化学修饰对荧光光谱的影响第23-25页
   ·岩豆凝集素的化学修饰对圆二色谱的影响第25-26页
   ·MDL的荧光淬灭第26-29页
     ·KI的淬灭作用第26页
     ·丙烯酰胺的淬灭作用第26-28页
     ·碘乙酸的荧光淬灭作用第28-29页
  4 结论第29-30页
  5 参考文献第30-34页
第二部分 风雨花甘露糖结合凝集素基因的生物信息学分析第34-70页
 一、摘要第34-36页
 二、Abstract第36-38页
 三、论文内容第38-70页
  1 前言第38-40页
  2 材料第40页
  3 方法第40-41页
  4 结果与分析第41-64页
   ·ZGA基因全长核苷酸序列及其分析第41-42页
   ·ZGA推测的氨基酸序列及其分析第42-52页
     ·ZGA推导出的氨基酸序列第42-43页
     ·风雨花凝集素(ZGA)推测的氨基酸序列的同源性分析第43-44页
     ·ZGA推测的氨基酸序列的分析第44-46页
       ·ZGA前体蛋白的跨膜区预测第44页
       ·ZGA前体蛋白的信号肽分析第44-46页
     ·ZGA成熟蛋白序列分析第46-50页
       ·ZGA成熟蛋白序列的确定第46-47页
       ·ZGA成熟蛋白序列的物理特定参数分析第47-48页
       ·ZGA成熟蛋白的修饰位点的预测分析第48-49页
       ·ZGA成熟蛋白序列同源性第49-50页
     ·根据同源序列构建的进化树分析第50-52页
   ·ZGA成熟蛋白的二级结构预测第52-53页
   ·疏水簇分析第53-54页
   ·ZGA成熟蛋白的三维结构预测第54-56页
   ·ZGA成熟蛋白序列中结构域的预测分析第56-59页
   ·ZGA成熟蛋白的抗原决定簇分析第59-62页
   ·ZGA基因与大肠杆菌密码子使用频率的比较第62-64页
  5 讨论第64-65页
  6 小结第65-66页
  7 参考文献第66-70页
第三部分 风雨花甘露糖结合凝集素基因在大肠杆菌中的表达与纯化第70-137页
 一、摘要第70-72页
 二、Abstract第72-75页
 三、论文内容第75-137页
  1 引言第75-78页
  2.实验材料与试剂第78-82页
   ·材料、菌株及质粒载体第78-79页
   ·主要分子生物学试剂和试剂盒第79页
   ·主要试剂第79-81页
   ·主要仪器设备第81-82页
  3.实验方法第82-97页
   ·、风雨花地下球茎总RNA的提取第82-83页
   ·cDNA的合成第83页
   ·Z1、Z2和Z3三个目的基因片段的获得第83-84页
   ·Z1、Z2和Z3 PCR产物的亚克隆第84-86页
     ·Z1、Z2和Z3 PCR产物与pMD-18T Vector连接第84页
     ·连接产物转化克隆宿主菌(E.coli Top-10)第84-85页
     ·pMD-18T-Z1,pMD-18T-Z2和pMD-18T-Z3重组克隆质粒的鉴定第85-86页
       ·菌落PCR鉴定第85页
       ·重组质粒DNA的小量制备及重组质粒的双酶切鉴定第85-86页
         ·重组质粒DNA的小量制备第85-86页
         ·pMD-18T-Z1,pMD-18T-Z2和pMD-18T-Z3的双酶切鉴定第86页
     ·重组克隆质粒pMD-18T-Z1,pMD-18T-Z2和pMD-18T-Z3的测序第86页
   ·表达载体pET32c(+)的制备及双酶切第86-87页
     ·表达载体pET32c(+)的制备第86-87页
     ·表达载体pET32c(+)的双酶切第87页
   ·表达载体pET32c(+)和Z1、Z2、和Z3目的基因片段的连接第87页
   ·重组表达质粒pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3的转化克隆宿主菌第87页
   ·重组表达质粒pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3阳性克隆的鉴定第87-89页
   ·重组表达质粒pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3转化表达宿主菌(BL21/DE3)第89页
   ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3重组工程菌的诱导表达第89页
   ·菌种的保存第89页
   ·细胞光密度测定第89页
   ·蛋白质表达量的测定第89页
   ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3工程菌诱导表达条件的优化第89-93页
     ·培养基pH值对细菌生长及表达的影响第90页
     ·温度对细菌生长及蛋白质表达的影响第90页
     ·装液量对细菌生长及蛋白质表达的影响第90页
     ·IPTG对细菌生长及蛋白质表达的影响第90-91页
     ·接种量对细菌生长及蛋白质表达的影响第91页
     ·补充碳源形式对细菌生长及蛋白质表达的影响第91页
     ·诱导时机对细菌生长及蛋白质表达的影响第91页
     ·无机离子对细菌生长及蛋白质表达的影响第91-92页
       ·Ca~(2+)离子的影响第91-92页
       ·Mg~(2+)离子的影响第92页
       ·NH_4~+离子的影响第92页
       ·诱导时间对细菌生长及蛋白质表达的影响第92页
     ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3重组工程菌表达条件的优化第92-93页
     ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3工程菌扩大诱导表达(3L)第93页
   ·Z1、Z2和Z3重组目的蛋白的分离纯化第93-95页
     ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3工程菌的破菌第93页
     ·Z1、Z2和Z3重组目的蛋白包涵体的分离与溶解第93-94页
     ·Z1、Z2和Z3重组目的蛋白分离纯化第94-95页
       ·亲和层析第94页
       ·融合蛋白的酶切第94页
       ·阴离子交换层析第94页
       ·阳离子交换层析第94-95页
   ·纯化的Z1、Z2和Z3重组目的蛋白的纯度检测第95页
   ·纯化的Z1、Z2和Z3重组目的蛋白凝血活性及稳定性的测定第95-96页
   ·纯化的Z1、Z2和Z3重组目的蛋白的等电点检测第96页
   ·抗体的制备、纯化与检测第96-97页
     ·抗体的制备与纯化第96-97页
     ·纯化的Z1、Z2和Z3重组目的蛋白的免疫学检测第97页
  4.结果与分析第97-122页
   ·风雨花地下球茎总RNA的提取第97-98页
   ·Z1、Z2和Z3目的基因片断的获得第98页
   ·Z1、Z2和Z3 PCR产物与pMD18-T Vector的连接第98页
   ·pMD-18T-Z1,pMD-18T-Z2和pMD-18T-Z3阳性克隆的筛选第98-100页
     ·pMD-18T-Z1,pMD-18T-Z2和pMD-18T-Z3重组子的PCR鉴定第98-99页
     ·pMD-18T-Z1,pMD-18T-Z2和pMD-18T-Z3重组子的双酶切鉴定第99-100页
   ·pMD-18T-Z1,pMD-18T-Z2和pMD-18T-Z3重组子的测序第100页
   ·Z1、Z2和Z3目的基因片断与表达质粒pET32c(+)的连接转化第100-101页
   ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3阳性克隆的筛选第101页
     ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3重组子的PCR鉴定第101页
     ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3重组子的双酶切鉴定第101页
   ·重组质粒pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3转化表达宿主菌(BL21/DE3)第101-102页
   ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3工程菌的小量诱导表达第102-103页
   ·pET32c-Z1,pET32c-Z2和pET32c-Z3工程菌表达条件的优化第103-115页
     ·培养基pH值对细菌生长及表达的影响第103-104页
     ·温度对细菌生长及表达的影响第104-105页
     ·装液量对细菌生长及表达的影响第105-107页
     ·IPTG对细菌生长及表达的影响第107-108页
     ·接种量对细菌生长及表达的影响第108页
     ·补充碳源形式对细菌生长及表达的影响第108-110页
     ·诱导时机对细菌生长及表达的影响第110-111页
     ·无机离子对细菌生长及表达的影响第111-113页
       ·Ca~(2+)离子的影响第111-112页
       ·Mg~(2+)离子的影响第112-113页
       ·NH_4~+离子的影响第113页
     ·诱导时间对细菌生长及表达的影响第113-114页
     ·表达条件的优化结果第114-115页
   ·pET32c-Z1、pET32c-Z2和pET32c-Z3工程菌扩大诱导结果第115-116页
   ·pET32c-Z1、pET32c-Z2和pET32c-Z3宿主菌的破菌及包涵体的溶解第116-117页
   ·Z1、Z2和Z3重组目的蛋白的分离纯化第117-120页
     ·Z1重组目的蛋白的分离纯化第117-118页
     ·Z2重组目的蛋白的分离纯化第118页
     ·Z3重组目的蛋白的分离纯化第118-119页
     ·纯化的Z1、Z2和Z3重组目的蛋白纯度检测第119-120页
   ·纯化的Z1、Z2和Z3重组目的蛋白凝血活性检测第120-121页
   ·纯化的Z1和Z2重组目的蛋白稳定性测定第121页
     ·温度对纯化的Z1和Z2重组目的蛋白的影响第121页
     ·pH对纯化的Z1和Z2重组目的蛋白的影响第121页
   ·纯化的Z1、Z2和Z3重组目的蛋白等电点检测第121-122页
   ·纯化的Z1、Z2和Z3重组目的蛋白的Western Blot检测第122页
  5.讨论第122-129页
   ·蛋白质表达系统和表达载体的选择第122-123页
   ·表达条件的优化与选择第123-125页
   ·包涵体的纯化与复性第125-126页
   ·蛋白纯化方法的选择第126-128页
   ·纯化蛋白的活性及稳定性检测第128-129页
  6 小结第129-130页
  7 参考文献第130-137页
文献综述 包涵体的形成和体外复性第137-197页
 1 引言第137页
 2 原核细胞中蛋白质聚集-包涵体的形成第137-164页
   ·蛋白质倾向聚集的结构特征第138-140页
     ·二硫键第138-139页
     ·膜蛋白第139-140页
     ·糖基化第140页
   ·包涵体组成和结构以及包涵体形成的动力学第140-145页
     ·构造和结构第141-142页
     ·包涵体的组成第142-143页
     ·蛋白质体内聚集的动力学第143-145页
     ·包涵体的稳定性第145页
   ·包涵体形成的生理学第145-157页
     ·包涵体合成的新陈代谢负担第145-149页
     ·错误折叠蛋白的响应第149-156页
       ·压力反应第150-152页
       ·分子伴侣的作用第152-155页
       ·错误折叠蛋白的细胞周质反应第155页
       ·错误折叠蛋白在其他生物体中的响应第155-156页
     ·高质量包涵体的宿主特征第156-157页
   ·基于包涵体的相对可溶产物第157-164页
     ·培养条件促进聚集第157页
     ·包涵体是二硫键不能正确形成的结果第157-158页
     ·如何避免包涵体的形成和促使蛋白质的正确折叠第158-164页
       ·蛋白质的合成速率第159页
       ·融合蛋白第159-161页
       ·伴侣蛋白和折叠酶的共表达第161-162页
       ·培养条件的优化及折叠促进剂的添加第162-163页
       ·细胞内的氧化还原电势第163-164页
   ·其他原核细胞的包涵体第164页
 3 包涵体产物的体外复性第164-181页
   ·包涵体的制备第165-167页
     ·包涵体的分离第165-166页
     ·包涵体的纯化第166页
     ·包涵体的溶解第166-167页
   ·包涵体蛋白的复性第167-181页
     ·包涵体蛋白复性机制研究第168页
     ·包涵体蛋白的复性方法第168-175页
       ·、液相复性第169-170页
         ·稀释复性第169-170页
         ·透析复性第170页
         ·超滤复性第170页
       ·固相复性第170-174页
         ·凝胶过滤第171-172页
         ·吸附层析第172-174页
       ·高压复性第174-175页
       ·其他复性方法第175页
     ·二硫键形成方法第175-176页
     ·影响复性的因素第176-177页
       ·蛋白浓度第176-177页
       ·温度和pH第177页
       ·稀释倍数第177页
       ·离子强度第177页
     ·复性时的辅助因子第177-180页
     ·复性蛋白质的检测第180-181页
 4 参考文献第181-197页
研究生期间参加课题与发表论文情况第197-199页
致谢第199-200页
声明第200页

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