| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第10-26页 |
| 1.1 概述 | 第10-11页 |
| 1.2 酿酒酵母氮源代谢的调控机制 | 第11-22页 |
| 1.2.1 酿酒酵母对氮源的感知调控 | 第11-15页 |
| 1.2.2 酿酒酵母对氮源的转运调控 | 第15-17页 |
| 1.2.3 酿酒酵母氮源代谢的转录调控 | 第17-18页 |
| 1.2.4 酿酒酵母氮源代谢的翻译调控 | 第18-21页 |
| 1.2.5 酿酒酵母碳源条件对氮源代谢的影响 | 第21-22页 |
| 1.3 黄酒发酵中氨基甲酸乙酯的生成机制和消除方法 | 第22-24页 |
| 1.3.1 黄酒发酵中EC的主要前体 | 第22-23页 |
| 1.3.2 黄酒中EC的消除方法 | 第23-24页 |
| 1.4 本论文主要研究内容 | 第24-26页 |
| 1.4.1 立题依据及研究意义 | 第24页 |
| 1.4.2 本文主要研究内容 | 第24-26页 |
| 第二章 黄酒酵母的全基因组测序与分析 | 第26-34页 |
| 2.1 前言 | 第26页 |
| 2.2 材料与方法 | 第26-28页 |
| 2.2.1 菌株 | 第26页 |
| 2.2.2 试剂和仪器 | 第26-27页 |
| 2.2.3 培养基 | 第27页 |
| 2.2.4 酵母基因组提取 | 第27页 |
| 2.2.5 二代及三代测序 | 第27页 |
| 2.2.6 基因组组装 | 第27-28页 |
| 2.2.7 基因组注释 | 第28页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第28-33页 |
| 2.3.1 酿酒酵母N85和XZ-11的全基因组测序 | 第28-29页 |
| 2.3.2 酿酒酵母N85和XZ-11的基因组组装 | 第29-31页 |
| 2.3.3 酿酒酵母N85和XZ-11的基因组注释 | 第31-32页 |
| 2.3.4 黄酒酵母N85和XZ-11的基因组浏览器 | 第32-33页 |
| 2.4 本章小结 | 第33-34页 |
| 第三章 黄酒酵母N85和XZ-11菌株的比较基因组学分析 | 第34-44页 |
| 3.1 前言 | 第34-35页 |
| 3.2 材料与方法 | 第35-37页 |
| 3.2.1 菌株和质粒 | 第35页 |
| 3.2.2 试剂和仪器 | 第35页 |
| 3.2.3 培养基 | 第35-36页 |
| 3.2.4 分子生物学操作 | 第36页 |
| 3.2.5 分析检测方法 | 第36页 |
| 3.2.6 酵母基因组提取 | 第36页 |
| 3.2.7 二代测序 | 第36-37页 |
| 3.2.8 基因组组装和比较基因组学分析 | 第37页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第37-42页 |
| 3.3.1 N85和XZ-11在氨基酸和尿素利用方面的差异 | 第37-38页 |
| 3.3.2 酵母菌株N85和XZ-11基因组编码基因差异分析 | 第38-39页 |
| 3.3.3 酵母菌株N85和XZ-11间比较基因组分析 | 第39-41页 |
| 3.3.4 低产尿素适应性进化菌4B和出发菌XZ-11间比较基因组分析 | 第41-42页 |
| 3.4 本章小结 | 第42-44页 |
| 第四章 全基因组关联分析解析氮代谢阻遏效应 | 第44-58页 |
| 4.1 前言 | 第44页 |
| 4.2 材料与方法 | 第44-48页 |
| 4.2.1 菌株 | 第44页 |
| 4.2.2 试剂和仪器 | 第44-45页 |
| 4.2.3 培养基 | 第45-46页 |
| 4.2.4 分子生物学操作 | 第46-47页 |
| 4.2.5 杂合二倍体制备和筛选 | 第47页 |
| 4.2.6 孢子悬液的制备 | 第47-48页 |
| 4.2.7 超高速流式分析和分选 | 第48页 |
| 4.2.8 低产尿素酵母的高通量筛选 | 第48页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第48-56页 |
| 4.3.1 S.cereviaseXZ-11HO基因的敲除 | 第48-49页 |
| 4.3.2 酿酒酵母XZ-11单倍体拆分 | 第49-50页 |
| 4.3.3 杂合二倍体的制备和筛选 | 第50-51页 |
| 4.3.4 酵母孢子悬液的制备 | 第51页 |
| 4.3.5 流式细胞检测中活、死细胞群的确定 | 第51-52页 |
| 4.3.6 最佳孢子悬液制备方法的确定 | 第52-54页 |
| 4.3.7 高通量孢子分选和尿素检测 | 第54-55页 |
| 4.3.8 基因组测序和全基因组关联分析 | 第55-56页 |
| 4.4 本章小结 | 第56-58页 |
| 第五章 不同氮源条件下N85和XZ-11菌株的比较转录组学分析 | 第58-72页 |
| 5.1 前言 | 第58页 |
| 5.2 材料与方法 | 第58-59页 |
| 5.2.1 菌株和质粒 | 第58页 |
| 5.2.2 试剂和仪器 | 第58-59页 |
| 5.2.3 培养基 | 第59页 |
| 5.2.4 RNA提取 | 第59页 |
| 5.2.5 转录组测序 | 第59页 |
| 5.2.6 转录组数据处理分析 | 第59页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第59-69页 |
| 5.3.1 转录组测序、转录本组装和基因表达差异分析 | 第59-62页 |
| 5.3.2 N85和XZ-11菌株在不同氮源条件下差异表达基因的功能分析 | 第62-66页 |
| 5.3.3 不同氮源条件下菌株间基因表达差异分析和功能聚类 | 第66-69页 |
| 5.4 本章小结 | 第69-72页 |
| 第六章 NCR全局调控因子核定位调控解除氮代谢阻遏效应 | 第72-84页 |
| 6.1 前言 | 第72-73页 |
| 6.2 材料与方法 | 第73-78页 |
| 6.2.1 菌株和质粒 | 第73页 |
| 6.2.2 试剂和仪器 | 第73-74页 |
| 6.2.3 培养基 | 第74-75页 |
| 6.2.4 分子生物学操作 | 第75-77页 |
| 6.2.5 分析检测方法 | 第77页 |
| 6.2.6 实时荧光定量PCR | 第77-78页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第78-82页 |
| 6.3.1 基于雷帕霉素的蛋白锚定系统的构建 | 第78-79页 |
| 6.3.2 雷帕霉素诱导NCR调控因子细胞定位 | 第79-80页 |
| 6.3.3 NCR调控因子细胞定位对尿素代谢相关基因表达的影响 | 第80-81页 |
| 6.3.4 NCR调控因子细胞定位对酿酒酵母尿素积累的影响 | 第81-82页 |
| 6.4 本章小结 | 第82-84页 |
| 主要结论与展望 | 第84-86页 |
| 主要结论 | 第84页 |
| 展望 | 第84-86页 |
| 论文创新点 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-98页 |
| 附录：作者在攻读博士期间发表的论文 | 第98页 |
