| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 引言 | 第7-11页 |
| 1 理论模型 | 第11-22页 |
| 1.1 ABEEMσπPFF模型和ABEEM-7P水模型 | 第11-13页 |
| 1.2 复合联用电荷守恒模型 | 第13-14页 |
| 1.3 力场参数确定 | 第14-17页 |
| 1.4 构建1KF1模型体系 | 第17-20页 |
| 1.5 MD模拟细节 | 第20-22页 |
| 2 1KF1分子的结构及性质分析 | 第22-49页 |
| 2.1 1 KF1体系平衡判断 | 第22-24页 |
| 2.2 1 KF1体系电荷分布情况 | 第24-32页 |
| 2.3 1 KF1分子的构象稳定性 | 第32-33页 |
| 2.3.1 G-四方构象稳定性 | 第32-33页 |
| 2.3.2 TTA环构象稳定性 | 第33页 |
| 2.4 G-四方结构及稳定性分析 | 第33-43页 |
| 2.4.1 G-四方内G碱基分子间的Hoogsteen氢键结构 | 第34-36页 |
| 2.4.2 对角G碱基间的平均O6-O6距离 | 第36-38页 |
| 2.4.3 G-四方的平面性 | 第38-39页 |
| 2.4.4 G-四方间G碱基的π-π堆积作用 | 第39-41页 |
| 2.4.5 其他条件下1KF1体系的模拟尝试 | 第41-43页 |
| 2.5 环外A碱基和TTA环的行为 | 第43-49页 |
| 2.5.1 环外A碱基构象分析 | 第44-45页 |
| 2.5.2 TTA环构象分析 | 第45-49页 |
| 结论与展望 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-57页 |
| 附录A 1KF1中3层G-四方内G碱基中O原子各位点电荷 | 第57-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
