| 中文摘要 | 第13-17页 |
| 英文摘要 | 第17-20页 |
| 1 前言 | 第21-37页 |
| 1.1 益生菌的概述 | 第21-26页 |
| 1.1.1 益生菌的概念 | 第21-22页 |
| 1.1.2 益生菌的种类 | 第22-24页 |
| 1.1.3 益生菌的防病促生长机制 | 第24-25页 |
| 1.1.3.1 为宿主提供营养,提高机体生长性能 | 第24页 |
| 1.1.3.2 抑制病原菌,调节肠道菌群平衡 | 第24页 |
| 1.1.3.3 提高机体免疫免疫应答,增强抗病力 | 第24-25页 |
| 1.1.3.4 改善环境,减少污染 | 第25页 |
| 1.1.4 益生菌的筛选 | 第25-26页 |
| 1.1.5 枯草芽孢杆菌 | 第26页 |
| 1.2 益生菌与肠道免疫系统的相互作用以及免疫调节 | 第26-27页 |
| 1.3 大肠杆菌病 | 第27-29页 |
| 1.3.1 病原学 | 第27-28页 |
| 1.3.2 大肠杆菌致病机理 | 第28页 |
| 1.3.3 益生菌对大肠杆菌病的治疗 | 第28-29页 |
| 1.4 肠道微生物研究方法 | 第29-31页 |
| 1.4.1 高通量测序技术的发展 | 第29-30页 |
| 1.4.2 高通量测序技术在基因组学中的应用 | 第30页 |
| 1.4.3 高通量测序技术在细菌分类上的应用 | 第30页 |
| 1.4.4 高通量测序技术在研究微生物物种多样性的应用 | 第30-31页 |
| 1.5 先天性免疫 | 第31-36页 |
| 1.5.1 先天性免疫概况 | 第31-32页 |
| 1.5.2 NLRs结构 | 第32-33页 |
| 1.5.3 NLRs介导的信号通路 | 第33-34页 |
| 1.5.4 NLRs在抗细菌感染中的作用 | 第34页 |
| 1.5.5 NLRs在自噬中的作用 | 第34-36页 |
| 1.1.5.1 自噬的发生 | 第34-35页 |
| 1.1.5.2 NLRs诱导自噬 | 第35-36页 |
| 1.6 研究的目的及意义 | 第36-37页 |
| 2 材料方法 | 第37-56页 |
| 2.1 实验材料 | 第37-39页 |
| 2.1.1 菌株 | 第37页 |
| 2.1.2 实验动物及细胞 | 第37页 |
| 2.1.3 主要试剂和试剂盒 | 第37-38页 |
| 2.1.4 主要缓冲液及试剂的配制 | 第38页 |
| 2.1.5 主要仪器设备 | 第38-39页 |
| 2.2 实验方法 | 第39-56页 |
| 2.2.1 枯草芽孢杆菌的分离鉴定 | 第39-41页 |
| 2.2.1.1 枯草芽孢杆菌的分离纯培养 | 第39-40页 |
| 2.2.1.2 枯草芽孢杆菌的生化鉴定 | 第40页 |
| 2.2.1.3 枯草芽孢杆菌的基因鉴定 | 第40-41页 |
| 2.2.1.4 菌种保存 | 第41页 |
| 2.2.2 筛选优良益生性能的枯草芽孢杆菌 | 第41-42页 |
| 2.2.2.1 枯草芽孢杆菌耐受人工胃液 | 第41页 |
| 2.2.2.2 枯草芽孢杆菌耐受人工肠液 | 第41-42页 |
| 2.2.2.3 枯草芽孢杆菌耐受胆盐 | 第42页 |
| 2.2.2.4 枯草芽孢杆菌抑菌试验 | 第42页 |
| 2.2.2.5 枯草芽孢杆菌产蛋白酶试验 | 第42页 |
| 2.2.2.6 枯草芽孢杆菌药敏试验 | 第42页 |
| 2.2.3 枯草芽孢杆菌对机体生长性能、免疫调节及肠道菌群影响的研究 | 第42-45页 |
| 2.2.3.1 动物实验设计 | 第42-43页 |
| 2.2.3.2 血清中免疫球蛋白测定 | 第43-44页 |
| 2.2.3.3 免疫器官指数 | 第44页 |
| 2.2.3.4 益生菌对肠道菌群影响的研究 | 第44-45页 |
| 2.2.4 枯草芽孢杆菌对机体先天性免疫应答及抗病力的影响 | 第45-48页 |
| 2.2.4.1 饲喂枯草芽孢杆菌后脾脏和空肠中免疫相关基因表达 | 第45-48页 |
| 2.2.4.1.1 RNA的提取和cDNA的合成 | 第45-46页 |
| 2.2.4.1.2 荧光定量PCR检测免疫相关基因表达 | 第46-48页 |
| 2.2.4.2 大肠杆菌攻毒试验 | 第48页 |
| 2.2.4.2.1 兔存活率和组织器官载菌数 | 第48页 |
| 2.2.4.2.2 攻毒后兔脾脏和空肠中免疫相关因子表达量 | 第48页 |
| 2.2.5 rNOD1介导抗大肠杆菌感染信号通路 | 第48-55页 |
| 2.2.5.1 rNOD1基因的克隆及表达载体构建 | 第48-50页 |
| 2.2.5.1.1 rNOD1基因的克隆 | 第48-49页 |
| 2.2.5.1.2 同源重组 | 第49-50页 |
| 2.2.5.1.3 同源重组产物转化 | 第50页 |
| 2.2.5.1.4 阳性克隆的鉴定 | 第50页 |
| 2.2.5.1.5 质粒的提取 | 第50页 |
| 2.2.5.2 干扰RNA | 第50-51页 |
| 2.2.5.3 枯草芽孢杆菌与RK-13细胞共培养 | 第51页 |
| 2.2.5.4 rNOD1序列分析 | 第51-52页 |
| 2.2.5.5 rNOD1的组织分布 | 第52页 |
| 2.2.5.5.1 rNOD1在正常组织中的分布 | 第52页 |
| 2.2.5.5.2 rNOD1在大肠杆菌感染早期的表达 | 第52页 |
| 2.2.5.6 重组质粒转染 | 第52页 |
| 2.2.5.7 大肠杆菌感染试验 | 第52-53页 |
| 2.2.5.8 双荧光素酶报告实验 | 第53页 |
| 2.2.5.9 rNOD1对大肠杆菌的抑制作用 | 第53页 |
| 2.2.5.10 rNOD1在大肠杆菌感染过程对免疫相关基因的影响 | 第53-54页 |
| 2.2.5.11 抑制NF-κB后rNOD1在大肠杆菌感染过程对免疫相关基因的影响 | 第54页 |
| 2.2.5.12 rNOD1诱导自噬 | 第54-55页 |
| 2.2.5.12.1 激光共聚焦实验 | 第54页 |
| 2.2.5.12.2 Westernblot | 第54-55页 |
| 2.2.6 统计分析 | 第55-56页 |
| 3 结果与分析 | 第56-86页 |
| 3.1 具有优良益生性能的枯草芽孢杆菌的分离及筛选 | 第56-58页 |
| 3.1.1 枯草芽孢杆菌的分离鉴定 | 第56页 |
| 3.1.2 枯草芽孢杆菌益生性能的体外评估 | 第56-58页 |
| 3.1.2.1 枯草芽孢杆菌耐受人工胃液、肠液、胆盐 | 第56-57页 |
| 3.1.2.2 枯草芽孢杆菌抑菌能力 | 第57-58页 |
| 3.1.2.3 枯草芽孢杆菌产蛋白酶能力 | 第58页 |
| 3.1.2.4 枯草芽孢杆菌药敏试验 | 第58页 |
| 3.2 枯草芽孢杆菌提高兔生长性能、免疫调节及肠道菌群健康 | 第58-66页 |
| 3.2.1 生长性能和血清中免疫球蛋白 | 第58-59页 |
| 3.2.2 免疫器官指数 | 第59-60页 |
| 3.2.3 枯草芽孢杆菌促进肠道菌群健康 | 第60-66页 |
| 3.2.3.1 样品的多样性分析 | 第60-61页 |
| 3.2.3.2 OTUshannon稀释曲线 | 第61页 |
| 3.2.3.3 最佳物种分类水平 | 第61-62页 |
| 3.2.3.4 门水平肠道菌群的相对丰度 | 第62-63页 |
| 3.2.3.5 科水平肠道菌群的相对丰度 | 第63-65页 |
| 3.2.3.6 属水平肠道菌群的相对丰度 | 第65-66页 |
| 3.3 枯草芽孢杆菌提高机体先天性免疫应答及抗病力 | 第66-72页 |
| 3.3.1 枯草芽孢杆菌促进脾脏和空肠免疫相关基因表达 | 第66-69页 |
| 3.3.2 枯草芽孢杆菌提高兔抗大肠杆菌感染能力 | 第69-70页 |
| 3.3.3 枯草芽孢杆菌促进大肠杆菌感染兔的免疫应答 | 第70-72页 |
| 3.4 rNOD1介导的信号通路以及抗大肠杆菌功能研究 | 第72-86页 |
| 3.4.1 rNOD1的序列分析 | 第72-74页 |
| 3.4.2 rNOD1真核表达载体构建以及干扰RNA | 第74-75页 |
| 3.4.3 rNOD1能够介导枯草芽孢杆菌诱导的免疫应答 | 第75-76页 |
| 3.4.4 rNOD1在体内的表达 | 第76-78页 |
| 3.4.4.1 rNOD1在健康兔组织中的表达 | 第76-77页 |
| 3.4.4.2 rNOD1在感染大肠杆菌兔组织中的表达变化 | 第77-78页 |
| 3.4.5 rNOD1激活NF-κB信号通路 | 第78页 |
| 3.4.6 过表达rNOD1效应结构域诱导下游细胞因子和防御素 | 第78-80页 |
| 3.4.7 rNOD1抑菌活性的研究 | 第80-81页 |
| 3.4.8 rNOD1在感染大肠杆菌过程中通过NF-κB诱导细胞因子及防御素表达 | 第81-84页 |
| 3.4.8.1 过表达或干扰rNOD1在大肠杆菌感染过程中细胞因子及防御素表达 | 第81-82页 |
| 3.4.8.2 刺激iE-DAP后在感染大肠杆菌过程中诱导细胞因子及防御素表达 | 第82-83页 |
| 3.4.8.3 抑制NF-κB后rNOD1在感染大肠杆菌过程中不能诱导细胞因子及防御素 | 第83-84页 |
| 3.4.9 rNOD1诱导自噬 | 第84-86页 |
| 4 讨论 | 第86-94页 |
| 4.1 体外筛选益生性能优良的枯草芽孢杆菌 | 第86-87页 |
| 4.2 枯草芽孢杆菌对机体生长性能、免疫调节和肠道菌群的影响 | 第87-88页 |
| 4.3 枯草芽孢杆菌提高机体先天性免疫应答及抗病力 | 第88-90页 |
| 4.4 rNOD1介导的信号通路参与抗大肠杆菌免疫应答 | 第90-94页 |
| 5 结论 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-114页 |
| 附录 | 第114-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第120-121页 |
