| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-45页 |
| ·副溶血弧菌的生物学特性 | 第19-22页 |
| ·命名与分类地位 | 第19-20页 |
| ·形态特征 | 第20页 |
| ·生长环境与培养特性 | 第20页 |
| ·生化特性 | 第20-21页 |
| ·鉴定方法 | 第21页 |
| ·食物中毒症状 | 第21-22页 |
| ·副溶血弧菌全基因组测序及注释信息 | 第22-23页 |
| ·副溶血弧菌的主要毒力因子 | 第23-30页 |
| ·耐热溶血毒素 | 第23-24页 |
| ·耐热相关溶血毒素 | 第24-25页 |
| ·不耐热溶血毒素 | 第25页 |
| ·尿素酶 | 第25-26页 |
| ·粘附相关因子 | 第26-27页 |
| ·毒力岛和Ⅲ型分泌系统 | 第27-28页 |
| ·毒性质粒及铁吸收系统 | 第28页 |
| ·胞外蛋白酶 | 第28-29页 |
| ·脂多糖 | 第29页 |
| ·磷脂酶 | 第29-30页 |
| ·流行病学特征 | 第30-31页 |
| ·副溶血弧菌检测方法 | 第31-38页 |
| ·国家标准方法 | 第31-32页 |
| ·免疫学方法 | 第32-33页 |
| ·核酸杂交 | 第33页 |
| ·PCR 方法 | 第33-35页 |
| ·环介导等温扩增技术 | 第35-36页 |
| ·基因芯片技术 | 第36-38页 |
| ·副溶血弧菌溯源技术研究现状 | 第38-43页 |
| ·随机扩增多态性分析 | 第39页 |
| ·限制性片断长度多态性分析 | 第39-40页 |
| ·肠杆菌科基因间重复序列为引物的PCR | 第40-41页 |
| ·核糖体分型 | 第41页 |
| ·脉冲场凝胶电泳 | 第41-42页 |
| ·多位点序列分析 | 第42页 |
| ·多位点可变重复序列分析 | 第42-43页 |
| ·本课题研究的目的与意义 | 第43-45页 |
| 第二章 副溶血弧菌多重 PCR 检测方法的建立与评价 | 第45-61页 |
| ·材料与方法 | 第46-52页 |
| ·菌株 | 第46-48页 |
| ·培养基 | 第48页 |
| ·主要仪器 | 第48-49页 |
| ·细菌基因组 DNA 的提取及纯度测定 | 第49页 |
| ·引物设计与合成 | 第49-51页 |
| ·特异性验证 | 第51页 |
| ·多重PCR 引物浓度比例优化 | 第51页 |
| ·镁离子浓度优化 | 第51页 |
| ·退火温度优化 | 第51页 |
| ·灵敏度测定 | 第51-52页 |
| ·食品样品检测 | 第52页 |
| ·结果 | 第52-57页 |
| ·多重PCR 反应体系的优化及建立 | 第52-53页 |
| ·镁离子浓度的确定 | 第53-54页 |
| ·退火温度的确定 | 第54-55页 |
| ·特异性评价 | 第55-56页 |
| ·副溶血弧菌基因组DNA 检测灵敏度 | 第56-57页 |
| ·食品样品的检测 | 第57页 |
| ·讨论 | 第57-61页 |
| 第三章 基于单碱基延伸标签反应的基因芯片检测方法的建立 | 第61-85页 |
| ·材料与方法 | 第63-72页 |
| ·菌株 | 第63页 |
| ·培养基及主要试剂的配制 | 第63-65页 |
| ·主要仪器 | 第65页 |
| ·基因组 DNA 的提取 | 第65页 |
| ·检测靶点的确定 | 第65-67页 |
| ·PCR 引物及单碱基延伸引物设计 | 第67-68页 |
| ·基因芯片的制备和探针设计 | 第68-69页 |
| ·多重PCR 体系优化 | 第69页 |
| ·多重PCR 产物纯化 | 第69-70页 |
| ·SBE-TAGS 和DNA 片段荧光标记 | 第70页 |
| ·芯片杂交和洗片 | 第70-71页 |
| ·芯片扫描和数据分析 | 第71页 |
| ·特异性实验 | 第71页 |
| ·灵敏度测定 | 第71页 |
| ·基因芯片在实际样品检测中的应用 | 第71-72页 |
| ·结果与分析 | 第72-81页 |
| ·多重PCR 反应优化结果 | 第72页 |
| ·多重PCR 特异性评价 | 第72-73页 |
| ·荧光标记反应退火温度的优化 | 第73-74页 |
| ·基因芯片特异性 | 第74-77页 |
| ·基因芯片检测灵敏度 | 第77-79页 |
| ·实际样品检测 | 第79-81页 |
| ·讨论 | 第81-85页 |
| 第四章 水产品中副溶血弧菌的分布特征及多样性分析 | 第85-111页 |
| ·实验材料及试剂配制 | 第86-87页 |
| ·材料 | 第86页 |
| ·培养基及主要试剂配制 | 第86-87页 |
| ·主要仪器 | 第87页 |
| ·实验方法 | 第87-92页 |
| ·传统国标方法 | 第87页 |
| ·PCR 检测方法 | 第87-88页 |
| ·生理生化反应 | 第88-89页 |
| ·API20E 试剂条鉴定 | 第89-90页 |
| ·神奈川实验 | 第90页 |
| ·16S 测序 | 第90页 |
| ·血清学实验 | 第90-91页 |
| ·分离菌株ERIC-PCR 分型 | 第91页 |
| ·数据分析 | 第91-92页 |
| ·结果 | 第92-107页 |
| ·选择性培养基培养结果 | 第92-94页 |
| ·PCR 检测 | 第94-95页 |
| ·生理生化鉴定 | 第95页 |
| ·API20E 试剂条检测 | 第95页 |
| ·神奈川现象 | 第95-96页 |
| ·分离鉴定 | 第96-97页 |
| ·16S 测序 | 第97-98页 |
| ·血清学鉴定 | 第98-102页 |
| ·ERIC-PCR 分型结果及分析 | 第102-107页 |
| ·讨论 | 第107-111页 |
| 第五章 副溶血弧菌基因分型及分离菌株相关性分析 | 第111-137页 |
| ·材料与方法 | 第113-117页 |
| ·菌株 | 第113页 |
| ·主要试剂及培养基的配制 | 第113页 |
| ·主要仪器设备 | 第113-114页 |
| ·血清型测定 | 第114页 |
| ·基因组DNA 提取及质量检测 | 第114页 |
| ·种特异性基因及毒力相关基因的PCR 检测 | 第114页 |
| ·ERIC-PCR | 第114-115页 |
| ·核糖体分型 | 第115-116页 |
| ·脉冲场凝胶电泳 | 第116-117页 |
| ·gyrB 基因克隆及序列测定 | 第117页 |
| ·数据分析 | 第117页 |
| ·基因序列登录号 | 第117页 |
| ·结果 | 第117-133页 |
| ·副溶血弧菌种特异性基因的鉴定及毒力相关基因的PCR 检测 | 第117-120页 |
| ·ERIC-PCR 分型结果分析 | 第120-125页 |
| ·核糖体分型结果分析 | 第125-128页 |
| ·脉冲场凝胶电泳结果分析 | 第128-130页 |
| ·gyrB 基因多态性分析 | 第130-132页 |
| ·任意两种方法的组合评价 | 第132-133页 |
| ·讨论 | 第133-137页 |
| 第六章 主要结论与创新性 | 第137-141页 |
| ·主要结论 | 第137-138页 |
| ·创新性 | 第138-139页 |
| ·展望 | 第139-141页 |
| 致谢 | 第141-142页 |
| 参考文献 | 第142-159页 |
| 攻读博士学位期间已录用或正整理的论文 | 第159-162页 |
| 附件 | 第162页 |
