| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 1 绪论 | 第13-25页 |
| 1.1 丝状真菌基因组研究现状 | 第13-17页 |
| 1.1.1 黑曲霉基因组研究现状 | 第14-15页 |
| 1.1.2 米曲霉基因组研究现状 | 第15-17页 |
| 1.2 比较基因组学研究现状 | 第17-22页 |
| 1.2.1 基因组测序技术研究现状 | 第17-18页 |
| 1.2.2 基于比较基因组学的生物信息学分析现状 | 第18-20页 |
| 1.2.3 曲霉属微生物的比较基因组研究进展 | 第20-22页 |
| 1.3 曲霉发酵工业生产菌株介绍 | 第22页 |
| 1.3.1 糖化酶生产菌株黑曲霉 SH2 简介 | 第22页 |
| 1.3.2 酱油酿造用米曲霉菌株 AS3.863 简介 | 第22页 |
| 1.4 本论文的主要内容和研究意义 | 第22-25页 |
| 1.4.1 本论文的主要内容 | 第22-23页 |
| 1.4.2 本论文的研究意义 | 第23-25页 |
| 2 实验材料与方法 | 第25-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 主要仪器和设备 | 第25页 |
| 2.1.2 主要生物信息学软件 | 第25-26页 |
| 2.1.3 主要试剂及配方 | 第26页 |
| 2.1.4 主要培养基配方 | 第26页 |
| 2.1.5 菌种材料 | 第26-27页 |
| 2.1.6 参考基因组及注释数据 | 第27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-32页 |
| 2.2.1 基因组 DNA 提取及测序 | 第27-28页 |
| 2.2.2 基因组序列组装 | 第28页 |
| 2.2.3 基因预测与注释 | 第28页 |
| 2.2.4 KOG 分类与 FunCat 注释 | 第28-29页 |
| 2.2.5 同源基因的确定 | 第29页 |
| 2.2.6 SNP、Indel 及 SV 分析 | 第29-30页 |
| 2.2.7 基因组大片段缺失的 PCR 验证 | 第30页 |
| 2.2.8 同线性分析 | 第30-31页 |
| 2.2.9 重复序列及转座元件预测 | 第31页 |
| 2.2.10 系统进化树构建 | 第31页 |
| 2.2.11 Ka/Ks 计算方法 | 第31页 |
| 2.2.12 高表达基因密码子使用的偏好性分析 | 第31-32页 |
| 3 结果与讨论 | 第32-66页 |
| 3.1 黑曲霉 SH2 基因组注释及比较基因组研究 | 第32-46页 |
| 3.1.1 基因组组装 | 第32-33页 |
| 3.1.2 基因预测与功能注释 | 第33-36页 |
| 3.1.3 同线性分析 | 第36-41页 |
| 3.1.4 SNP 及 Indel 分析 | 第41-43页 |
| 3.1.5 黑曲霉 SH2 蛋白表达分析 | 第43-45页 |
| 3.1.6 黑曲霉 SH2 生殖方式分析 | 第45页 |
| 3.1.7 小结 | 第45-46页 |
| 3.2 米曲霉 AS3.863 基因组注释及比较基因组研究 | 第46-59页 |
| 3.2.1 基因组组装及注释 | 第46-48页 |
| 3.2.2 测序 reads 匹配分析 | 第48-50页 |
| 3.2.3 SNP 分析 | 第50-55页 |
| 3.2.4 选择压力分析 | 第55-57页 |
| 3.2.5 Indel 及结构变异分析 | 第57-59页 |
| 3.2.6 小结 | 第59页 |
| 3.3 系统进化分析 | 第59-60页 |
| 3.4 黑曲霉和米曲霉高表达基因密码子偏好性分析 | 第60-66页 |
| 结论与展望 | 第66-68页 |
| 结论 | 第66-67页 |
| 展望 | 第67页 |
| 本文创新之处 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-76页 |
| 附录 | 第76-79页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 附件 | 第81页 |
