| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 文献综述 | 第14-49页 |
| 第一章 鼠疫和鼠疫耶尔森菌的研究进展 | 第14-49页 |
| ·鼠疫的研究进展 | 第14-24页 |
| ·鼠疫概述 | 第14页 |
| ·鼠疫流行的历史与现状 | 第14-18页 |
| ·鼠疫的流行病学和病理学症状 | 第18-20页 |
| ·鼠疫的临床表现、诊断和防治 | 第20-21页 |
| ·鼠疫疫苗的研制 | 第21-24页 |
| ·鼠疫菌的研究进展 | 第24-47页 |
| ·鼠疫菌病原学 | 第24-26页 |
| ·鼠疫菌致病机制 | 第26-33页 |
| ·鼠疫菌的分型 | 第33-43页 |
| ·鼠疫菌的基因组学研究 | 第43-47页 |
| ·本研究的内容、目的和意义 | 第47-49页 |
| 试验研究 | 第49-111页 |
| 第二章 鼠疫菌质粒抗性标记的构建 | 第49-61页 |
| ·材料 | 第49-51页 |
| ·菌株和质粒 | 第50页 |
| ·主要试剂及配制 | 第50-51页 |
| ·主要仪器 | 第51页 |
| ·方法 | 第51-54页 |
| ·引物的设计 | 第51-52页 |
| ·pKD46 质粒导入鼠疫菌201 菌株 | 第52页 |
| ·正向和正、反向筛选功能模块构建 | 第52页 |
| ·电转化具有重组酶活性的感受态细胞 | 第52页 |
| ·重组克隆的筛选鉴定 | 第52-53页 |
| ·重组菌株中pKD46 质粒的驱除 | 第53页 |
| ·鼠疫菌基因组DNA 的提取 | 第53-54页 |
| ·PCR 产物的纯化回收 | 第54页 |
| ·结果 | 第54-57页 |
| ·同源重组系统成功转化鼠疫菌201 菌株 | 第54页 |
| ·正向和正、反向筛选功能模块的获得 | 第54-55页 |
| ·质粒标记突变株的构建 | 第55-56页 |
| ·鼠疫菌中pKD46 质粒的无痕消除 | 第56-57页 |
| ·讨论 | 第57-61页 |
| ·电转化相关参数的优化 | 第57-58页 |
| ·Red 重组系统应用的条件优化 | 第58页 |
| ·同源臂对Red 重组系统应用的影响 | 第58-59页 |
| ·改造同源重组系统的运用 | 第59页 |
| ·基于Red 系统的突变技术在鼠疫菌中的适用性 | 第59-61页 |
| 第三章 鼠疫菌201 株质粒无痕缺失株的构建 | 第61-88页 |
| ·材料 | 第62-63页 |
| ·菌株和质粒 | 第62页 |
| ·主要试剂及配制 | 第62-63页 |
| ·主要仪器 | 第63页 |
| ·方法 | 第63-70页 |
| ·用吖啶类染料进行鼠疫菌质粒消除试验 | 第63-64页 |
| ·用SDS 对鼠疫菌进行质粒消除 | 第64页 |
| ·电穿孔法对鼠疫菌进行质粒消除的尝试 | 第64页 |
| ·改变培养温度条件对鼠疫菌质粒消除的尝试 | 第64-65页 |
| ·反向筛选法对鼠疫菌质粒消除的可行性研究 | 第65页 |
| ·基于质粒不相容性原理的质粒消除策略 | 第65页 |
| ·鼠疫菌201 株质粒模板的制备 | 第65页 |
| ·鼠疫菌201 株内源质粒复制相关区域（rep）的克隆 | 第65-67页 |
| ·PCR 产物的回收纯化 | 第67页 |
| ·PCR 产物和载体DNA 的双酶切处理 | 第67-68页 |
| ·酶切产物的纯化、回收 | 第68页 |
| ·酶切产物的连接及后续处理 | 第68页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第68-69页 |
| ·转化 | 第69页 |
| ·抗性克隆的PCR 鉴定 | 第69页 |
| ·重组质粒的提取 | 第69页 |
| ·重组质粒的测序鉴定 | 第69页 |
| ·不相容性重组质粒（pEX18-rep）电转化导入鼠疫菌 | 第69-70页 |
| ·鼠疫菌质粒缺失株的初步筛选 | 第70页 |
| ·鼠疫菌质粒缺失株的确证 | 第70页 |
| ·鼠疫菌中不相容性质粒pEX18-rep 的驱除 | 第70页 |
| ·结果 | 第70-83页 |
| ·吖啶类染料用于鼠疫菌质粒消除 | 第70-72页 |
| ·SDS 对鼠疫菌进行质粒消除 | 第72页 |
| ·电穿孔法对鼠疫菌质粒消除的情况 | 第72页 |
| ·改变培养温度对鼠疫菌质粒消除的尝试 | 第72页 |
| ·反向筛选法对鼠疫菌质粒消除的研究 | 第72页 |
| ·鼠疫菌201 株内源质粒复制相关区域的扩增 | 第72-74页 |
| ·鼠疫菌不相容性质粒的成功构建 | 第74-75页 |
| ·鼠疫菌质粒缺失株的初筛 | 第75-76页 |
| ·鼠疫菌质粒缺失株中不相容性质粒驱除后验证 | 第76-78页 |
| ·鼠疫菌质粒缺失可靠性验证 | 第78-82页 |
| ·鼠疫菌质粒消除情况 | 第82-83页 |
| ·讨论 | 第83-88页 |
| ·常规理化方法难以消除鼠疫菌内生质粒的原因初探 | 第83-84页 |
| ·鼠疫菌201 株内源质粒的类型分析 | 第84-85页 |
| ·质粒pMT1 复制子的特殊性 | 第85页 |
| ·不相容性质粒与目标质粒在鼠疫菌中共存现象的分析 | 第85-87页 |
| ·用不相容性消除质粒方法时的体会 | 第87-88页 |
| 第四章 质粒清除株201Δp 转录谱及质粒缺失株致病性差异的初探 | 第88-111页 |
| ·材料 | 第89-90页 |
| ·菌株和试验动物 | 第89页 |
| ·主要试剂及配制 | 第89-90页 |
| ·主要仪器 | 第90页 |
| ·方法 | 第90-97页 |
| ·鼠疫菌全基因组DNA 芯片的研制 | 第90-91页 |
| ·鼠疫菌全基因组DNA 芯片对质粒清空菌株的验证 | 第91-92页 |
| ·DNA 芯片转录谱分析的实验方案 | 第92-96页 |
| ·鼠疫菌质粒缺失株的动物试验 | 第96-97页 |
| ·结果 | 第97-105页 |
| ·鼠疫菌全基因组DNA 芯片对质粒清空菌株的检测结果 | 第97页 |
| ·鼠疫菌生长曲线的测定 | 第97-99页 |
| ·DNA 芯片转录谱结果分析 | 第99-104页 |
| ·鼠疫菌质粒缺失株动物试验结果 | 第104-105页 |
| ·讨论 | 第105-111页 |
| ·DNA 芯片转录谱分析实验的优化设计 | 第105-107页 |
| ·表达谱结果分析 | 第107-109页 |
| ·质粒因素引起致病性差异的探讨 | 第109-111页 |
| 结论 | 第111-112页 |
| 参考文献 | 第112-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 作者简介 | 第124页 |
