| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-49页 |
| 第一节 近交及近交衰退的研究进展 | 第14-24页 |
| 0 引言 | 第14页 |
| 1 近交的生物学效应及影响因素 | 第14-17页 |
| 1.1 近交衰退及表现 | 第14-15页 |
| 1.2 影响近交衰退的因素 | 第15-16页 |
| 1.3 近交的积极意义 | 第16-17页 |
| 2 近交衰退遗传机制的两种假说 | 第17-18页 |
| 3 近交相关参数的计算 | 第18-19页 |
| 3.1 近交系数 | 第18-19页 |
| 3.2 近交衰退率 | 第19页 |
| 3.3 近交负荷 | 第19页 |
| 4 近交对遗传负荷的清除 | 第19-21页 |
| 5 双壳贝类近交效应研究进展 | 第21-22页 |
| 5.1 双壳贝类近交的研究现状及问题 | 第21-22页 |
| 5.2 双壳贝类的性别表现与雌性同体 | 第22页 |
| 6 虾夷扇贝概述、雌雄同体现象及研究意义 | 第22-24页 |
| 第二节 SNP 标记及遗传连锁图谱的应用 | 第24-40页 |
| 0 引言 | 第24页 |
| 1 SNP 标记概述 | 第24-32页 |
| 1.1 分子标记技术的发展 | 第24-25页 |
| 1.2 SNP 标记的特点 | 第25-26页 |
| 1.3 SNP 的检测方法 | 第26-30页 |
| 1.4 高通量测序技术 | 第30-31页 |
| 1.5 SNP 在遗传研究中的应用 | 第31-32页 |
| 2 遗传连锁图谱 | 第32-36页 |
| 2.1 遗传连锁图谱的构建过程 | 第33-35页 |
| 2.1.1 作图群体 | 第33-34页 |
| 2.1.2 作图标记 | 第34页 |
| 2.1.3 连锁分析与作图 | 第34-35页 |
| 2.2 遗传连锁图谱的应用： | 第35-36页 |
| 2.2.1 基因定位 | 第35页 |
| 2.2.2 分子标记辅助育种 | 第35页 |
| 2.2.3 比较基因组研究 | 第35-36页 |
| 3 水产动物分子标记及遗传图谱相关研究进展 | 第36-40页 |
| 第三节 转录组水平的差异基因表达分析 | 第40-48页 |
| 0 引言 | 第40页 |
| 1 传统差异基因表达分析法 | 第40-41页 |
| 2 高通量差异基因分析方法 | 第41-43页 |
| 2.1 基因芯片技术 | 第42页 |
| 2.2 数字基因表达谱（DGE） | 第42-43页 |
| 3 RNA-Seq 的原理和应用 | 第43-46页 |
| 3.1 RNA-Seq 的概念及原理 | 第43页 |
| 3.2 RNA-Seq 的优势 | 第43-44页 |
| 3.3 RNA-Seq 的应用 | 第44页 |
| 3.4 基于 RNA-Seq 的数据处理： | 第44-46页 |
| 4 海洋生物转录组测序研究进展 | 第46-48页 |
| 第四节 本论文研究的目的及意义 | 第48-49页 |
| 第二章 虾夷扇贝自交、近交家系的构建及近交生物学效应 | 第49-74页 |
| 前言 | 第49-50页 |
| 第一节 虾夷扇贝养殖群体自交、近交全同胞家系的构建 | 第50-61页 |
| 1 材料与方法 | 第50-54页 |
| 1.1 材料来源 | 第50页 |
| 1.2 亲贝的促熟及催产 | 第50页 |
| 1.3 家系的构建与孵化 | 第50-51页 |
| 1.4 选幼及幼虫培育 | 第51-52页 |
| 1.5 稚贝的保苗和养成 | 第52页 |
| 1.6 取样及性状测量 | 第52-53页 |
| 1.7 近交系数的计算及数据分析 | 第53-54页 |
| 2 实验结果 | 第54-58页 |
| 2.1 自交家系与 F2家系的近交系数 | 第54页 |
| 2.2 受精率和孵化率的比较 | 第54-55页 |
| 2.3 幼虫阶段生长的比较 | 第55-56页 |
| 2.4 幼虫存活率的比较 | 第56-57页 |
| 2.5 养成期生长与存活的比较 | 第57-58页 |
| 3 讨论 | 第58-61页 |
| 3.1 虾夷扇贝自交家系构建的方法与意义 | 第58-59页 |
| 3.2 不同近交组近交衰退的初步表现 | 第59-61页 |
| 第二节 基于不同性状和近交系数的虾夷扇贝近交衰退分析 | 第61-74页 |
| 1 材料与方法 | 第61-62页 |
| 2 实验结果 | 第62-66页 |
| 2.1 近交衰退率的计算 | 第62-63页 |
| 2.2 近交衰退率随不同时期、不同性状的变化特点 | 第63-64页 |
| 2.3 近交负荷荷的计算及及回归分析 | 第64-66页 |
| 3 讨论 | 第66-73页 |
| 3.1 两类不同性状的近交衰退调控方式 | 第66-69页 |
| 3.2 海洋贝类的繁殖特点及自交带来的影响 | 第69-70页 |
| 3.3 清除遗传负荷对维持高杂合度的影响 | 第70-73页 |
| 4 小结 | 第73-74页 |
| 第三章 虾夷扇贝自交家系的 SNP 开发及遗传连锁图谱构建 | 第74-112页 |
| 引言 | 第74-76页 |
| 第一节 基于自交家系的高通量 SNP 开发及偏分离分析 | 第76-95页 |
| 1 实验材料和方法 | 第76-85页 |
| 1.1 实验家系材料 | 第76页 |
| 1.2 自交家系子代个体的亲子鉴定 | 第76-78页 |
| 1.3 Illumina 测序文库构建过程 | 第78-82页 |
| 1.3.1 主要仪器及试剂 | 第78-79页 |
| 1.3.2 虾夷扇贝基因组 DNA 的提取 | 第79页 |
| 1.3.3 基因组 DNA 酶切 | 第79-80页 |
| 1.3.4 测序接头连接 | 第80页 |
| 1.3.5 酶切标签的 PCR 扩增 | 第80-81页 |
| 1.3.6 目的产物切胶回收 | 第81页 |
| 1.3.7 接头延伸 | 第81-82页 |
| 1.3.8 产物纯化及浓度测定 | 第82页 |
| 1.3.9 Illumina 高通量测序 | 第82页 |
| 1.4 测序数据预处理 | 第82页 |
| 1.5 SNP 标记的开发及分型 | 第82-83页 |
| 1.6 标记偏分离情况的计算 | 第83-85页 |
| 1.7 不同时期标记分离的验证 | 第85页 |
| 2 实验结果 | 第85-90页 |
| 2.1 自交家系子代亲子鉴定 | 第85页 |
| 2.2 接头的选择与文库构建 | 第85-86页 |
| 2.3 测序数据预处理与分型 | 第86-88页 |
| 2.4 标记偏分离情况 | 第88-89页 |
| 2.5 偏分离现象的验证 | 第89-90页 |
| 3 讨论 | 第90-95页 |
| 3.1 偏分离现象的主要原因 | 第90-91页 |
| 3.2 合子偏分离与配子偏分离 | 第91-92页 |
| 3.3 显性效应与超显性效应 | 第92-93页 |
| 3.4 不同时期的验证 | 第93-95页 |
| 第二节 基于自交系的高密度遗传连锁图谱构建 | 第95-112页 |
| 1 实验材料和方法 | 第95-96页 |
| 1.1 作图家系及标记 | 第95页 |
| 1.2 遗传连锁图谱的构建 | 第95页 |
| 1.3 遗传图谱参数和质量的估算 | 第95-96页 |
| 1.4 生长性状的 QTL 定位 | 第96页 |
| 1.5 偏分离聚集区（SDR）的分析 | 第96页 |
| 2 实验结果 | 第96-108页 |
| 2.1 自交家系的性状特点 | 第96-97页 |
| 2.2 遗传连锁图谱的构建 | 第97-101页 |
| 2.3 QTL 定位 | 第101页 |
| 2.4 图谱中的偏分离区域 | 第101-108页 |
| 3 讨论 | 第108-112页 |
| 3.1 图谱中偏分离标记的分布特点 | 第109-110页 |
| 3.2 QTL 定位 | 第110页 |
| 3.3 偏分离标记的功能 | 第110-112页 |
| 第四章 自交家系与对照群体的表达谱差异分析 | 第112-144页 |
| 0 前言 | 第112页 |
| 1 实验材料及方法 | 第112-121页 |
| 1.1 实验家系及群体 | 第112-113页 |
| 1.2 主要实验用品 | 第113页 |
| 1.3 RNA-Seq 表达谱文库构建 | 第113-118页 |
| 1.3.1 虾夷扇贝总 RNA 的提取 | 第113-114页 |
| 1.3.2 mRNA 的获取 | 第114-115页 |
| 1.3.3 RNA-Seq 测序文库构建 | 第115-118页 |
| 1.4 Illumina 测序 | 第118页 |
| 1.5 测序数据处理及差异表达基因筛选 | 第118-120页 |
| 1.6 差异基因的注释及富集分析 | 第120-121页 |
| 2 实验结果 | 第121-138页 |
| 2.1 RNA 提取及文库构建 | 第121页 |
| 2.2 测序数据质量过滤 | 第121-122页 |
| 2.3 测序数据的总体分析及差异基因筛选 | 第122-128页 |
| 2.3.1 实验重复性分析及基因表达水平分布 | 第122-127页 |
| 2.3.2 差异基因的筛选及注释 | 第127-128页 |
| 2.4 差异基因的功能及富集分析 | 第128-138页 |
| 3 讨论 | 第138-144页 |
| 3.1 数据过滤及比对质量 | 第138-139页 |
| 3.2 基因表达的整体分布趋势及差异基因的筛选 | 第139页 |
| 3.3 差异基因的功能注释、分析 | 第139-143页 |
| 3.4 上下调基因功能富集分类 | 第143-144页 |
| 参考文献 | 第144-155页 |
| 英文缩略词表 | 第155-156页 |
| 致谢 | 第156-157页 |
| 个人简历 | 第157页 |
| 学术成果 | 第157-158页 |
