| 摘要 | 第6-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-23页 |
| 1.1 控制双亲授粉的混合选择法 | 第13页 |
| 1.2 玉米开花的遗传机理解析 | 第13-15页 |
| 1.3 测序技术的发展应用 | 第15-17页 |
| 1.3.1 第一代测序技术 | 第15-16页 |
| 1.3.2 第二代测序技术 | 第16页 |
| 1.3.3 第三代测序技术 | 第16-17页 |
| 1.4 混合样本分析法 | 第17-18页 |
| 1.5 基因共表达网络构建 | 第18-19页 |
| 1.6 关联分析 | 第19页 |
| 1.7 选择信号分析 | 第19-21页 |
| 1.8 立题依据 | 第21-22页 |
| 1.9 技术路线 | 第22-23页 |
| 第二章 利用Pop32改良世代玉米群体进行开花基因的挖掘 | 第23-41页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-27页 |
| 2.1.1 Pop32 不同人工选择世代田间表型鉴定 | 第23页 |
| 2.1.2 Pop32 不同改良世代温室培养 | 第23-24页 |
| 2.1.3 DNA混池测序 | 第24页 |
| 2.1.4 ΔSNP index计算 | 第24页 |
| 2.1.5 180-bp knob计算 | 第24-25页 |
| 2.1.6 玉米转录组数据获取与分析 | 第25页 |
| 2.1.7 共表达网络构建 | 第25-26页 |
| 2.1.8 组织特异性模块鉴定 | 第26页 |
| 2.1.9 功能注释 | 第26-27页 |
| 2.1.10 玉米开花相关模块的鉴定 | 第27页 |
| 2.1.11 基因互作网络的构建 | 第27页 |
| 2.2 结果与分析 | 第27-38页 |
| 2.2.1 测序质量评估 | 第27-29页 |
| 2.2.2 测序数据统计 | 第29页 |
| 2.2.3 Pop32不同改良世代表型的鉴定和180-bp knob计算 | 第29-30页 |
| 2.2.4 Pop32群体的基因型分析 | 第30-31页 |
| 2.2.5 利用BSA方法挖掘候选改良基因 | 第31-33页 |
| 2.2.6 组织特异性模块鉴定 | 第33页 |
| 2.2.7 组织特异性模块的富集分析 | 第33-38页 |
| 2.3 讨论 | 第38-41页 |
| 2.3.1 Pop32 群体的混合选择改良和开花遗传机理解析 | 第38-39页 |
| 2.3.2 180-bp染色体结丰度分析 | 第39页 |
| 2.3.3 BSA挖掘候选基因分析 | 第39-40页 |
| 2.3.4 候选改良基因的共表达网络构建 | 第40-41页 |
| 第三章 基于全基因组选择信号检测进行开花基因挖掘 | 第41-50页 |
| 3.1 材料与方法 | 第41-42页 |
| 3.1.1 获取温带和热带玉米自交系基因型数据 | 第41页 |
| 3.1.2 温热带玉米群体间FST选择信号计算 | 第41页 |
| 3.1.3 温热带玉米群体间XP-EHH选择信号的计算 | 第41-42页 |
| 3.1.4 候选改良基因的鉴定和功能注释 | 第42页 |
| 3.1.5 候选基因的功能富集分析 | 第42页 |
| 3.2 结果与分析 | 第42-48页 |
| 3.2.1 温热带玉米群体全基因组变异分析 | 第42-43页 |
| 3.2.2 温带和热带玉米群体的主成分分析 | 第43-44页 |
| 3.2.3 FST值选择信号计算结果 | 第44-45页 |
| 3.2.4 温热带玉米群体间XP-EHH分析结果 | 第45页 |
| 3.2.5 候选基因的GO富集分析和功能挖掘 | 第45-48页 |
| 3.3 讨论 | 第48-50页 |
| 3.3.1 温热带玉米基因组变异分析 | 第48页 |
| 3.3.2 FST和 XP-EHH的计算原理 | 第48页 |
| 3.3.3 选择信号检测结果的评价 | 第48-50页 |
| 第四章 候选开花基因的关联分析和表达验证 | 第50-59页 |
| 4.1 材料与方法 | 第50-53页 |
| 4.1.1 189份玉米自交系开花期鉴定 | 第50页 |
| 4.1.2 189份玉米自交系基因型数据获取 | 第50页 |
| 4.1.3 候选基因关联分析 | 第50页 |
| 4.1.4 RNA-seq计算候选基因表达量 | 第50-51页 |
| 4.1.5 植株材料 | 第51页 |
| 4.1.6 实验仪器和试剂 | 第51页 |
| 4.1.7 植物总RNA的提取、纯化、质量检测 | 第51-53页 |
| 4.2 结果与分析 | 第53-57页 |
| 4.2.1 候选基因的关联分析 | 第53-55页 |
| 4.2.2 候选基因的表达分析 | 第55-57页 |
| 4.3 讨论 | 第57-59页 |
| 4.3.1 候选基因的开花期性状关联分析 | 第57页 |
| 4.3.2 候选开花基因的表达分析 | 第57-59页 |
| 第五章 全文结论 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-69页 |
| 附录 | 第69-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 作者简历 | 第77页 |
