| 英文缩略词表 | 第4-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 1.引言 | 第13-24页 |
| 1.1 獭兔产业概况 | 第13-14页 |
| 1.1.1 獭兔生物学特征 | 第13页 |
| 1.1.2 目前獭兔生产现状 | 第13-14页 |
| 1.1.3 獭兔业发展趋势 | 第14页 |
| 1.2 獭兔遗传育种 | 第14-16页 |
| 1.2.1 传统动物育种 | 第14-15页 |
| 1.2.2 现代分子育种 | 第15页 |
| 1.2.3 标记辅助选择(MAS) | 第15页 |
| 1.2.4 常用的分子遗传标记方法 | 第15-16页 |
| 1.3 SNP检测技术 | 第16-18页 |
| 1.3.1 低通量SNP分型 | 第16页 |
| 1.3.2 中通量SNP分型 | 第16-17页 |
| 1.3.3 高通量SNP分型方法 | 第17-18页 |
| 1.4 影响獭兔繁殖性状的因素 | 第18页 |
| 1.5 生殖轴相关基因的研究进展 | 第18-23页 |
| 1.5.1 生殖轴的作用机理 | 第18-19页 |
| 1.5.2 影响繁殖性状的相关基因 | 第19-23页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第23-24页 |
| 2.实验材料与方法 | 第24-36页 |
| 2.1 实验材料及试剂 | 第24-26页 |
| 2.1.1 实验样品 | 第24-25页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第25页 |
| 2.1.3 实验试剂 | 第25页 |
| 2.1.4 主要试剂配制 | 第25-26页 |
| 2.1.5 主要数据库及生物软件 | 第26页 |
| 2.2 实验方法 | 第26-33页 |
| 2.2.1 耳组织DNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.2 DNA模板检测 | 第27-28页 |
| 2.2.3 混池测序获得基因SNP位点 | 第28-31页 |
| 2.2.4 SNP分型 | 第31-33页 |
| 2.3 实验数据的统计与分析 | 第33-36页 |
| 2.3.1 基因型频率和等位基因频率的计算 | 第33-34页 |
| 2.3.2 哈代-温伯格平衡检验(卡方检验) | 第34页 |
| 2.3.3 基因的遗传多态性分析 | 第34-35页 |
| 2.3.4 基因型与繁殖性状相关分析 | 第35页 |
| 2.3.5 多基因单倍型及其效应分析 | 第35-36页 |
| 3.结果与分析 | 第36-77页 |
| 3.1 基因组DNA提取结果 | 第36页 |
| 3.2 SNP筛选 | 第36-40页 |
| 3.2.1 利用DNAMAN将测序结果与原序列比对 | 第36-37页 |
| 3.2.2 测序峰图筛选杂合位点 | 第37页 |
| 3.2.3 SNP位点 | 第37-40页 |
| 3.3 应用行时间质谱进行SNP分型 | 第40-41页 |
| 3.4 SNP群体遗传学分析 | 第41-46页 |
| 3.5 群体繁殖性状统计 | 第46-47页 |
| 3.5.1 百草獭兔繁殖信息的统计 | 第46页 |
| 3.5.2 各品系繁殖性状统计 | 第46-47页 |
| 3.6 相关基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第47-63页 |
| 3.6.1 GDF9基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第47-48页 |
| 3.6.2 FSHβ基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第48-49页 |
| 3.6.3 PRL基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第49-50页 |
| 3.6.4 FSHR基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第50-51页 |
| 3.6.5 BMP15基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第51-52页 |
| 3.6.6 PRLR基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第52-54页 |
| 3.6.7 FGF5基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第54-55页 |
| 3.6.8 GHR基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第55-56页 |
| 3.6.9 IGF1基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第56-57页 |
| 3.6.10 RBP4基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第57-58页 |
| 3.6.11 GnRHR基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第58-59页 |
| 3.6.12 PGR基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第59-60页 |
| 3.6.13 PROP1基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第60-61页 |
| 3.6.14 CAST基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第61-62页 |
| 3.6.15 BMP6基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第62-63页 |
| 3.6.16 ESR基因的SNP与繁殖性状的关联分析 | 第63页 |
| 3.7 SNP的连锁不平衡分析 | 第63-68页 |
| 3.7.1 BMP6基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第63-64页 |
| 3.7.2 CAST基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第64页 |
| 3.7.3 BMP15基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第64-65页 |
| 3.7.4 FSHR基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第65页 |
| 3.7.5 FSHβ基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第65页 |
| 3.7.6 GDF9基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第65-66页 |
| 3.7.7 GHR基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第66页 |
| 3.7.8 PGR基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第66-67页 |
| 3.7.9 PRLR基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第67页 |
| 3.7.10 RBP4基因上SNPs的连锁不平衡分析 | 第67-68页 |
| 3.8 单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第68-75页 |
| 3.8.1 BMP6基因上的单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第68-69页 |
| 3.8.2 CAST基因上的单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第69页 |
| 3.8.3 GDF9基因上的单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第69-70页 |
| 3.8.4 RBP4基因上的单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第70页 |
| 3.8.5 FSHβ基因上的单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第70-71页 |
| 3.8.6 FSHR基因上的单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第71-72页 |
| 3.8.7 GHR基因上的单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第72-73页 |
| 3.8.8 PGR基因上的单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第73-74页 |
| 3.8.9 PRLR基因上的单倍型与繁殖性状的关联分析 | 第74-75页 |
| 3.9 SNP对繁殖性状的表型贡献率 | 第75-77页 |
| 4.讨论 | 第77-85页 |
| 4.1 样本的选择 | 第77页 |
| 4.2 獭兔繁殖候选基因的选择 | 第77页 |
| 4.3 獭兔品系对繁殖性状的影响 | 第77-78页 |
| 4.4 基因多态性与繁殖性状的关联 | 第78-83页 |
| 4.4.1 GDF9基因多态性与繁殖性状的关联 | 第78页 |
| 4.4.2 BMP15基因多态性与繁殖性状的关联 | 第78页 |
| 4.4.3 FSHR基因多态性与繁殖性状的关联 | 第78-79页 |
| 4.4.4 PRL基因多态性与繁殖性状的关联 | 第79页 |
| 4.4.5 PRLR基因多态性与繁殖性状的关联 | 第79-80页 |
| 4.4.6 RBP4基因多态性与繁殖性状的关联 | 第80页 |
| 4.4.7 PGR基因多态性与繁殖性状的关联 | 第80页 |
| 4.4.8 GHR基因多态性与繁殖性状的关联 | 第80-81页 |
| 4.4.9 CAST基因多态性与繁殖性状的关联 | 第81页 |
| 4.4.10 FSHβ基因多态性与繁殖性状的关联 | 第81-82页 |
| 4.4.11 BMP6基因多态性与繁殖性状的关联 | 第82页 |
| 4.4.12 ESR基因多态性与繁殖性状的关联 | 第82页 |
| 4.4.13 FGF5基因多态性与繁殖性状的关联 | 第82-83页 |
| 4.4.14 GnRHR基因多态性与繁殖性状的关联 | 第83页 |
| 4.4.15 IGF1基因多态性与繁殖性状的关联 | 第83页 |
| 4.4.16 PROP1基因多态性与繁殖性状的关联 | 第83页 |
| 4.5 单倍型对繁殖性状的影响 | 第83-84页 |
| 4.6 提高獭兔繁殖性状的措施 | 第84-85页 |
| 5.结论 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-93页 |
| 致谢 | 第93页 |
