| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 引言 | 第11-21页 |
| 1.1 漆酶简介 | 第11-12页 |
| 1.2 漆酶基因的表达调控 | 第12-14页 |
| 1.2.1 金属离子的调控作用 | 第12-13页 |
| 1.2.2 碳源与氮源的调控作用 | 第13-14页 |
| 1.3 漆酶基因启动子区域中的转录调控元件 | 第14-15页 |
| 1.3.1 转录调控元件的种类及研究 | 第14页 |
| 1.3.2 CUF1转录因子与铜离子的响应研究 | 第14-15页 |
| 1.4 农杆菌转化技术(ATMT) | 第15-16页 |
| 1.5 高通量测序技术的应用 | 第16-18页 |
| 1.5.1 在基因组水平上的应用 | 第16-17页 |
| 1.5.2 在转录组水平上的应用 | 第17-18页 |
| 1.6 齿毛菌高产漆酶分子机制研究的意义 | 第18-19页 |
| 1.7 选题依据 | 第19页 |
| 1.8 主要研究内容 | 第19-21页 |
| 1.8.1 齿毛菌基因组测序 | 第19页 |
| 1.8.2 齿毛菌转录组测序 | 第19页 |
| 1.8.3 新漆酶基因的克隆与漆酶家族分析 | 第19-20页 |
| 1.8.4 齿毛菌CUF1转录因子的功能研究 | 第20-21页 |
| 第二章 齿毛菌基因组测序与转录组测序 | 第21-52页 |
| 第一节 齿毛菌基因组测序 | 第21-33页 |
| 1.1 实验材料与设备 | 第21-23页 |
| 1.1.1 菌株 | 第21页 |
| 1.1.2 主要试剂 | 第21页 |
| 1.1.3 常用溶液 | 第21页 |
| 1.1.4 主要仪器设备 | 第21-22页 |
| 1.1.5 培养基 | 第22-23页 |
| 1.2 实验方法 | 第23-25页 |
| 1.2.1 齿毛菌基因组DNA的提取 | 第23页 |
| 1.2.2 文库构建及库检 | 第23页 |
| 1.2.3 原始数据处理 | 第23-24页 |
| 1.2.4 基因组数据组装 | 第24页 |
| 1.2.5 基因组基因注释 | 第24-25页 |
| 1.3 结果与分析 | 第25-32页 |
| 1.3.1 齿毛菌DNA提取 | 第25页 |
| 1.3.2 基因组测序及组装 | 第25-27页 |
| 1.3.3 基因注释及分析 | 第27-31页 |
| 1.3.4 比较基因组学分析 | 第31-32页 |
| 1.4 小结 | 第32-33页 |
| 第二节 齿毛菌转录组测序 | 第33-52页 |
| 2.1 实验材料与设备 | 第33-34页 |
| 2.1.1 菌株 | 第33页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第33页 |
| 2.1.3 引物合成及测序 | 第33-34页 |
| 2.1.4 常用溶液 | 第34页 |
| 2.1.5 主要仪器设备 | 第34页 |
| 2.1.6 培养基 | 第34页 |
| 2.2 实验方法 | 第34-39页 |
| 2.2.1 制备种子液 | 第34-35页 |
| 2.2.2 摇瓶发酵 | 第35页 |
| 2.2.3 齿毛菌总RNA的提取 | 第35页 |
| 2.2.4 文库构建及库检 | 第35页 |
| 2.2.5 数据处理 | 第35-36页 |
| 2.2.6 Illumina齿毛菌转录组序列组装 | 第36页 |
| 2.2.7 转录组Unigene功能注释及分析 | 第36页 |
| 2.2.8 差异表达基因筛选 | 第36页 |
| 2.2.9 实时荧光定量PCR验证Solexa结果 | 第36-39页 |
| 2.2.10 qPCR数据处理 | 第39页 |
| 2.3 结果与分析 | 第39-50页 |
| 2.3.1 数据组装 | 第39-41页 |
| 2.3.2 Unigene的功能注释 | 第41-42页 |
| 2.3.3 Unigene的GO分类 | 第42-43页 |
| 2.3.4 Unigene的KOG相关功能分类 | 第43-44页 |
| 2.3.5 Unigene的KEGG分析 | 第44-45页 |
| 2.3.6 差异表达基因的筛选 | 第45-46页 |
| 2.3.7 差异表达基因的GO分析 | 第46-47页 |
| 2.3.8 转录因子的筛选 | 第47-48页 |
| 2.3.9 qPCR验证转录组测序结果 | 第48-50页 |
| 2.4 小结 | 第50-52页 |
| 第三章 新漆酶基因克隆与漆酶家族分析 | 第52-71页 |
| 3.1 实验材料 | 第52页 |
| 3.1.1 菌株和质粒 | 第52页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第52页 |
| 3.1.3 培养基 | 第52页 |
| 3.1.4 引物合成及测序 | 第52页 |
| 3.2 实验方法 | 第52-55页 |
| 3.2.1 漆酶基因克隆 | 第52-54页 |
| 3.2.1.1 特异引物设计 | 第52-53页 |
| 3.2.1.2 cDNA第一链的合成 | 第53-54页 |
| 3.2.1.3 漆酶基因cDNA序列克隆 | 第54页 |
| 3.2.2 HYB07漆酶家族生物信息学分析 | 第54-55页 |
| 3.3 结果与分析 | 第55-70页 |
| 3.3.1 新漆酶基因的克隆 | 第55-57页 |
| 3.3.2 HYB07漆酶家族 | 第57-70页 |
| 3.3.2.1 漆酶家族在基因组中分布 | 第57页 |
| 3.3.2.2 内含子分析 | 第57-59页 |
| 3.3.2.3 编码区序列分析 | 第59-65页 |
| 3.3.3.4 特征序列分析 | 第65-67页 |
| 3.3.3.5 蛋白结构预测 | 第67-70页 |
| 3.4 小结 | 第70-71页 |
| 第四章 齿毛菌CUF1转录因子的功能研究 | 第71-84页 |
| 4.1 实验材料与设备 | 第71-73页 |
| 4.1.1 菌株和质粒 | 第71页 |
| 4.1.2 培养基 | 第71页 |
| 4.1.3 主要试剂及溶液 | 第71-73页 |
| 4.1.4 主要仪器 | 第73页 |
| 4.2 实验方法 | 第73-76页 |
| 4.2.1 cuf1全长克隆 | 第73页 |
| 4.2.2 cuf1生物信息学分析 | 第73页 |
| 4.2.3 农杆菌双元表达载体的构建 | 第73-74页 |
| 4.2.4 重组农杆菌菌株的构建 | 第74-75页 |
| 4.2.4.1 农杆菌感受态细胞制备 | 第74页 |
| 4.2.4.2 农杆菌的电转化 | 第74-75页 |
| 4.2.4.3 农杆菌转化子的验证 | 第75页 |
| 4.2.5 农杆菌介导的齿毛菌遗传转化 | 第75页 |
| 4.2.6 齿毛菌pCAMBIA1302-cuf1阳性转化子的验证 | 第75-76页 |
| 4.2.6.1 pCAMBIA1302-cuf1阳性转化子cuf1筛选及基因水平验证 | 第75-76页 |
| 4.2.6.2 漆酶酶活水平验证 | 第76页 |
| 4.3 结果与分析 | 第76-83页 |
| 4.3.1 cuf1基因克隆与特性 | 第76-79页 |
| 4.3.2 pCAMBIA1302- cuf1阳性转化子的筛选与鉴定 | 第79-80页 |
| 4.3.3 齿毛菌pCAMBIA1302-cuf1阳性转化子的PCR鉴定 | 第80-81页 |
| 4.3.4 pCAMBIA1302-cuf1阳性转化子的产漆酶能力 | 第81-83页 |
| 4.4 小结 | 第83-84页 |
| 结论与展望 | 第84-87页 |
| 结论 | 第84-86页 |
| 展望 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-97页 |
| 附录 | 第97-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 个人简历 | 第115页 |
